Locus 922

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 2,565,742 – 2,565,850
Length 108
Max. P 0.926761
window1504

overview

Window 4

Location 2,565,742 – 2,565,850
Length 108
Sequences 6
Columns 109
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.00
Mean single sequence MFE -44.22
Consensus MFE -28.41
Energy contribution -30.08
Covariance contribution 1.67
Combinations/Pair 1.27
Mean z-score -2.42
Structure conservation index 0.64
SVM decision value 1.18
SVM RNA-class probability 0.926761
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 2565742 108 + 22224390
CUGUGCCGGCGCCAUGAAGGCGCCCAUCCUUCUGUGCAAGAGUGGCCACAGUGUCUGUGAACAGUGCACCCGCAUUUUGCUCAUGUGCCCGCUCUGCAAGGUAAAAA-U
...((((((((((.....))))))..........((((.((((((.(((((((((((....))).))))..((.....))...)))).)))))))))).))))....-. ( -46.10)
>DroVir_CAF1 696 107 + 1
CUGUGCGGGCCCAAUGAAGGCACCGGUACUCCUCUGCAAGAGCGGGCACAGCGUGUGCGAGCAGUGCACCCGCAUUCUGCUCAUGUGUCCGCUGUGUAAGGUAUGUC--
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>DroPse_CAF1 645 106 + 1
CUGUGCCGGCGCCAUGAAGGCUCCCAUUUUGCUGUGCAAGAGCGGGCACAGUGUCUGCGAGCAGUGCACCCGCAUUCUGCUCAUGUGCCCACUGUGCAAGGUAA--A-U
.......((.(((.....))).))...((((((.((((..((.(((((((((....))(((((((((....)))..)))))).))))))).)).)))).)))))--)-. ( -44.90)
>DroGri_CAF1 735 109 + 1
CUGUGCUGGGCCCAUGAAGGCACCAGUGCUGCUCUGCAAGAGCGGACACAGUAUUUGUGAGCAGUGCACCCGCAUUCUGCUCAUGUGUCCGCUGUGUAAGGUAUGUCAU
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>DroMoj_CAF1 1 95 + 1
-------------AUGAAGGCGCCCGUGAUGCUCUGCAAGAGCGGGCACAGCGUGUGUGAGCAGUGCACCCGCAUUCGUCUGAUGUGUCCGCUGUGCAAGGUAUGUA-U
-------------...............((((..((((..(((((((((((((.((((.......)))).)))..((....)))))))))))).))))..))))...-. ( -35.90)
>DroAna_CAF1 624 108 + 1
AUGUGCCGGAGCGAUGAAGGCGCCCGUGCUGCUCUGCAAGAGCGGGCACAGUGUCUGCGAGCAGUGCACCCGGAUCCUUCUCAUGUGUCCACUGUGCAAGGUAAAAA-U
....(((((.(((.......)))))).))(((..((((..((.((((((((((((((....))).))))..(((....)))..))))))).)).))))..)))....-. ( -39.10)
>consensus
CUGUGCCGGCGCCAUGAAGGCGCCCGUGCUGCUCUGCAAGAGCGGGCACAGUGUCUGCGAGCAGUGCACCCGCAUUCUGCUCAUGUGUCCGCUGUGCAAGGUAAGUA_U
..(((((...........)))))......(((..((((..((((((((((((....))(((((((((....)))..)))))).)))))))))).))))..)))...... (-28.41 = -30.08 +   1.67)

alignment

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secondary structure

Postscript

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