Locus 79

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 325,546 – 325,706
Length 160
Max. P 0.997040
window99 window100 window101

overview

Window 9

Location 325,546 – 325,666
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 91.67
Mean single sequence MFE -44.54
Consensus MFE -34.86
Energy contribution -35.30
Covariance contribution 0.44
Combinations/Pair 1.13
Mean z-score -2.70
Structure conservation index 0.78
SVM decision value 1.98
SVM RNA-class probability 0.984614
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 325546 120 + 22224390
CACGAAGCUCUUCAAGAUGCUCUGGUGGAAGGUGGGGGCAAUCAUCUUACGAUGAUGACGCCAAUGAUGUCCAUUGCUGAUCAGUAGACCAUCACCGAACCAGGGCUUGAAGUAGCGAUA
......(((((((((...((((((((....(((((.(((.((((((....))))))...)))......(((.((((.....)))).)))..)))))..)))))))))))))).))).... ( -45.30)
>DroVir_CAF1 112460 120 + 1
CACAAAGCUCUUCAAGAUGCUCUGAUGGAAUGUGGGCGCAAUCAUUUUGCGAUGAUGGCGCCAAUGGUGGCCAUUGCUGAUCAGCAGCCCAUCACCGAACCAGGGCUUAAAGUAGCGAUA
......((((((......((((((.(((......(((((.((((((....)))))).)))))..((((((...(((((....))))).)))))))))...))))))...))).))).... ( -41.30)
>DroSim_CAF1 2539 120 + 1
CACGAAGCUCUUCAAGAUGCUCUGGUGGAAGGUGGGGGCAAUCAUCUUACGAUGAUGACGCCAAUGAUGUCCAUUGCUGAUCAGUAGACCAUCACCGAACCAGGGCUUGAAAUAGCGAUA
......(((.(((((...((((((((....(((((.(((.((((((....))))))...)))......(((.((((.....)))).)))..)))))..)))))))))))))..))).... ( -40.90)
>DroYak_CAF1 2750 120 + 1
CACGAAGCUCUUCAAGAUACUCUGGUGGAAGGUGGGGGCAAUCAUCUUGCGAUGAUGGCGCCAAUGGUGUCCAUUGCUGAUCAGCAGACCAUCUCCGAACCAGGGCUUGAAGUAGCGAUA
......((((((((((...((((((((((.(((((..((.((((....((((((..((((((...))))))))))))))))..))...))))))))..)))))))))))))).))).... ( -49.50)
>DroMoj_CAF1 99525 120 + 1
CACGAAGCUCUUCAGGAUGCUCUGAUGGAAGGUGGGUGCGAUCAUCUUGCGAUGAUGGCGCCAAUGGUGGCCGUUGCUGAUCAGCAGACCAUCCCCGAACCAGGGCUUAAAGUAUCUAUA
.((.(((((((((.(((((.((((.(((..(((.(((((.((((((....)))))).)))))(((((...))))))))..))).)))).)))))..))...)))))))...))....... ( -45.70)
>consensus
CACGAAGCUCUUCAAGAUGCUCUGGUGGAAGGUGGGGGCAAUCAUCUUGCGAUGAUGGCGCCAAUGGUGUCCAUUGCUGAUCAGCAGACCAUCACCGAACCAGGGCUUGAAGUAGCGAUA
......((((((((((...(((((((....(((((..((.((((((....))))))((((.(((((.....))))).)).)).))...))))).....)))))))))))))).))).... (-34.86 = -35.30 +   0.44)

alignment

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secondary structure

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Window 0

Location 325,546 – 325,666
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 91.67
Mean single sequence MFE -41.54
Consensus MFE -34.46
Energy contribution -34.18
Covariance contribution -0.28
Combinations/Pair 1.22
Mean z-score -2.62
Structure conservation index 0.83
SVM decision value 2.79
SVM RNA-class probability 0.997040
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 325546 120 - 22224390
UAUCGCUACUUCAAGCCCUGGUUCGGUGAUGGUCUACUGAUCAGCAAUGGACAUCAUUGGCGUCAUCAUCGUAAGAUGAUUGCCCCCACCUUCCACCAGAGCAUCUUGAAGAGCUUCGUG
....(((.((((((((.(((((..((((...(((((.((.....)).)))))......((((..((((((....))))))))))..))))....))))).))...)))))))))...... ( -42.10)
>DroVir_CAF1 112460 120 - 1
UAUCGCUACUUUAAGCCCUGGUUCGGUGAUGGGCUGCUGAUCAGCAAUGGCCACCAUUGGCGCCAUCAUCGCAAAAUGAUUGCGCCCACAUUCCAUCAGAGCAUCUUGAAGAGCUUUGUG
....(((.(((((((.....((((..((((((((((.....))))(((((...)))))(((((.(((((......))))).)))))......))))))))))..))))))))))...... ( -41.00)
>DroSim_CAF1 2539 120 - 1
UAUCGCUAUUUCAAGCCCUGGUUCGGUGAUGGUCUACUGAUCAGCAAUGGACAUCAUUGGCGUCAUCAUCGUAAGAUGAUUGCCCCCACCUUCCACCAGAGCAUCUUGAAGAGCUUCGUG
....(((.((((((((.(((((..((((...(((((.((.....)).)))))......((((..((((((....))))))))))..))))....))))).))...)))))))))...... ( -39.50)
>DroYak_CAF1 2750 120 - 1
UAUCGCUACUUCAAGCCCUGGUUCGGAGAUGGUCUGCUGAUCAGCAAUGGACACCAUUGGCGCCAUCAUCGCAAGAUGAUUGCCCCCACCUUCCACCAGAGUAUCUUGAAGAGCUUCGUG
....(((.(((((((.((((((..((((.(((...(((....)))(((((...)))))((.((.((((((....)))))).))))))).)))).))))).)...))))))))))...... ( -44.60)
>DroMoj_CAF1 99525 120 - 1
UAUAGAUACUUUAAGCCCUGGUUCGGGGAUGGUCUGCUGAUCAGCAACGGCCACCAUUGGCGCCAUCAUCGCAAGAUGAUCGCACCCACCUUCCAUCAGAGCAUCCUGAAGAGCUUCGUG
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>consensus
UAUCGCUACUUCAAGCCCUGGUUCGGUGAUGGUCUGCUGAUCAGCAAUGGACACCAUUGGCGCCAUCAUCGCAAGAUGAUUGCCCCCACCUUCCACCAGAGCAUCUUGAAGAGCUUCGUG
....(((.((((((((.(((((..((((...(((((.((.....)).)))))......((.((.((((((....)))))).)).))))))....))))).))...)))))))))...... (-34.46 = -34.18 +  -0.28)

alignment

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secondary structure

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Window 1

Location 325,586 – 325,706
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 90.17
Mean single sequence MFE -42.42
Consensus MFE -38.72
Energy contribution -38.96
Covariance contribution 0.24
Combinations/Pair 1.16
Mean z-score -1.82
Structure conservation index 0.91
SVM decision value 2.06
SVM RNA-class probability 0.986948
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 325586 120 - 22224390
GAUCCUGAGUGGGCACCAGCACUUGACCAAGGCGGAGGAGUAUCGCUACUUCAAGCCCUGGUUCGGUGAUGGUCUACUGAUCAGCAAUGGACAUCAUUGGCGUCAUCAUCGUAAGAUGAU
((((...(((((..((((.((((.(((((.(((...((((((....))))))..))).))))).)))).)))))))))))))..(((((.....))))).....((((((....)))))) ( -46.40)
>DroVir_CAF1 112500 120 - 1
CAUAUUGAGCGGACACCAGCAUCUGACCAAGGCCGAGGAAUAUCGCUACUUUAAGCCCUGGUUCGGUGAUGGGCUGCUGAUCAGCAAUGGCCACCAUUGGCGCCAUCAUCGCAAAAUGAU
(((.(((.((........))....(((((.(((.(((...........)))...))).)))))(((((((((((((.....))))....((((....)))).)))))))))))).))).. ( -36.90)
>DroSim_CAF1 2579 120 - 1
GAUUCUGAGUGGGCACCAGCAUUUGACCAAGGCGGAGGAGUAUCGCUAUUUCAAGCCCUGGUUCGGUGAUGGUCUACUGAUCAGCAAUGGACAUCAUUGGCGUCAUCAUCGUAAGAUGAU
((((...(((((..((((.(((..(((((.(((...((((((....))))))..))).)))))..))).)))))))))))))..(((((.....))))).....((((((....)))))) ( -40.60)
>DroYak_CAF1 2790 120 - 1
GAUCCUGAGCGGGCACCAGCACUUGACCAAGGCGGAGGAGUAUCGCUACUUCAAGCCCUGGUUCGGAGAUGGUCUGCUGAUCAGCAAUGGACACCAUUGGCGCCAUCAUCGCAAGAUGAU
((((...(((((..((((.(.((.(((((.(((...((((((....))))))..))).))))).)).).)))))))))))))..((((((...)))))).....((((((....)))))) ( -46.30)
>DroMoj_CAF1 99565 120 - 1
GAUCUUGAGCGGACACCAGCACUUGACCAAGGCCGAGGAAUAUAGAUACUUUAAGCCCUGGUUCGGGGAUGGUCUGCUGAUCAGCAACGGCCACCAUUGGCGCCAUCAUCGCAAGAUGAU
((((...((((((..(((...((((((((.(((.((((.((....)).))))..))).))).)))))..))))))))))))).......((((....))))...((((((....)))))) ( -41.90)
>consensus
GAUCCUGAGCGGGCACCAGCACUUGACCAAGGCGGAGGAGUAUCGCUACUUCAAGCCCUGGUUCGGUGAUGGUCUGCUGAUCAGCAAUGGACACCAUUGGCGCCAUCAUCGCAAGAUGAU
((((...(((((..((((.((((.(((((.(((...((((((....))))))..))).))))).)))).)))))))))))))..((((((...)))))).....((((((....)))))) (-38.72 = -38.96 +   0.24)

alignment

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