Locus 578

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 1,637,901 – 1,638,061
Length 160
Max. P 0.994822
window922 window923

overview

Window 2

Location 1,637,901 – 1,638,021
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 97.44
Mean single sequence MFE -30.22
Consensus MFE -26.32
Energy contribution -26.48
Covariance contribution 0.17
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -1.52
Structure conservation index 0.87
SVM decision value 0.37
SVM RNA-class probability 0.707984
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 1637901 120 + 22224390
GAAUACUGAUGGGCAAUACCCUUAUAAACUAAAAUCCGGGGUACAUUUCCAUUUGUAUAUAAAUACAGCACCUUGUGGGGAUGCACGGAUAUUUAGUCCUCACGAAAACGACACUGGUGU
..((((.((((((...((((((...............))))))....)))))).)))).........(((((((((((((((.............))))))))))..........))))) ( -30.78)
>DroVir_CAF1 5178 120 + 1
GAAUACAGACGGGCAAUACCCUUAUAAACUAAAAUCCGGGGUACAUUUCCAUUUGUAUAUAAAUACAGCACCAUGUGGGGAUGCACGGAUAUUUAGUCCUCACGAAAACGACACUGGUGU
..(((((((.(((...((((((...............))))))....))).))))))).........(((((((((((((((.............)))))))))..........)))))) ( -30.58)
>DroGri_CAF1 4053 120 + 1
GAAUACAGACGGGCAAUACCCUUAUAAACUAAAAUCCGGGGUACAUUUCCAUUUGUAUAUAAAUACAGCACCAUGUGGGGAUGCACGGAUAUUUAGUCCUCACGAAAACGACACUGGUGU
..(((((((.(((...((((((...............))))))....))).))))))).........(((((((((((((((.............)))))))))..........)))))) ( -30.58)
>DroWil_CAF1 20465 120 + 1
GAAUACUGACGGGCUAUACCCAUAUAAACUAAAAUCCGGGGUACAUUUCCAUUUGUAUAUUAAUACAGCACCUUGUGGGGAUGCACGGAUAUUUAGUCCUCACGAAAACGACACUGGUGU
..(((((...(((.....)))......(((((((((((.....(((..((((((((((....))))))......))))..)))..))))).))))))..................))))) ( -27.70)
>DroMoj_CAF1 5033 120 + 1
GAAUACAGACGGGCAAUACCCUUAUAAACUAAAAUCCGGGGUACAUUUCCAUUUGUAUAUAAAUACAGCACCAUGUGGGGAUGCACGGAUAUUUAGUCCUCACGAAAACGACACUGGUGU
..(((((((.(((...((((((...............))))))....))).))))))).........(((((((((((((((.............)))))))))..........)))))) ( -30.58)
>DroPer_CAF1 6482 120 + 1
GAAUACUGAUGGGCAAUACCCUUAUAAACUAAAAUCCGGGGUACAUUUCCAUUUGUAUAUAAAUACAGCACCUUGUGGGGAUGCACGGAUAUUUAGUCCUCACGAAAACGACACAGGUGU
..((((.((((((...((((((...............))))))....)))))).)))).........(((((((((((((((.............)))))))))..........)))))) ( -31.08)
>consensus
GAAUACAGACGGGCAAUACCCUUAUAAACUAAAAUCCGGGGUACAUUUCCAUUUGUAUAUAAAUACAGCACCAUGUGGGGAUGCACGGAUAUUUAGUCCUCACGAAAACGACACUGGUGU
.....(((..(((.....)))......(((((((((((.....(((..((((((((((....))))))......))))..)))..))))).))))))................))).... (-26.32 = -26.48 +   0.17)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 3

Location 1,637,941 – 1,638,061
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 91.96
Mean single sequence MFE -29.86
Consensus MFE -27.87
Energy contribution -27.90
Covariance contribution 0.03
Combinations/Pair 1.07
Mean z-score -1.98
Structure conservation index 0.93
SVM decision value 2.51
SVM RNA-class probability 0.994822
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 1637941 120 + 22224390
GUACAUUUCCAUUUGUAUAUAAAUACAGCACCUUGUGGGGAUGCACGGAUAUUUAGUCCUCACGAAAACGACACUGGUGUUGAUAAACAUCCAAAUAGGUUGGUACAAACUGCAUUCUAU
((((....(((((((..........(((((((((((((((((.............))))))))))..........))))))).........))))).))...)))).............. ( -28.53)
>DroVir_CAF1 5218 117 + 1
GUACAUUUCCAUUUGUAUAUAAAUACAGCACCAUGUGGGGAUGCACGGAUAUUUAGUCCUCACGAAAACGACACUGGUGUUGAUAAGCAUCCAAAUAGGUUGGUACAACACUUAU---UU
((((........((((((....)))))).(((.(((..((((((..((((.....)))).........(((((....)))))....))))))..))))))..)))).........---.. ( -30.60)
>DroGri_CAF1 4093 117 + 1
GUACAUUUCCAUUUGUAUAUAAAUACAGCACCAUGUGGGGAUGCACGGAUAUUUAGUCCUCACGAAAACGACACUGGUGUUGAUAAGCAUCCAAAUAGGUUCGUACAACAAAUAU---CU
((((.........(((((....)))))(.(((.(((..((((((..((((.....)))).........(((((....)))))....))))))..)))))).))))).........---.. ( -31.50)
>DroWil_CAF1 20505 120 + 1
GUACAUUUCCAUUUGUAUAUUAAUACAGCACCUUGUGGGGAUGCACGGAUAUUUAGUCCUCACGAAAACGACACUGGUGUUGAUAAACAUCCGAAUAGGUUGGUACAAAACGCUCUCUCU
((((....(((((((.((.((.((.(((((((((((((((((.............))))))))))..........))))))))).)).)).))))).))...)))).............. ( -29.12)
>DroMoj_CAF1 5073 117 + 1
GUACAUUUCCAUUUGUAUAUAAAUACAGCACCAUGUGGGGAUGCACGGAUAUUUAGUCCUCACGAAAACGACACUGGUGUUGAUAAGCAUCCAAAUAGGUUGGUACAACACAUUU---UU
((((........((((((....)))))).(((.(((..((((((..((((.....)))).........(((((....)))))....))))))..))))))..)))).........---.. ( -30.60)
>DroAna_CAF1 2475 120 + 1
GUACAUUUCCAUUUGUAUAUAAAUACAGCACCUUGUGGGGAUGCACGGAUAUUUAGUCCUCACGAAAACGACACAGGUGUUGAUAAACAUCCAAAUAGGUUGGUACAAUCGAUAUAUUAU
((((....(((((((..........(((((((((((((((((.............)))))))))..........)))))))).........))))).))...)))).............. ( -28.83)
>consensus
GUACAUUUCCAUUUGUAUAUAAAUACAGCACCAUGUGGGGAUGCACGGAUAUUUAGUCCUCACGAAAACGACACUGGUGUUGAUAAACAUCCAAAUAGGUUGGUACAACACAUAU___AU
((((....(((((((..........(((((((((((((((((.............)))))))))..........)))))))).........))))).))...)))).............. (-27.87 = -27.90 +   0.03)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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