Locus 780

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 2,159,226 – 2,159,319
Length 93
Max. P 0.997744
window1268

overview

Window 8

Location 2,159,226 – 2,159,319
Length 93
Sequences 6
Columns 100
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 95.10
Mean single sequence MFE -24.96
Consensus MFE -24.73
Energy contribution -24.46
Covariance contribution -0.28
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -1.55
Structure conservation index 0.99
SVM decision value 2.92
SVM RNA-class probability 0.997744
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 2159226 93 - 22224390
AGCCUCUAGAUAUUUGUUUGAUAUGCGCUUUAGAGGUUGGCAUUAUUCAAGGUUGUGUUU-------AUUUCGGCCGCAAAUUAUUUGGGGCAACGUCCG
.(((.((((((((((((((((.(((((((.....)))..))))...))))(((((.....-------....)))))))))).))))))))))........ ( -25.30)
>DroSec_CAF1 39577 93 - 1
AGCCUCUAGAUAUUUGUUUGAUAUGCGCUUUAGAGGUUGGCAUUAUUUAAGGUUGUGUAU-------AUUUCGGCCGCAAAUUAUUUGGGGCAACGUCCG
.(((.((((((((((((((((.(((((((.....)))..))))...))))(((((.....-------....)))))))))).))))))))))........ ( -23.10)
>DroSim_CAF1 37263 93 - 1
AGCCUCUAGAUAUUUGUUUGAUAUGCGCUUUAGAGGUUGGCAUUAUUCAAGGUUGUGUUU-------AUUUCGGCCGCAAAUUAUUUGGGGCAACGUCCG
.(((.((((((((((((((((.(((((((.....)))..))))...))))(((((.....-------....)))))))))).))))))))))........ ( -25.30)
>DroEre_CAF1 40689 100 - 1
AGCCUCUAGAUAUUUGUUUGAUAUGCGCUUUAGAGGUUGGCAUUAUUCAAGGUUGUGUUUUUUUUUUUUUUCGGCCGCAAAUUAUUUGGGGCAACGUCCG
.(((.((((((((((((((((.(((((((.....)))..))))...))))(((((................)))))))))).))))))))))........ ( -24.69)
>DroYak_CAF1 42226 93 - 1
AGCCUCUAGAUAUUUGUUUGAUAUGCGCUUUAGAGGUUGGCAUUAUUCAAGGUUGUGUUU-------AUUUCGGCCGCAAAUUAUUUGGGGCAACGUCCG
.(((.((((((((((((((((.(((((((.....)))..))))...))))(((((.....-------....)))))))))).))))))))))........ ( -25.30)
>DroAna_CAF1 46468 93 - 1
AGCCUCUAGAUAUUUGUUUGAUAUGCGCUUUAAAGGUUGGCAUUAUUCAAGGUUGUGUUU-------AUUUCAGCCGCAAAUUAUUUGGGGCAUUGUCCG
.(((.((((((((((((((((.(((((((.....)))..))))...))))(((((.....-------....)))))))))).))))))))))........ ( -26.10)
>consensus
AGCCUCUAGAUAUUUGUUUGAUAUGCGCUUUAGAGGUUGGCAUUAUUCAAGGUUGUGUUU_______AUUUCGGCCGCAAAUUAUUUGGGGCAACGUCCG
.(((.((((((((((((((((.(((((((.....)))..))))...))))(((((................)))))))))).))))))))))........ (-24.73 = -24.46 +  -0.28)

alignment

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secondary structure

Postscript

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