Locus 754

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 2,078,947 – 2,079,052
Length 105
Max. P 0.738458
window1222

overview

Window 2

Location 2,078,947 – 2,079,052
Length 105
Sequences 6
Columns 119
Reading direction forward
Mean pairwise identity 89.30
Mean single sequence MFE -26.88
Consensus MFE -22.25
Energy contribution -22.92
Covariance contribution 0.67
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -2.08
Structure conservation index 0.83
SVM decision value 0.44
SVM RNA-class probability 0.738458
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 2078947 105 + 22224390
CACCCGCAA--------------AUCUGGCAAAUCGCCUGUACGAUUGCAUAAUAGAAAUAUGCUCCAUGUGCAUGCGAUCUAUUUGUAACGUAUUUCUCUAUUUCUCGCGUUACGUGC
(((.((((.--------------....(((.....)))((((((...(((((.......)))))....))))))))))........(((((((...............)))))))))). ( -25.86)
>DroSec_CAF1 2403 105 + 1
CACCCGCAA--------------AUCUGGCAAAUCGCCUGUACGAUUGCAUAAUAGAAAUAUGCGCCAUGUGCAUGCGAUCUAUUUGUAACGUAUUUCUCUAUUUCUCGUGUUACGUGC
(((.(((..--------------....(((.....))).(((((.(((((.((((((..(((((((...)))))))...)))))))))))))))).............)))....))). ( -25.50)
>DroSim_CAF1 4750 105 + 1
CACCCGCAA--------------AUCUGGCAAAUCGCCUGUACGAUUGCAUAAUAGAAAUAUGCGCCAUGUGCAUGCGAUCUAUUUGUAACGUAUUUCUCUAUUUCUCGUGUUACGUGC
(((.(((..--------------....(((.....))).(((((.(((((.((((((..(((((((...)))))))...)))))))))))))))).............)))....))). ( -25.50)
>DroEre_CAF1 2455 105 + 1
CACCCGCAA--------------AUCUGGCAAAUCGCCUGUACGAUUGCAUAAUAGAUAUAUGCGCCAUGUGCAUGCGAUCUAUUUGUAACGUAUUUCUCUAUUUCUCGCGUUACGUGC
(((.(((..--------------....(((.....))).(((((.(((((.(((((((.(((((((...)))))))..))))))))))))))))).............)))....))). ( -29.10)
>DroYak_CAF1 5146 105 + 1
CACCCGCAA--------------AUCUGGCAAAUCGCCUGUACGAUUGCAUAAUAGAAAUAUGCGCCAUGUGCAUGCGAUCUAUUUGUAACGUAUAUCUCUAUUUCUCGCGUUACGUGC
(((.(((..--------------....(((.....)))((((((.(((((.((((((..(((((((...)))))))...)))))))))))))))))............)))....))). ( -28.80)
>DroAna_CAF1 2849 111 + 1
CACCCGCAAAUCGCAAAUUGCAAAUCUUGCAAAUCGCUAGUACGAUUGCAUAACACAAAUAUGAACCAUAUGCAUGCGAUCUAUUUGUAACGUAU--------UUCUAGCGUUACGUGC
....(((..((((((...(((......(((((.(((......))))))))........(((((...))))))))))))))......(((((((..--------.....)))))))))). ( -26.50)
>consensus
CACCCGCAA______________AUCUGGCAAAUCGCCUGUACGAUUGCAUAAUAGAAAUAUGCGCCAUGUGCAUGCGAUCUAUUUGUAACGUAUUUCUCUAUUUCUCGCGUUACGUGC
(((.(((....................(((.....))).(((((.(((((.((((((..(((((((...)))))))...)))))))))))))))).............)))....))). (-22.25 = -22.92 +   0.67)

alignment

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secondary structure

Postscript

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