Locus 913

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 2,553,834 – 2,553,951
Length 117
Max. P 0.539211
window1491

overview

Window 1

Location 2,553,834 – 2,553,951
Length 117
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 74.20
Mean single sequence MFE -42.55
Consensus MFE -25.83
Energy contribution -26.42
Covariance contribution 0.59
Combinations/Pair 1.31
Mean z-score -1.27
Structure conservation index 0.61
SVM decision value 0.01
SVM RNA-class probability 0.539211
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 2553834 117 - 22224390
UCUGUAGGUGAUGCAGCUGCAGGCGGAGUACAAGGCAAUUGUGGGCCUAAUAGCGCGCUCCCUGCAGCUGACUCCCAAGGAGGUUAGACUGAUGCACCUGCGCAGCCUGAGCAGCAC---
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>DroPse_CAF1 14859 116 - 1
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>DroWil_CAF1 22946 115 - 1
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>DroYak_CAF1 9521 117 - 1
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>DroAna_CAF1 9733 116 - 1
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>DroPer_CAF1 15671 116 - 1
----CAGGUUCUCAAGAUGCAGGCGGAGUACAAAGCGGUUGUGGGCCUGAUAUCACGCUCUCUGCAGCUAACGCCGAACGAGGUGCGUAAAAUGCAUCUGCGCUGCAUGAGCAUGGGUAA
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>consensus
__U_CAGGUGCUCCAGCUGCAGGCGGAGUACAAGGCGAUUGUGGGCCUGAUAGCACGCUCCCUGCAGCUAACGCCCAACGAGGUGCGACAGAUGCAUCUGCGCUGCAUGAGCAGCAA___
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alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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