Locus 709

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 1,947,623 – 1,947,733
Length 110
Max. P 0.832410
window1137

overview

Window 7

Location 1,947,623 – 1,947,733
Length 110
Sequences 6
Columns 118
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 70.58
Mean single sequence MFE -29.54
Consensus MFE -15.48
Energy contribution -16.07
Covariance contribution 0.59
Combinations/Pair 1.29
Mean z-score -1.68
Structure conservation index 0.52
SVM decision value 0.72
SVM RNA-class probability 0.832410
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 1947623 110 - 22224390
UCAGCACCUCCAUCUCCAUGUACAGCUCGUUCAGCUGUGUCGUGGUCAGAUAUUGCAGUUCUGCAAGAGAAUG--UGCGGAUUAUGUUAAUCUGUGUAACUGGCAUCCAG------GA
.......(((.((((((((((((((((.....))))))).)))))..)))).(((((....))))))))..((--..(((((((...)))))))..)).((((...))))------.. ( -35.80)
>DroGri_CAF1 20238 103 - 1
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>DroSec_CAF1 10057 110 - 1
UCAGCACCUCCAUCUCCAUGUACAGCUCGUUCAGCUGUGUCGUGGUCAGAUAUUGUAGUUCUGCAAGAGAAAG--UGCGGAUUAUGUUCAUCUGUGUAACUGGCAUCCAG------GA
...(((((((.((((((((((((((((.....))))))).)))))..)))).(((((....))))))))...)--)))((((...(((((....)).)))....))))..------.. ( -32.00)
>DroEre_CAF1 11178 110 - 1
UCAGCACCUCCAUCUCCAUGUACAGCUCGUUCAGCUGUGUCGUGGUCAGAUAUUGCAGUUCUGCAAGAGAAAA--CAGGGGUUUUGUACACCUUUACCAUUACCAUUCAG------GA
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>DroYak_CAF1 10459 106 - 1
UGAGCACCUCCAUCUCCAUAUACAGCUCGUUCAGCUGUGUCGUGGUCAGAUAUUGCAGUUCUGCAAGGGAAAG--AGAAUGUUAGCUAUGAUCUUA--ACUGGCAUUUAG--------
........(((((((((((((((((((.....)))))))).))))..)))).(((((....))))).)))...--.(((((((((.((......))--.)))))))))..-------- ( -31.40)
>DroAna_CAF1 16515 106 - 1
UCAGGACCUCCAUCUCCAUGUACAGCUCGUUUAGCUGUGUCGUGGUCAAGUACUGCAGUUCUGUGGGAAAAA----UAAUCAAAAUUUCAUUA--GUAAAUGGAUUAAAU------UA
........(((((..((((((((((((.....))))))).))))).......(..((....))..)......----.................--....)))))......------.. ( -23.20)
>consensus
UCAGCACCUCCAUCUCCAUGUACAGCUCGUUCAGCUGUGUCGUGGUCAGAUAUUGCAGUUCUGCAAGAGAAAG__UGAGGAUUAUGUUCAUCU_UGUAACUGGCAUCCAG______GA
...........((((((((((((((((.....))))))).)))))..)))).(((((....))))).................................................... (-15.48 = -16.07 +   0.59)

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secondary structure

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