Locus 730

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 1,991,983 – 1,992,094
Length 111
Max. P 0.775634
window1179

overview

Window 9

Location 1,991,983 – 1,992,094
Length 111
Sequences 5
Columns 116
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 91.16
Mean single sequence MFE -27.82
Consensus MFE -23.02
Energy contribution -23.38
Covariance contribution 0.36
Combinations/Pair 1.10
Mean z-score -1.52
Structure conservation index 0.83
SVM decision value 0.54
SVM RNA-class probability 0.775634
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 1991983 111 - 22224390
UGGUUUAAUCUGCUCUUGAGCAUUGGAUAUUGAUUCUAUAU-----CGUAUUCGGAUAAUAAUGACACGUUAAUCAUAAUGCUCGUAAAAAUGCAGCGAGUGGAUAUUCUGUGCUC
.......(((..(((..(((((((((((((.(((.....))-----))))))).(((..(((((...))))))))..)))))))(((....)))...)))..)))........... ( -24.80)
>DroSec_CAF1 24042 113 - 1
GGGAUUAAUCUGCUCUUGAGCAUUGGAUAUUGAUUCUAUAUCUGCUCGUAUUCGGAUA---AUGACAAGUUAAUCAUAAUGCUCGUAAAAAUGCAGCGAGUGGAUAUUCUGUGCUC
(((((..(((..(((..((((((((...((((((((..((((((........))))))---..))...))))))..))))))))(((....)))...)))..))))))))...... ( -28.90)
>DroSim_CAF1 18481 113 - 1
GGGUUUAAUCUGCCCUUGAGCAUUGGAUAUUGAUUCUAUAUCUGUUCGUAUUCGGAUA---AUGACACGUUAAUCAUAAUGCUCGUAAAAAUGCAGCGAGUGGAUAUUCUGUGCUC
((((.......))))..((((((.(((((((.((((..((((((........))))))---((((........))))...(((.(((....)))))))))).))))))).)))))) ( -33.50)
>DroEre_CAF1 13780 110 - 1
GGGUUUAAUCUACUCUUGAGCAUUGGAUAUUGAUUCUAUAUCUCUUCGUAUUUC---G---AUGACACGUUAAUUAUAAUGCUUGUAAAAAUGCAGCGAGUGGAUAUUCUGUGCUC
((((.......))))..((((((.(((((((.((((......((.(((.....)---)---).))...............(((.(((....)))))))))).))))))).)))))) ( -27.30)
>DroYak_CAF1 24617 113 - 1
GGGUUUAAUCUGCUCUUAAGCAUUGGAUAUUGUUUCUAUAUCUGUUCGUAUUCGAAUA---AUGACACGUUAAUCAUAAUGCUCGUAAAAAUGCAGCGAGUGGAUAUUCUGUGCUC
((((.......))))...(((((.(((((((...........((((((....))))))---((((........))))...((((((.........)))))).))))))).))))). ( -24.60)
>consensus
GGGUUUAAUCUGCUCUUGAGCAUUGGAUAUUGAUUCUAUAUCUGUUCGUAUUCGGAUA___AUGACACGUUAAUCAUAAUGCUCGUAAAAAUGCAGCGAGUGGAUAUUCUGUGCUC
((((.......))))..((((((.(((((((.((((.........................((((........))))...(((.(((....)))))))))).))))))).)))))) (-23.02 = -23.38 +   0.36)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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