Locus 2074

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	5,578,403 – 5,578,553
Length	150
Max. P	0.992265

overview

Window 3

Location	5,578,403 – 5,578,513
Length	110
Sequences	4
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	88.76
Mean single sequence MFE	-43.85
Consensus MFE	-36.41
Energy contribution	-36.73
Covariance contribution	0.31
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-1.91
Structure conservation index	0.83
SVM decision value	0.88
SVM RNA-class probability	0.873070
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 5578403 110 + 22407834
-GGGAA-------AAGCUGGAGUGUCGAGCAGCCUGCAUGGGUUCGAAUUCAAUAUGGCGGCACAG--AGGAAGUGCCACAGACGCAGUGGCAUGUGCAUCUGUGCAUCUGUGCGUGCCA
-.....-------....((((...((((((..((.....)))))))).))))...(((((((((((--(....(((((((.......))))))).((((....))))))))))).))))) ( -42.70)
>DroSec_CAF1 22402 105 + 1
-------------AAGCUGGAGUGGCGAGCAGCCUGCAUGGGUUCGAAUUCAAUAUGGCGGCACAG--AGGAAGUGCCACAGACGCAGUGGCAUGUGCAUCUGUGCAUCUGUGCGUGCCA
-------------......((((..(((((..((.....))))))).))))....(((((((((((--(....(((((((.......))))))).((((....))))))))))).))))) ( -41.80)
>DroSim_CAF1 24056 105 + 1
-------------AAGCUGGAGUGGCGAGCAGCCUGCAUGGGUUCGAAUUCAAUAUGGCGGCACAG--AGGAAGUGCCACAGACGCAGUGGCAUGUGCAUCUGUGCAUCUGUGCGUGCCA
-------------......((((..(((((..((.....))))))).))))....(((((((((((--(....(((((((.......))))))).((((....))))))))))).))))) ( -41.80)
>DroYak_CAF1 22280 120 + 1
CGGGAAACCGGGGUAGCUGAAGUGGCGAGCAGCCUGCACGGUUUCGAAUUCAAUAUGGCGGCACUGUGGGGAUGUGCCACAGACGCAGUGGCAUGUGCAUCCGUGCAUCUGUGCGUGCCA
...(((((((..(((((((..........))).)))).)))))))..........(((((((((((((.(((((((((((.......)))))....)))))).))))...)))).))))) ( -49.10)
>consensus
_____________AAGCUGGAGUGGCGAGCAGCCUGCAUGGGUUCGAAUUCAAUAUGGCGGCACAG__AGGAAGUGCCACAGACGCAGUGGCAUGUGCAUCUGUGCAUCUGUGCGUGCCA
.................((((....(((((..((.....)))))))..))))...(((((((((((.......(((((((.......)))))))(((((....))))))))))).))))) (-36.41 = -36.73 +   0.31)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	5,578,403 – 5,578,513
Length	110
Sequences	4
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	88.76
Mean single sequence MFE	-37.50
Consensus MFE	-32.19
Energy contribution	-32.00
Covariance contribution	-0.19
Combinations/Pair	1.04
Mean z-score	-2.33
Structure conservation index	0.86
SVM decision value	1.66
SVM RNA-class probability	0.970713
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 5578403 110 - 22407834
UGGCACGCACAGAUGCACAGAUGCACAUGCCACUGCGUCUGUGGCACUUCCU--CUGUGCCGCCAUAUUGAAUUCGAACCCAUGCAGGCUGCUCGACACUCCAGCUU-------UUCCC-
((((..(((((((((((((((((((........))))))))).))).....)--)))))).))))....................((((((..........))))))-------.....- ( -35.90)
>DroSec_CAF1 22402 105 - 1
UGGCACGCACAGAUGCACAGAUGCACAUGCCACUGCGUCUGUGGCACUUCCU--CUGUGCCGCCAUAUUGAAUUCGAACCCAUGCAGGCUGCUCGCCACUCCAGCUU-------------
((((..(((((((((((((((((((........))))))))).))).....)--)))))).)))).....................(((.....)))..........------------- ( -35.90)
>DroSim_CAF1 24056 105 - 1
UGGCACGCACAGAUGCACAGAUGCACAUGCCACUGCGUCUGUGGCACUUCCU--CUGUGCCGCCAUAUUGAAUUCGAACCCAUGCAGGCUGCUCGCCACUCCAGCUU-------------
((((..(((((((((((((((((((........))))))))).))).....)--)))))).)))).....................(((.....)))..........------------- ( -35.90)
>DroYak_CAF1 22280 120 - 1
UGGCACGCACAGAUGCACGGAUGCACAUGCCACUGCGUCUGUGGCACAUCCCCACAGUGCCGCCAUAUUGAAUUCGAAACCGUGCAGGCUGCUCGCCACUUCAGCUACCCCGGUUUCCCG
((((....(((((((((.(...((....))..))))))))))(((((.........)))))))))..........(((((((.(..(((((..........)))))..).)))))))... ( -42.30)
>consensus
UGGCACGCACAGAUGCACAGAUGCACAUGCCACUGCGUCUGUGGCACUUCCU__CUGUGCCGCCAUAUUGAAUUCGAACCCAUGCAGGCUGCUCGCCACUCCAGCUU_____________
((((..(((....)))(((((((((........)))))))))(((((.........))))))))).....................(((((..........))))).............. (-32.19 = -32.00 +  -0.19)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 5

Location	5,578,435 – 5,578,553
Length	118
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	96.63
Mean single sequence MFE	-43.66
Consensus MFE	-38.50
Energy contribution	-39.30
Covariance contribution	0.80
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-1.58
Structure conservation index	0.88
SVM decision value	1.00
SVM RNA-class probability	0.898273
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 5578435 118 + 22407834
GGUUCGAAUUCAAUAUGGCGGCACAG--AGGAAGUGCCACAGACGCAGUGGCAUGUGCAUCUGUGCAUCUGUGCGUGCCAGUGGGCUCUCUCAUUGAACCAACAGCUUGUGGCGUCAAUU
(((((((........(((((((((((--(....(((((((.......))))))).((((....))))))))))).))))).((((....)))))))))))....((.....))....... ( -44.50)
>DroSec_CAF1 22429 118 + 1
GGUUCGAAUUCAAUAUGGCGGCACAG--AGGAAGUGCCACAGACGCAGUGGCAUGUGCAUCUGUGCAUCUGUGCGUGCCAGUGGGCUCUCUCAUUGAACCAACAGCUUGUGGCGUCAAUU
(((((((........(((((((((((--(....(((((((.......))))))).((((....))))))))))).))))).((((....)))))))))))....((.....))....... ( -44.50)
>DroSim_CAF1 24083 118 + 1
GGUUCGAAUUCAAUAUGGCGGCACAG--AGGAAGUGCCACAGACGCAGUGGCAUGUGCAUCUGUGCAUCUGUGCGUGCCAGUGGGCUCUCUCAUUGAACCAACAGCUUGUGGCGUCAAUU
(((((((........(((((((((((--(....(((((((.......))))))).((((....))))))))))).))))).((((....)))))))))))....((.....))....... ( -44.50)
>DroEre_CAF1 22343 118 + 1
GGCUCGAAUUCAAUAUGGCGGCACAG--AGGAAGUGCCACAGACGCACUGGCAUGUGCAUCUGUGCAUCUGUGCGUGCCAGUGGGCUCUCUCAUUGAACCAACAGCUUGUGGCGUCAAUU
((((((.........(((((((((((--(.....(((.(((((.((((......)))).))))))))))))))).))))).)))))).....(((((.(((........)))..))))). ( -43.10)
>DroYak_CAF1 22320 120 + 1
GUUUCGAAUUCAAUAUGGCGGCACUGUGGGGAUGUGCCACAGACGCAGUGGCAUGUGCAUCCGUGCAUCUGUGCGUGCCAGUGGGCGCUCUCAUUGAACCAACAGCUUGUGGCGUCAAUU
...............(((((.(((((((.(((((((((((.......)))))....)))))).)))).(((((.((..(((((((....))))))).))).))))...))).)))))... ( -41.70)
>consensus
GGUUCGAAUUCAAUAUGGCGGCACAG__AGGAAGUGCCACAGACGCAGUGGCAUGUGCAUCUGUGCAUCUGUGCGUGCCAGUGGGCUCUCUCAUUGAACCAACAGCUUGUGGCGUCAAUU
(((((((........(((((((((((.......(((((((.......)))))))(((((....))))))))))).))))).((((....)))))))))))....((.....))....... (-38.50 = -39.30 +   0.80)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	5,578,435 – 5,578,553
Length	118
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	96.63
Mean single sequence MFE	-39.98
Consensus MFE	-36.02
Energy contribution	-35.86
Covariance contribution	-0.16
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-1.97
Structure conservation index	0.90
SVM decision value	2.32
SVM RNA-class probability	0.992265
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 5578435 118 - 22407834
AAUUGACGCCACAAGCUGUUGGUUCAAUGAGAGAGCCCACUGGCACGCACAGAUGCACAGAUGCACAUGCCACUGCGUCUGUGGCACUUCCU--CUGUGCCGCCAUAUUGAAUUCGAACC
..((((...........((.(((((.......))))).))((((..(((((((((((((((((((........))))))))).))).....)--)))))).))))........))))... ( -39.60)
>DroSec_CAF1 22429 118 - 1
AAUUGACGCCACAAGCUGUUGGUUCAAUGAGAGAGCCCACUGGCACGCACAGAUGCACAGAUGCACAUGCCACUGCGUCUGUGGCACUUCCU--CUGUGCCGCCAUAUUGAAUUCGAACC
..((((...........((.(((((.......))))).))((((..(((((((((((((((((((........))))))))).))).....)--)))))).))))........))))... ( -39.60)
>DroSim_CAF1 24083 118 - 1
AAUUGACGCCACAAGCUGUUGGUUCAAUGAGAGAGCCCACUGGCACGCACAGAUGCACAGAUGCACAUGCCACUGCGUCUGUGGCACUUCCU--CUGUGCCGCCAUAUUGAAUUCGAACC
..((((...........((.(((((.......))))).))((((..(((((((((((((((((((........))))))))).))).....)--)))))).))))........))))... ( -39.60)
>DroEre_CAF1 22343 118 - 1
AAUUGACGCCACAAGCUGUUGGUUCAAUGAGAGAGCCCACUGGCACGCACAGAUGCACAGAUGCACAUGCCAGUGCGUCUGUGGCACUUCCU--CUGUGCCGCCAUAUUGAAUUCGAGCC
..............(((((.(((((.......))))).))((((..((((((((((((((((((((......)))))))))).))).....)--)))))).))))...........))). ( -44.50)
>DroYak_CAF1 22320 120 - 1
AAUUGACGCCACAAGCUGUUGGUUCAAUGAGAGCGCCCACUGGCACGCACAGAUGCACGGAUGCACAUGCCACUGCGUCUGUGGCACAUCCCCACAGUGCCGCCAUAUUGAAUUCGAAAC
.((..((((.....)).))..))((((((.(.(((((....)))....(((((((((.(...((....))..))))))))))(((((.........)))))))).))))))......... ( -36.60)
>consensus
AAUUGACGCCACAAGCUGUUGGUUCAAUGAGAGAGCCCACUGGCACGCACAGAUGCACAGAUGCACAUGCCACUGCGUCUGUGGCACUUCCU__CUGUGCCGCCAUAUUGAAUUCGAACC
.(((((.((((........)))))))))..(((..(....((((..(((....)))(((((((((........)))))))))(((((.........)))))))))....)..)))..... (-36.02 = -35.86 +  -0.16)

alignment

secondary structure

dotplot

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