Locus 759

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 2,090,713 – 2,090,843
Length 130
Max. P 0.840831
window1231 window1232 window1233

overview

Window 1

Location 2,090,713 – 2,090,821
Length 108
Sequences 6
Columns 111
Reading direction forward
Mean pairwise identity 74.31
Mean single sequence MFE -45.64
Consensus MFE -27.21
Energy contribution -29.60
Covariance contribution 2.39
Combinations/Pair 1.19
Mean z-score -1.47
Structure conservation index 0.60
SVM decision value 0.41
SVM RNA-class probability 0.725628
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 2090713 108 + 22224390
CAUCCGGCAUACAGUGCUGGGGUGGUGGCACCGUAUACGAGAGCGCUGUCGCCAGGGAUGCAGUUCGGGAUCUGCUCUAGAACCGCAUCCGGGAU---CGGGACCCGUCCA
..((((((((...)))))))).((((((((.(((........))).)))))))).((((((.((((.(((.....))).)))).)))))).(((.---(((...)))))). ( -47.20)
>DroGri_CAF1 11176 93 + 1
GAUUCGGCAGACGGUGCUCGAUUGGUGGCAUCGCAUACGAGAGCGUUGCCGCCAGGGCUGCAGUUCCGGCUCCGCCAUGGAGGC------------------AUCCAUACA
.....(((.((((((((....(((((((((.(((........))).)))))))))....)))...)))..)).)))(((((...------------------.)))))... ( -38.00)
>DroSec_CAF1 14253 108 + 1
CAUUCGGCAUACAGUGCUGGGGUGGUGGCACCGUAUACGAGAGCGAUGUCGCCAGGGAUGCAGUUCGGGAUCUGCUCUAGAACCGCAUCCGGGAU---CGGGACCCGUCCA
..((((((((...)))))))).((((((((.(((........))).)))))))).((((((.((((.(((.....))).)))).)))))).(((.---(((...)))))). ( -44.40)
>DroWil_CAF1 10579 111 + 1
CAUUAGGCAAACACUGCUGCACUGGUGGCAUCGCAUACGGGAGAGAUGUCGCCAGGGCUGCAGUUCGGGAUCAACCAUGGAACAGCAGCAGCAGCAGCAAUCUACCAUUCA
.....((......(((((((.(((((((((((.(........).))))))))))).(((((.((((.((.....))...)))).))))).))))))).......))..... ( -47.52)
>DroYak_CAF1 16852 108 + 1
CAUUCGGCAUACAGUGCUGGGAUGGUGGCACCGCAUACGCGAGCGCUGUCGCCAGGGAUGCAGUUCGGGAUCUGCUCUAGAACCGCAUCCGGGAU---CGGGACCCGUCCA
....((((((...))))))(((((((((((.(((........))).)))))))..((((((.((((.(((.....))).)))).))))))(((..---.....))))))). ( -46.50)
>DroAna_CAF1 14638 108 + 1
CAUCAGGAACACUGUGCUCGGGUGGUGGCACCGCAUCCGGGAGCGUUGCCGGCAGGGCUGCAGCUCCGGCUCGGCGCUGGAACACCCGCCGGGAC---UGGGGCCCGUCCA
.....(((((.((...((((((((.((....)))))))))))).))).))((..(((((.(((..(((((..((.(......).)).)))))..)---)).)))))..)). ( -50.20)
>consensus
CAUUCGGCAUACAGUGCUGGGGUGGUGGCACCGCAUACGAGAGCGAUGUCGCCAGGGAUGCAGUUCGGGAUCUGCUCUAGAACCGCAUCCGGGAU___CGGGACCCGUCCA
.....((((.....))))(((.((((((((.(((........))).)))))))).((((((.((((.(((.....))).)))).)))))).............)))..... (-27.21 = -29.60 +   2.39)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 2

Location 2,090,713 – 2,090,821
Length 108
Sequences 6
Columns 111
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 74.31
Mean single sequence MFE -44.12
Consensus MFE -24.62
Energy contribution -27.15
Covariance contribution 2.53
Combinations/Pair 1.24
Mean z-score -1.74
Structure conservation index 0.56
SVM decision value 0.75
SVM RNA-class probability 0.840831
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 2090713 108 - 22224390
UGGACGGGUCCCG---AUCCCGGAUGCGGUUCUAGAGCAGAUCCCGAACUGCAUCCCUGGCGACAGCGCUCUCGUAUACGGUGCCACCACCCCAGCACUGUAUGCCGGAUG
.((((((...)))---.))).(((((((((((..((.....))..)))))))))))(((....)))...(((.(((((((((((..........))))))))))).))).. ( -44.60)
>DroGri_CAF1 11176 93 - 1
UGUAUGGAU------------------GCCUCCAUGGCGGAGCCGGAACUGCAGCCCUGGCGGCAACGCUCUCGUAUGCGAUGCCACCAAUCGAGCACCGUCUGCCGAAUC
...(((((.------------------...)))))((((((..(((...(((.....(((.((((.(((........))).)))).))).....))))))))))))..... ( -35.00)
>DroSec_CAF1 14253 108 - 1
UGGACGGGUCCCG---AUCCCGGAUGCGGUUCUAGAGCAGAUCCCGAACUGCAUCCCUGGCGACAUCGCUCUCGUAUACGGUGCCACCACCCCAGCACUGUAUGCCGAAUG
.((((((...)))---.))).(((((((((((..((.....))..)))))))))))..((((....)))).(((((((((((((..........)))))))))).)))... ( -43.40)
>DroWil_CAF1 10579 111 - 1
UGAAUGGUAGAUUGCUGCUGCUGCUGCUGUUCCAUGGUUGAUCCCGAACUGCAGCCCUGGCGACAUCUCUCCCGUAUGCGAUGCCACCAGUGCAGCAGUGUUUGCCUAAUG
.....(((((((.((((((((.(((((.((((...((.....)).)))).))))).((((.(.((((.(........).)))).).)))).)))))))))))))))..... ( -45.30)
>DroYak_CAF1 16852 108 - 1
UGGACGGGUCCCG---AUCCCGGAUGCGGUUCUAGAGCAGAUCCCGAACUGCAUCCCUGGCGACAGCGCUCGCGUAUGCGGUGCCACCAUCCCAGCACUGUAUGCCGAAUG
.((((((...)))---.))).(((((((((((..((.....))..)))))))))))(((....)))...(((.(((((((((((..........))))))))))))))... ( -45.70)
>DroAna_CAF1 14638 108 - 1
UGGACGGGCCCCA---GUCCCGGCGGGUGUUCCAGCGCCGAGCCGGAGCUGCAGCCCUGCCGGCAACGCUCCCGGAUGCGGUGCCACCACCCGAGCACAGUGUUCCUGAUG
.((..((((..((---(..(((((.(((((....)))))..)))))..)))..))))..))((((.(((........))).)))).......((((.....))))...... ( -50.70)
>consensus
UGGACGGGUCCCG___AUCCCGGAUGCGGUUCCAGAGCAGAUCCCGAACUGCAGCCCUGGCGACAACGCUCUCGUAUGCGGUGCCACCACCCCAGCACUGUAUGCCGAAUG
.....(((.............(((((((((((.............)))))))))))..((((....)))))))(((((((((((..........)))))))))))...... (-24.62 = -27.15 +   2.53)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 3

Location 2,090,753 – 2,090,843
Length 90
Sequences 6
Columns 90
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 92.00
Mean single sequence MFE -36.30
Consensus MFE -31.30
Energy contribution -31.30
Covariance contribution 0.00
Combinations/Pair 1.17
Mean z-score -1.39
Structure conservation index 0.86
SVM decision value -0.05
SVM RNA-class probability 0.510242
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 2090753 90 - 22224390
GCCAAAAUUGCAGGCACCCAGUUGGACGGGUCCCGAUCCCGGAUGCGGUUCUAGAGCAGAUCCCGAACUGCAUCCCUGGCGACAGCGCUC
((((........((.((((........)))).))......(((((((((((..((.....))..))))))))))).)))).......... ( -34.20)
>DroSec_CAF1 14293 90 - 1
GCCAAAGUUGCAGGCACCCAGUUGGACGGGUCCCGAUCCCGGAUGCGGUUCUAGAGCAGAUCCCGAACUGCAUCCCUGGCGACAUCGCUC
......(((((.((.((((........)))).))......(((((((((((..((.....))..)))))))))))...)))))....... ( -35.20)
>DroSim_CAF1 14943 90 - 1
GCCAAAGUUGCAGGCACCCAGUUGGACGGGUCCCGAUCCCGGAUGCGGUUCUAGAGCAGAUCCCGAACUGCAUCCCUGGCGACAGCGCUC
......(((((.((.((((........)))).))......(((((((((((..((.....))..)))))))))))...)))))....... ( -35.20)
>DroEre_CAF1 14301 90 - 1
GCCAAAGUUACAGGCACCCAGUUGGACGGGUCCCGAUCCCGGAUGCGGUUCUAGAGCAGAUCCCGAACUGCAUCCCUGGCGACAGCGCUC
((((........((.((((........)))).))......(((((((((((..((.....))..))))))))))).)))).......... ( -34.20)
>DroYak_CAF1 16892 90 - 1
GCCAAAGUUACAGGCACCCAGUUGGACGGGUCCCGAUCCCGGAUGCGGUUCUAGAGCAGAUCCCGAACUGCAUCCCUGGCGACAGCGCUC
((((........((.((((........)))).))......(((((((((((..((.....))..))))))))))).)))).......... ( -34.20)
>DroAna_CAF1 14678 90 - 1
GCCGAAGUUACAGGCACCCAGUUGGACGGGCCCCAGUCCCGGCGGGUGUUCCAGCGCCGAGCCGGAGCUGCAGCCCUGCCGGCAACGCUC
(((.........))).....(((((..((((..(((..(((((.(((((....)))))..)))))..)))..))))..)))))....... ( -44.80)
>consensus
GCCAAAGUUACAGGCACCCAGUUGGACGGGUCCCGAUCCCGGAUGCGGUUCUAGAGCAGAUCCCGAACUGCAUCCCUGGCGACAGCGCUC
((((........((.((((........)))).))......(((((((((((..((.....))..))))))))))).)))).......... (-31.30 = -31.30 +   0.00)

alignment

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