Locus 923

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 2,566,507 – 2,566,627
Length 120
Max. P 0.600368
window1505

overview

Window 5

Location 2,566,507 – 2,566,627
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 83.44
Mean single sequence MFE -55.32
Consensus MFE -37.78
Energy contribution -38.53
Covariance contribution 0.75
Combinations/Pair 1.30
Mean z-score -2.05
Structure conservation index 0.68
SVM decision value 0.13
SVM RNA-class probability 0.600368
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 2566507 120 + 22224390
GGAGGCGCUGUGCGCCAAGGCGCACUUCCGGUGCGGACACGCCUCCGGCGGCUGCCAGGUGCGGAUGCCGGUCGUCCUGCUGCCGUGGCACGAACAGCAGUGCAUGUACAAGCCGAUGAA
(((((((..((((((....)))))).((((...))))..)))))))..(((((...(.(((((((((.....))))).(((((.((.......)).))))))))).)...)))))..... ( -56.80)
>DroVir_CAF1 15230 120 + 1
UGAGGCAUUGUGCGCCAAGGCGCAUUUUGGCUGCAGCUUUGCGGCGGGCGGCUGUGGGGUGAGGAUGCCGGUGGCGCUGCUGCCGUGGCAUGAGCAGCAGUGCAUCUAUAAGCCGAUGAA
.....((..((((((....))))))..))(((((......)))))...((((((((((((......)))....(((((((((((((...))).))))))))))..)))).)))))..... ( -55.30)
>DroPse_CAF1 987 120 + 1
CGAGGCUCUGUGUGCCAAGGCCCACUUCGGAUGCAGCCAUGCGGCCGGUGGCUGCCAGGUGCGUAUGCCGGUGGCCCUAUUGCCCUGGCAUGAGCAGCAGUGCAUCUACAAGCCAAUGAA
...((((..(((.((....)).)))...((((((((((..((((((...))))))..)))((.((((((((.(((......))))))))))).)).....)))))))...))))...... ( -53.60)
>DroGri_CAF1 1756 120 + 1
UGAAGCAUUGUGCGCCAAGGCGCAUUUUGGAUGCAGUCAUGCGGCAGGCGGGUGUGCGGUGAGGAUGCCGGUGGCGUUGUUGCCGUGGCACGAGCAGCAGUGCAUCUAUAAGCCGAUGAA
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>DroMoj_CAF1 2246 120 + 1
UGAGGCGCUGUGCGCCAAGGCGCACUUCGGGUGCAGUUUCGCGGCGGGUGGGUGCGUGGUCAGGAUGCCGGUGGCGCUGCUGCCGUGGCACGAGCAGCAGUGCAUCUAUAAGCCGAUGAA
....(((((((((((....))))))....)))))...((((((((..((((((((...........(((...)))((((((((((.....)).))))))))))))))))..)))).)))) ( -59.10)
>DroPer_CAF1 987 120 + 1
CGAGGCUCUGUGUGCCAAGGCCCACUUCGGAUGCAGCCAUGCGGCCGGUGGCUGCCAGGUGCGUAUGCCGGUGGCCCUAUUGCCCUGGCAUGAGCAGCAGUGCAUCUACAAGCCAAUGAA
...((((..(((.((....)).)))...((((((((((..((((((...))))))..)))((.((((((((.(((......))))))))))).)).....)))))))...))))...... ( -53.60)
>consensus
UGAGGCACUGUGCGCCAAGGCGCACUUCGGAUGCAGCCAUGCGGCCGGCGGCUGCCAGGUGAGGAUGCCGGUGGCCCUGCUGCCGUGGCACGAGCAGCAGUGCAUCUACAAGCCGAUGAA
...(((...((((((....))))))...(((((((((((((((.(.....).)))..(((......))).))))).(((((((((.....)).))))))))))))))....)))...... (-37.78 = -38.53 +   0.75)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 09:57:19 2006