Locus 86

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	340,211 – 340,402
Length	191
Max. P	0.820807

overview

Window 5

Location	340,211 – 340,322
Length	111
Sequences	6
Columns	111
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	82.52
Mean single sequence MFE	-41.87
Consensus MFE	-29.48
Energy contribution	-29.21
Covariance contribution	-0.27
Combinations/Pair	1.47
Mean z-score	-1.81
Structure conservation index	0.70
SVM decision value	0.27
SVM RNA-class probability	0.662213
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 340211 111 - 22224390
GCCAGGAUCUCAUCCAGGCCGUCGUUGGCUAUCGGGCGGAAAGAAAGCAGACACAGGACAUAAGUGAAACGGAGCUGGAUGGUUUGGCGGACUUGGGUCUGAAACUGGCUA
(((((..((..(((((((((((((..(((((((.(((.....(....)...(((.........))).......))).))))))))))))).)))))))..))..))))).. ( -43.10)
>DroSim_CAF1 4877 111 - 1
GCCAGGAUCUCAUCCAGGCCAUCGUUGGCUAUCGGGCGGAAAGAAAGCAGACACAGGACAUAAGUGAAACGGAGCUGGAUGGUUUGGCGGACUUGGGUCUGAAACUGGCUA
(((((........((((((((((...((((.(((.((.........))...(((.........)))...))))))).))))))))))(((((....)))))...))))).. ( -38.00)
>DroEre_CAF1 7486 111 - 1
GCCGGGAUCUGAUCCAGGCUAUCGUUGGCUAUCGCGCGGAAAGAAAACAGACGCAGGACAUCAGUGAGACGGAGCUGGAUGGUUUGGCGGACUUGGGUCUGAAGCUGGCUA
(((((..((.((((((((...((((..((((((..(((.............))).......((((........))))))))).)..)))).)))))))).))..))))).. ( -40.02)
>DroWil_CAF1 1039 111 - 1
GUCAGGAUCUGGUUCAGGCUAUUGUCUGUUAUCGGUGCGAACGCAAACAAGCUCACGACCUUAGUGAAACGGAAUUGGAUGGCCUGGGGGAGUUGGGCUUAAAACUGGCCA
(((((...(((((.(((((....)))))..)))))(((....)))...((((((((..((((((.(...((........)).)))))))..).)))))))....))))).. ( -35.30)
>DroYak_CAF1 4933 111 - 1
GCCAGGAUCUGAUCCAAGCCAUCGUUGGCUAUCGGUCGGAAAGAAAGCAGACACAGGACAUCAGUGAAACGGAGCUGGAUGGCUUGGCCGACUUGGGUCUGAAGCUGGCCA
(((((..(((((((..(((((....)))))...))))))).......(((((.((((...(((((........))))).((((...)))).)))).)))))...))))).. ( -42.30)
>DroAna_CAF1 2076 111 - 1
GCCAGGACCUGGUCCAGGCCAUAGUGGGCUAUCGGGCGGAGCGCAAGCAGGCCCAGGAUCUGACCGAAACGGAGCUGGAUGGUCUGGCGGAUCUGGGCCUGAAGCUGGCCA
((((((.((((((...((((......)))))))))))...((....))((((((((.((((..(((...))).((..(.....)..))))))))))))))....))))).. ( -52.50)
>consensus
GCCAGGAUCUGAUCCAGGCCAUCGUUGGCUAUCGGGCGGAAAGAAAGCAGACACAGGACAUAAGUGAAACGGAGCUGGAUGGUUUGGCGGACUUGGGUCUGAAACUGGCCA
(((((..((.((((((((((.(((..(((((((.(((.........((...............))........))).)))))))))).)).)))))))).))..))))).. (-29.48 = -29.21 +  -0.27)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	340,291 – 340,402
Length	111
Sequences	6
Columns	111
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	80.12
Mean single sequence MFE	-41.15
Consensus MFE	-27.12
Energy contribution	-26.52
Covariance contribution	-0.60
Combinations/Pair	1.57
Mean z-score	-1.87
Structure conservation index	0.66
SVM decision value	0.68
SVM RNA-class probability	0.820807
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 340291 111 + 22224390
UAGCCAACGACGGCCUGGAUGAGAUCCUGGCAAAGGACACUGAGCUGGGCUGCUCGGUCUGACAUCAGGUUACUGUGUUGUUUUAACAGCACAAUCAGGUUGUCUGUGAGU
..((..(((((((((((((((...((((.....)))).(((((((......)))))))....)))).......((((((((....))))))))..))))))))).))..)) ( -42.70)
>DroSim_CAF1 4957 111 + 1
UAGCCAACGAUGGCCUGGAUGAGAUCCUGGCACAGGGCACUGAGCUGGGCUGCUCGGUCUGACAUCAGGUUACUGUGUUGUUUUAACAGCACAAUCAGGUUGUCUGUGAGU
..((..((((..((((((..(((..((..((.(((....))).))..))...)))(..(((....)))..)..((((((((....)))))))).))))))..)).))..)) ( -42.90)
>DroEre_CAF1 7566 111 + 1
UAGCCAACGAUAGCCUGGAUCAGAUCCCGGCACAGGGCACUGAGCUGGGCUGCGCGGUCUGACAUCAGGUUGCUGUGUUGUUUCAACAGCACAAUCAGGUUGUCUGUGAGU
..((..((((((((((((..(((..((((((.(((....))).))))))))).(((..(((....)))..)))((((((((....)))))))).)))))))))).))..)) ( -48.70)
>DroWil_CAF1 1119 111 + 1
UAACAGACAAUAGCCUGAACCAGAUCCUGACACAGUGCUGUCAUUUGGGCAGCGCGGUCUGACAUUAACGCAUUGUGCUGGCGUAAUAGAACCAUUAAAUUAUCCGUCAUG
.....(((....(((.....((((((........((((((((.....))))))))))))))........((.....)).))).((((......))))........)))... ( -26.40)
>DroYak_CAF1 5013 111 + 1
UAGCCAACGAUGGCUUGGAUCAGAUCCUGGCACAGGGCACUGAGCUGCGCCGCUCGGUCUGACAUCAGGUUGGUGUGUUGUUUCAGCAGCACAACCAGGUUGUCCGUGAGU
.(((((....))))).(((((((((((((...)))))..((((((......)))))))))))...(((.((((((((((((....))))))).))))).))))))...... ( -42.90)
>DroAna_CAF1 2156 111 + 1
UAGCCCACUAUGGCCUGGACCAGGUCCUGGCACAGGGCACUCAGCUGAGCGGCCCGGUCCGACAUCAGGUUGGUGUGCUGCUUCAGCAGCACCAUCAGGUUAUCCGUUAUG
(((((.......(((((((((..((....))...((((.(((....)))..)))))))))(....)))))(((((((((((....)))))).))))))))))......... ( -43.30)
>consensus
UAGCCAACGAUGGCCUGGAUCAGAUCCUGGCACAGGGCACUGAGCUGGGCUGCUCGGUCUGACAUCAGGUUACUGUGUUGUUUCAACAGCACAAUCAGGUUGUCCGUGAGU
........((((((((((.......(((((....((((.....((......))...))))....))))).....(((((((....)))))))..))))))))))....... (-27.12 = -26.52 +  -0.60)

alignment

secondary structure

dotplot

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