| Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 1,661,711 – 1,661,820 |
| Length | 109 |
| Max. P | 0.735828 |
| Location | 1,661,711 – 1,661,820 |
|---|---|
| Length | 109 |
| Sequences | 5 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 84.40 |
| Mean single sequence MFE | -37.14 |
| Consensus MFE | -26.42 |
| Energy contribution | -25.42 |
| Covariance contribution | -1.00 |
| Combinations/Pair | 1.21 |
| Mean z-score | -1.89 |
| Structure conservation index | 0.71 |
| SVM decision value | 0.44 |
| SVM RNA-class probability | 0.735828 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 1661711 109 + 22224390 ---CAC-CAGAUGACGGAGUCACAAGGCAACAACAUGUUGUCGUUGGCAUGAAUUUGCCCAACAAAUUAUGUGCAACAU-UGGAGCUUGUGGCACUUCGCGGUCGUGUGGCCAG------ ---..(-((.(((((.(.(((((((((((((.....))))))((((((((((.((((.....)))))))))).))))..-......)))))))......).))))).)))....------ ( -35.90) >DroPse_CAF1 51582 118 + 1 CAUCGU-CAGAUGACAGAGUCACAGAGCAACAACAUGUUGCCGUUGGCAUGAAUUGGCUUAACAAAUUAUGUGUAACAU-UAGAGCUCUUGCAACUUCGCGGUUGCAAGGACAGGAUGUG ((((((-(....)))...(((...(.(((((.....))))))((((((((((.(((......))).)))))).))))..-.......(((((((((....))))))))))))..)))).. ( -36.30) >DroSec_CAF1 26630 110 + 1 ---CACCCAGAUGACGGAGUCACAAGGCAACAACAUGUUGUCGUUGGCAUGAAUUGGCCCAACAAAUUAUGUGCAACAU-UGGAGCUUGUGGCACUUCGCGGUCGUGUGGCCAG------ ---...(((.(((((.(.(((((((((((((.....))))))((((((((((.(((......))).)))))).))))..-......)))))))......).))))).)))....------ ( -37.30) >DroYak_CAF1 27244 113 + 1 AAUCGC-CAGAUGACGGAGUCACAAGGCAACAACAUGUUGUCGUUGGCAUGAAUUGGCCCAACAAAUUAUGUGCAACAUUUGGAGCUUGUGCCACUUCGCGGUCGUGUGGCCAG------ ....((-((.((((((((((((((((.(..(((.(((((((.....((((((.(((......))).))))))))))))))))..)))))))..)))))...))))).))))...------ ( -39.90) >DroPer_CAF1 53408 118 + 1 CAUCGU-CAGAUGACAGAGUCACAGAGCAACAACAUGUUGCCGUUGGCAUGAAUUGGCUUAACAAAUUAUGUGUAACAU-UAGAGCUCUUGCAACUUCGCGGUUGCAAGGACAGGAUGUG ((((((-(....)))...(((...(.(((((.....))))))((((((((((.(((......))).)))))).))))..-.......(((((((((....))))))))))))..)))).. ( -36.30) >consensus _AUCGC_CAGAUGACGGAGUCACAAGGCAACAACAUGUUGUCGUUGGCAUGAAUUGGCCCAACAAAUUAUGUGCAACAU_UGGAGCUUGUGCCACUUCGCGGUCGUGUGGCCAG______ ...(((...(((..((((((..((((((......(((((((.....((((((.(((......))).))))))))))))).....)))).))..))))))..)))..)))........... (-26.42 = -25.42 + -1.00)
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