Locus 569

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	1,629,787 – 1,629,907
Length	120
Max. P	0.997903

overview

Window 6

Location	1,629,787 – 1,629,877
Length	90
Sequences	5
Columns	92
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	91.88
Mean single sequence MFE	-25.56
Consensus MFE	-20.22
Energy contribution	-20.46
Covariance contribution	0.24
Combinations/Pair	1.04
Mean z-score	-3.82
Structure conservation index	0.79
SVM decision value	2.96
SVM RNA-class probability	0.997903
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 1629787 90 + 22224390
UUUGUUAACAGCUACUGUUGGCAGAUAUCCAAAAUAUCGAUAU-AAGCGGAC-UGAUUCGAGCAGUAACAUUACGAUGUAAGUAUCGAUAUU
(((((((((((...))))))))))).......(((((((((((-......((-((.......)))).((((....))))..))))))))))) ( -24.00)
>DroSec_CAF1 24905 90 + 1
UUUGUUAACAGCAACUGUUAGCAGAUAUCCA-AAUAUCGAUAUUAUGCAGAC-UGAUGCGAGCAGUAACAUUACGAUGUAAGUAUCGAUAUU
(((((((((((...)))))))))))......-((((((((((((.((((...-(((((..........)))))...)))))))))))))))) ( -26.40)
>DroSim_CAF1 41421 90 + 1
UUUGUUAACAGCAACUGUUAGCAGAUAUCCA-AAUAUCGAUAUUAUGCAGAC-UGAUGCGAGCAGUAACAUUACGAUGUAAGUAUCGAUAUU
(((((((((((...)))))))))))......-((((((((((((.((((...-(((((..........)))))...)))))))))))))))) ( -26.40)
>DroEre_CAF1 26251 89 + 1
UUUGUUAACAGCAACUGUUAGCAGAUAUCCAAAAUAUCGAUA---UGCAGACAUUCCGCAAGCAGUAACAUUACGAUGUAAGUAUCGAUAUU
(((((((((((...))))))))))).......((((((((((---(....(((((.(....)..(((....))))))))..))))))))))) ( -25.50)
>DroYak_CAF1 29188 89 + 1
UUUGUUAACAGCAACUGUUAGCAGAUAUCCAAAAUAUCGAUA---UGCAGACAUUCCGCAAGCAGUAACAUUACGAUGUAAGUAUCGAUAUU
(((((((((((...))))))))))).......((((((((((---(....(((((.(....)..(((....))))))))..))))))))))) ( -25.50)
>consensus
UUUGUUAACAGCAACUGUUAGCAGAUAUCCAAAAUAUCGAUAU_AUGCAGAC_UGAUGCGAGCAGUAACAUUACGAUGUAAGUAUCGAUAUU
(((((((((((...))))))))))).......(((((((((((...((.............))....((((....))))..))))))))))) (-20.22 = -20.46 +   0.24)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	1,629,800 – 1,629,907
Length	107
Sequences	5
Columns	110
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	90.83
Mean single sequence MFE	-30.94
Consensus MFE	-22.44
Energy contribution	-24.32
Covariance contribution	1.88
Combinations/Pair	1.06
Mean z-score	-3.45
Structure conservation index	0.73
SVM decision value	1.60
SVM RNA-class probability	0.966998
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 1629800 107 + 22224390
ACUGUUGGCAGAUAUCCAAAAUAUCGAUAU-AAGCGGAC-UGAUUCGAGCAGUAACAUUACGAUGUAAGUAUCGAUAUUAGAUAUUGUGAUA-ACUGCUCACAUCGCUAG
..(((.(((((.((((((((((((((((((-......((-((.......)))).((((....))))..))))))))))).....))).))))-.))))).)))....... ( -28.20)
>DroSec_CAF1 24918 108 + 1
ACUGUUAGCAGAUAUCCA-AAUAUCGAUAUUAUGCAGAC-UGAUGCGAGCAGUAACAUUACGAUGUAAGUAUCGAUAUUGGAUAUUGUGAUAAACUGCUCACAUCGCUAG
...(((.(((((((((..-......)))))).))).)))-.((((.(((((((...((((((((((.((((....))))..))))))))))..))))))).))))..... ( -34.60)
>DroSim_CAF1 41434 108 + 1
ACUGUUAGCAGAUAUCCA-AAUAUCGAUAUUAUGCAGAC-UGAUGCGAGCAGUAACAUUACGAUGUAAGUAUCGAUAUUGGAUAUUGUGAUAAACUGCUCACAUCGCUAG
...(((.(((((((((..-......)))))).))).)))-.((((.(((((((...((((((((((.((((....))))..))))))))))..))))))).))))..... ( -34.60)
>DroEre_CAF1 26264 107 + 1
ACUGUUAGCAGAUAUCCAAAAUAUCGAUA---UGCAGACAUUCCGCAAGCAGUAACAUUACGAUGUAAGUAUCGAUAUUGGAUAUUGUGAUAAACAGCUCACAUCCCUAG
..(((.(((.((((((((..(((((((((---(....(((((.(....)..(((....))))))))..))))))))))))))))))((.....)).))).)))....... ( -29.30)
>DroYak_CAF1 29201 107 + 1
ACUGUUAGCAGAUAUCCAAAAUAUCGAUA---UGCAGACAUUCCGCAAGCAGUAACAUUACGAUGUAAGUAUCGAUAUUGGAUAUUGUGAUAAAUUGCGCGCAUCCCUAG
.......((.((((((((..(((((((((---(....(((((.(....)..(((....))))))))..))))))))))))))))))(((........)))))........ ( -28.00)
>consensus
ACUGUUAGCAGAUAUCCAAAAUAUCGAUAU_AUGCAGAC_UGAUGCGAGCAGUAACAUUACGAUGUAAGUAUCGAUAUUGGAUAUUGUGAUAAACUGCUCACAUCGCUAG
.((((.....(((((.....)))))........))))....((((.(((((((...((((((((((.((((....))))..))))))))))..))))))).))))..... (-22.44 = -24.32 +   1.88)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	1,629,800 – 1,629,907
Length	107
Sequences	5
Columns	110
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	90.83
Mean single sequence MFE	-26.40
Consensus MFE	-20.46
Energy contribution	-21.50
Covariance contribution	1.04
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-2.24
Structure conservation index	0.77
SVM decision value	1.28
SVM RNA-class probability	0.939815
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 1629800 107 - 22224390
CUAGCGAUGUGAGCAGU-UAUCACAAUAUCUAAUAUCGAUACUUACAUCGUAAUGUUACUGCUCGAAUCA-GUCCGCUU-AUAUCGAUAUUUUGGAUAUCUGCCAACAGU
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>DroSec_CAF1 24918 108 - 1
CUAGCGAUGUGAGCAGUUUAUCACAAUAUCCAAUAUCGAUACUUACAUCGUAAUGUUACUGCUCGCAUCA-GUCUGCAUAAUAUCGAUAUU-UGGAUAUCUGCUAACAGU
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>DroSim_CAF1 41434 108 - 1
CUAGCGAUGUGAGCAGUUUAUCACAAUAUCCAAUAUCGAUACUUACAUCGUAAUGUUACUGCUCGCAUCA-GUCUGCAUAAUAUCGAUAUU-UGGAUAUCUGCUAACAGU
.(((((.(((((........)))))((((((((((((((((..(((...)))((((.((((.......))-))..))))..)))))))).)-))))))).)))))..... ( -29.10)
>DroEre_CAF1 26264 107 - 1
CUAGGGAUGUGAGCUGUUUAUCACAAUAUCCAAUAUCGAUACUUACAUCGUAAUGUUACUGCUUGCGGAAUGUCUGCA---UAUCGAUAUUUUGGAUAUCUGCUAACAGU
.(((((((((((........))))).(((((((((((((((...((((....)))).......(((((.....)))))---)))))))))..))))))))).)))..... ( -27.90)
>DroYak_CAF1 29201 107 - 1
CUAGGGAUGCGCGCAAUUUAUCACAAUAUCCAAUAUCGAUACUUACAUCGUAAUGUUACUGCUUGCGGAAUGUCUGCA---UAUCGAUAUUUUGGAUAUCUGCUAACAGU
.(((.((((.........)))).((((((((((((((((((...((((....)))).......(((((.....)))))---)))))))))..))))))).)))))..... ( -22.70)
>consensus
CUAGCGAUGUGAGCAGUUUAUCACAAUAUCCAAUAUCGAUACUUACAUCGUAAUGUUACUGCUCGCAUCA_GUCUGCAU_AUAUCGAUAUUUUGGAUAUCUGCUAACAGU
.(((((.(((((........)))))((((((((((((((((...((((....))))....((..((.....))..))....)))))))))..))))))).)))))..... (-20.46 = -21.50 +   1.04)

alignment

secondary structure

dotplot

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