Locus 587

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	1,655,363 – 1,655,508
Length	145
Max. P	0.987592

overview

Window 5

Location	1,655,363 – 1,655,476
Length	113
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	80.00
Mean single sequence MFE	-19.34
Consensus MFE	-15.09
Energy contribution	-15.37
Covariance contribution	0.28
Combinations/Pair	1.23
Mean z-score	-1.75
Structure conservation index	0.78
SVM decision value	0.89
SVM RNA-class probability	0.875412
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 1655363 113 - 22224390
AAAUAGAUAUAAAUGCGAUUUACUUCUUGCUCGCUCAGGAAGUAGAUUCAAUUUAUAUUCAUCUGUAUGCUUAUUUUUCCAGCAUUAUUUGUAC--UUUUCUGAACCCCACGACC-----
..((((((((((((..(((((((((((((......)))))))))))))..)))))))....)))))(((((.........))))).........--...................----- ( -22.00)
>DroPse_CAF1 39928 109 - 1
AAAUAAAUAUAAAUGCGAUUUACACUUUGCUAG----AGUAGUAAAUUCAAUUUAUAUUCAUGCGCAUUCUUACU------CCAUUAUUCGUAGAUUUUUCAUAGCUC-AUAACCCCAUA
.....(((((((((..(((((((((((.....)----))).)))))))..))))))))).(((.((.....(((.------.........)))((....))...)).)-))......... ( -15.50)
>DroSec_CAF1 20211 113 - 1
AAAUAGAUAUAAAUGCGAUUUACUUCUUGCUCGCUCAGGAAGUAGAUUCAAUUUAUAUUCAUCUGUAUGCUUAUUUUUCCAGCAUUAUUUGUAC--UUUUCUGAGCCCCACGACC-----
..((((((((((((..(((((((((((((......)))))))))))))..)))))))....)))))..(((((........(((.....)))..--.....))))).........----- ( -23.66)
>DroSim_CAF1 9456 113 - 1
AAAUAGAUAUAAAUGCGAUUUACUUCUUGCUCGCUCAGGAAGUAGAUUCAAUUUAUAUUCAUCUGUAUGCUUAUUUUUCCAGCAUUAUUUGUAC--UUUUCUGAGCCCCACGACC-----
..((((((((((((..(((((((((((((......)))))))))))))..)))))))....)))))..(((((........(((.....)))..--.....))))).........----- ( -23.66)
>DroYak_CAF1 20803 109 - 1
AAAUAGAUAUAAAUGCGAUUUACUUCUUGC----UCAGCAAGUAGAUUCAAUUUAUAUUCAUCUGUAUGCUUAUUUUUCCAGCAUUAUUUGUAU--UUUUCCGAGCCCCACAAUC-----
.....(((((((((..(((((((((((...----..)).)))))))))..)))))))))....(((..((((.........(((.....)))..--......))))...)))...----- ( -15.83)
>DroPer_CAF1 41853 109 - 1
AAAUAAAUAUAAAUGCGAUUUACACUUUGCUAG----AGGAGUAAAUUCAAUUUAUAUUCAUGCGCAUUCUUACU------CCAUUAUUCGUAGAUUUUUCAUAGCUC-AUAACCCCAUA
.....(((((((((..(((((((.((((....)----))).)))))))..))))))))).(((.((.....(((.------.........)))((....))...)).)-))......... ( -15.40)
>consensus
AAAUAGAUAUAAAUGCGAUUUACUUCUUGCUCG_UCAGGAAGUAGAUUCAAUUUAUAUUCAUCUGUAUGCUUAUUUUUCCAGCAUUAUUUGUAC__UUUUCUGAGCCCCACAACC_____
.....(((((((((..(((((((((((((......)))))))))))))..)))))))))............................................................. (-15.09 = -15.37 +   0.28)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	1,655,396 – 1,655,508
Length	112
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	76.15
Mean single sequence MFE	-24.55
Consensus MFE	-15.36
Energy contribution	-15.53
Covariance contribution	0.17
Combinations/Pair	1.28
Mean z-score	-2.48
Structure conservation index	0.63
SVM decision value	2.09
SVM RNA-class probability	0.987592
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 1655396 112 - 22224390
--------UCUGUAGCGAGUCUGCGAACUCGUUCAUUGUCAAAUAGAUAUAAAUGCGAUUUACUUCUUGCUCGCUCAGGAAGUAGAUUCAAUUUAUAUUCAUCUGUAUGCUUAUUUUUCC
--------..((.(((((((......)))))))))..(.((.((((((((((((..(((((((((((((......)))))))))))))..)))))))....))))).))).......... ( -28.40)
>DroPse_CAF1 39966 103 - 1
UAUGUACUUUCGUA--------GUACUCUCGCUCAUGGUCAAAUAAAUAUAAAUGCGAUUUACACUUUGCUAG----AGUAGUAAAUUCAAUUUAUAUUCAUGCGCAUUCUUACU-----
...(((((.....)--------))))....((.(((((........((((((((..(((((((((((.....)----))).)))))))..))))))))))))).)).........----- ( -22.30)
>DroSec_CAF1 20244 112 - 1
--------UCUGUAGCGAGUCUGCGAACUCGUUCAUUGUCAAAUAGAUAUAAAUGCGAUUUACUUCUUGCUCGCUCAGGAAGUAGAUUCAAUUUAUAUUCAUCUGUAUGCUUAUUUUUCC
--------..((.(((((((......)))))))))..(.((.((((((((((((..(((((((((((((......)))))))))))))..)))))))....))))).))).......... ( -28.40)
>DroSim_CAF1 9489 112 - 1
--------UCUGUAGCGAGUCUGCGAACUCGUUCAUUGUCAAAUAGAUAUAAAUGCGAUUUACUUCUUGCUCGCUCAGGAAGUAGAUUCAAUUUAUAUUCAUCUGUAUGCUUAUUUUUCC
--------..((.(((((((......)))))))))..(.((.((((((((((((..(((((((((((((......)))))))))))))..)))))))....))))).))).......... ( -28.40)
>DroYak_CAF1 20836 101 - 1
--------UCUA-------GCUGCGAACUCGUUCAUUGUCAAAUAGAUAUAAAUGCGAUUUACUUCUUGC----UCAGCAAGUAGAUUCAAUUUAUAUUCAUCUGUAUGCUUAUUUUUCC
--------...(-------((((((((....)))...........(((((((((..(((((((((((...----..)).)))))))))..))))))))).....))).)))......... ( -17.60)
>DroPer_CAF1 41891 103 - 1
UAUGUACUUUCGUA--------GUACUCUCGCUCAUGGUCAAAUAAAUAUAAAUGCGAUUUACACUUUGCUAG----AGGAGUAAAUUCAAUUUAUAUUCAUGCGCAUUCUUACU-----
...(((((.....)--------))))....((.(((((........((((((((..(((((((.((((....)----))).)))))))..))))))))))))).)).........----- ( -22.20)
>consensus
________UCUGUA_____UCUGCGAACUCGUUCAUUGUCAAAUAGAUAUAAAUGCGAUUUACUUCUUGCUCG_UCAGGAAGUAGAUUCAAUUUAUAUUCAUCUGUAUGCUUAUUUUUCC
......................(((....))).............(((((((((..(((((((((((((......)))))))))))))..)))))))))..................... (-15.36 = -15.53 +   0.17)

alignment

secondary structure

dotplot

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