| Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 345,953 – 346,064 |
| Length | 111 |
| Max. P | 0.994018 |
| Location | 345,953 – 346,064 |
|---|---|
| Length | 111 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 115 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 74.78 |
| Mean single sequence MFE | -45.22 |
| Consensus MFE | -25.82 |
| Energy contribution | -26.02 |
| Covariance contribution | 0.20 |
| Combinations/Pair | 1.32 |
| Mean z-score | -2.66 |
| Structure conservation index | 0.57 |
| SVM decision value | 2.44 |
| SVM RNA-class probability | 0.994018 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 345953 111 + 22224390 UUUCA--UU--GCAGAUCUACACCUCCCCCCAGUUGGCUGCCGUGAGUGCCUUGGUGGUUCCCGCGAUGGCGGGCAUGGCCAUCGUGUACGGACGCUACGUAAGGCGGAUCACCA .((((--(.--((((.((.((...........)).)))))).))))).(((((((((((((((((((((((.......)))))))))...))).))))).))))))((....)). ( -42.40) >DroVir_CAF1 8313 108 + 1 -------UUGCUCAGAUCUUCACAUCGGCCAAGCUGGCGCUGGUCAGUGCGCUGGUGGUGCCCGCUCUGGCGGGCAUUGCCAUCGUCUAUGGCCGUUAUGUGCGUCGCAUAACCC -------.(((...(((...(((((((((((.((((((....))))))(((.(((..((((((((....))))))))..))).)))...))))))..))))).))))))...... ( -53.30) >DroPse_CAF1 529 111 + 1 UCUGA--UU--GCAGAUUUACACGUCGCCACAGCUAGCCAUGGUCAGUGCGCUGGUUGUGCCGGCUAUGGCUGGCAUGGCCAUUGUUUAUGGACGCUAUGUUCGACGCAUUACUA ((((.--..--.))))......((((((((..(((((((((((((.(.((((.....)))))))))))))))))).))))..........((((.....))))))))........ ( -44.30) >DroWil_CAF1 82963 113 + 1 UUUCAUUUU--GCAGAUUUACACAUCACCGCAGCUGGCCCUGGUCAGUGCAUUGGUGGUGCCAGCAAUGGCUGGCAUGGCCAUUGUCUAUGGUAGAUAUGUGAGAUCCAUAACGC ....((((.--.((.((((((.(((.......((((((....))))))(((.((((.((((((((....)))))))).)))).)))..))))))))).))..))))......... ( -45.20) >DroAna_CAF1 579 108 + 1 UCCCU-------UAGAUCUACACCUCGCCCCAACUGGCGGCUGUGAGUGCGUUGGUGGUGCCCGCCAUGGCUGGCAUGGCCAUCGUUUAUGGACGCUACGUGCGAAAGAUUACCC .....-------..(((((.....((((....(((((((.((((((..(((.((((.(((((.((....)).))))).)))).))))))))).))))).)))))).))))).... ( -39.50) >DroPer_CAF1 529 111 + 1 UCUGA--UU--GCAGAUUUACACGUCGCCACAGCUAGCCAUGGUCAGUGCGCUGGUUGUGCCGGCCAUGGCUGGCAUGGCCAUUGUUUAUGGACGCUAUGUUCGACGCAUUACUA ((((.--..--.))))......((((((((..(((((((((((((.(.((((.....)))))))))))))))))).))))..........((((.....))))))))........ ( -46.60) >consensus UCUCA__UU__GCAGAUCUACACAUCGCCCCAGCUGGCCAUGGUCAGUGCGCUGGUGGUGCCCGCCAUGGCUGGCAUGGCCAUCGUUUAUGGACGCUAUGUGCGACGCAUUACCA .....................((((.((....(((.((....)).)))(((.(((..((((((((....))))))))..))).)))........)).)))).............. (-25.82 = -26.02 + 0.20)
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