| Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 2,241,349 – 2,241,461 |
| Length | 112 |
| Max. P | 0.700884 |
| Location | 2,241,349 – 2,241,461 |
|---|---|
| Length | 112 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 112 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 78.99 |
| Mean single sequence MFE | -49.92 |
| Consensus MFE | -29.42 |
| Energy contribution | -29.45 |
| Covariance contribution | 0.03 |
| Combinations/Pair | 1.32 |
| Mean z-score | -1.76 |
| Structure conservation index | 0.59 |
| SVM decision value | 0.35 |
| SVM RNA-class probability | 0.700884 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 2241349 112 + 22224390 ACCACCCGCUGCCGCUUCAAGUGGGUGGGCGUGCGCACCUCCAUUUCGUGGACACUGGUCUCGCUCCACUCGGCAUUAUCCGCCAAAAUGGUGGUCGAAGUGGUGGCGCCGG .(((((((((.........))))))))).((.((((....(((((((((((((....))).))).(((((.(((.......))).....)))))..)))))))..)))))). ( -49.80) >DroVir_CAF1 5302 106 + 1 ACUACGCGCUGUCGCUUGAGAUGGGUGGGAGUGCGCACCUCCAUCUCAUGGACGCUGCUCUCGCUCCAUUCGCCAUCGCCCAGCGGCAGAUCGG------GCGUGGCUCCCA .((((((.((((((((.(.((((((..((((((.((((.(((((...))))).).)))...))))))...).)))))..).)))))))).....------))))))...... ( -45.90) >DroPse_CAF1 5162 112 + 1 ACCACCCGCUGCCGCUUCAGGUGGGUGGGGGUGCGCACCUCCAUCUCGUGGACACUGGUCUCGCUCCACUCGCCGCAGUCCAGGGCCACUGUGGCAGCUGUGGUGGCAGCUG .......(((((((((.(((((((((((((((....))))))))...((((((....))).))).))))..((((((((........))))))))..))).))))))))).. ( -57.70) >DroSec_CAF1 4414 112 + 1 ACCACCCGCUGCCGCUUCAAGUGGGUGGGCGUGCGCACCUCCAUUUCGUGGACACUGUUCUCGCUCCACUCGGCAUUAUCCGCCAGAAUGGUGGUCGAAGUGGUGGCGCCGG .((...(((..(((((((..(((((((((((.(.(((..(((((...)))))...))).).))).)))))).)).....(((((.....)))))..)))))))..)))..)) ( -50.70) >DroEre_CAF1 4518 112 + 1 ACCACCCGCUGCCGCUUCAAGUGGGUGGGUGUGCGCACCUCCAUUUCGUGGACACUGGUCUCGCUCCACUCGGCAUUAUCCGCCAGAAUGGUGGCUGAAGUGGUGGUGCCGG .(((((((((.........)))))))))...((.(((((.(((((((..((((....)))).((((((.(((((.......))).)).))).))).))))))).))))))). ( -51.50) >DroAna_CAF1 5423 112 + 1 ACCACCCGCUGACGCUUCAAGUGGGUGGGAGUGCGGACUUCCAUCUCGUGGACACUGGUCUCACUCCAUUCGGCGUUCUCAGGGAGAAGAGUGGUGGUGCUGGUGGUGGUUG (((((((((...(((.....)))(((((((((....)))))))))..)))).(((..((..((..((((((....(((((...)))))))))))))..))..)))))))).. ( -43.90) >consensus ACCACCCGCUGCCGCUUCAAGUGGGUGGGAGUGCGCACCUCCAUCUCGUGGACACUGGUCUCGCUCCACUCGGCAUUAUCCGCCAGAAUGGUGGUCGAAGUGGUGGCGCCGG .(((((..(.((((((......(((((((.(((.(.((((((((...)))))....)))).))))))))))(((.......))).....)))))).)....)))))...... (-29.42 = -29.45 + 0.03)
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