Locus 686

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 1,906,970 – 1,907,083
Length 113
Max. P 0.731227
window1099

overview

Window 9

Location 1,906,970 – 1,907,083
Length 113
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 89.81
Mean single sequence MFE -37.02
Consensus MFE -26.70
Energy contribution -26.94
Covariance contribution 0.24
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -2.10
Structure conservation index 0.72
SVM decision value 0.42
SVM RNA-class probability 0.731227
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 1906970 113 + 22224390
UGCGCACUCUCAUUGUUUGUUGUUUGCUGCGGAUUGUGUGAAGAACACGAUAGUUUAUGGCUAUCUAAACAUGGGCCCGUGCGUGUGCGUAUGCGUAUAGGCGUAU--A-----UGUAAG
.((((((.(((((.(((((((.((..(.((.....)))..)).)))..((((((.....)))))).)))))))))...)))))).(((((((((((....))))))--)-----)))).. ( -39.30)
>DroSec_CAF1 2451 107 + 1
UGCGCUCUCUCAUUGCUUGUUGUUUGCUGCGGAUUGUGUGAAGAACACGAUAGUUUAUGGCUAUCUAAACAUGGGCCCGUGCGUGUGCGUUUUCGUAU--GCGUAU-----------AAG
..............(((..(.(((((.........((((.....))))((((((.....))))))))))))..)))..(((((((((((....)))))--))))))-----------... ( -30.70)
>DroSim_CAF1 2707 107 + 1
UGCGCACUCUCAUUGUUUGUUGUUUGCUGCGGAUUGUGUGAAGAACACGAUAGUUUAUGGCUAUCUAAACAUGGGCCCGUGCGUGUGCGUAUUCGUAU--GCGUAU-----------AAG
.((((((.(((((.(((((((.((..(.((.....)))..)).)))..((((((.....)))))).)))))))))...))))))((((((((....))--))))))-----------... ( -34.20)
>DroEre_CAF1 286 118 + 1
UGCGCACUCGCAUUGUUUGUUGUUUGCUGCGGAUUGUGUGAAGAACACGAUAGUUUAUGGCUAUCUAAACAUGGGCCCGUGCGUGUGCGUAUGCGUAA--GCGUAUGCGUUAUACAUAAG
.((((((..((..((((((((.((..(.((.....)))..)).)))..((((((.....)))))).)))))...))..))))))..((((((((....--))))))))............ ( -41.10)
>DroYak_CAF1 2919 113 + 1
UGCGCAAUCGCGUUGUUUGUUGUUUGCUGCGGAUUGUGUGAAGAACACGAUAGUUUAUGGCUAUCUAAACAUGGGCCCGUGUGUGUGCGUGUGCGUAU--GAGUAUGCG-----CGUAAG
.((((((((.(((.((.........)).))))))))))).....((((((((((.....))))))...(((((....)))))))))((((((((....--..)))))))-----)..... ( -39.80)
>consensus
UGCGCACUCUCAUUGUUUGUUGUUUGCUGCGGAUUGUGUGAAGAACACGAUAGUUUAUGGCUAUCUAAACAUGGGCCCGUGCGUGUGCGUAUGCGUAU__GCGUAU__________UAAG
(((((....................((.(((((((((((.....))))))).(((((((..........)))))))))))))..(((((....)))))..)))))............... (-26.70 = -26.94 +   0.24)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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