Locus 543

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	1,550,506 – 1,550,639
Length	133
Max. P	0.956998

overview

Window 5

Location	1,550,506 – 1,550,623
Length	117
Sequences	6
Columns	117
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	77.31
Mean single sequence MFE	-52.40
Consensus MFE	-31.92
Energy contribution	-33.87
Covariance contribution	1.95
Combinations/Pair	1.24
Mean z-score	-1.85
Structure conservation index	0.61
SVM decision value	0.92
SVM RNA-class probability	0.882665
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 1550506 117 - 22224390
CCGGUGCACCCCGUCGUGGUGGCUGCGGCGGAGGCACACGCUGCCGCCAAGCUGCUCAAGCAGCAGCAGCCACAGCUCUCGGUGGUGCAGCAUCUGCAGUACGUCGGCGGCGGACUC
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>DroPse_CAF1 17909 111 - 1
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((((.....))))---..(((..(---((....))))))(((((((((..(((((....))))).(((.((((.......)).))))).((((.......)))).)))))))))... ( -50.10)
>DroGri_CAF1 16692 109 - 1
CUGUUGCAUCCCGUUGU------UGCGGCCGAGGCGCAUGCCGCCGCCAAGUUACUCAAGCAGCAGCAGCCACAGCUCUCCGUGGUGCAGCAUCUACAGUAUCCGGGCCAUGGCA--
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>DroEre_CAF1 14430 117 - 1
CCAGUGCACCCUGUUGUGGUGGCUGCGGCGGAGGCGCACGCUGCCGCCAAGCUGCUUAAGCAACAGCAGCCACAGCUGUCGGUGGUGCAGCAUCUGCAGUACGUGGGCGGCGGACUC
....(((((((((..((.(((((((((((((.(((....))).)))))..(((.....)))....)))))))).))...))).))))))...(((((.((......)).)))))... ( -58.30)
>DroAna_CAF1 16979 111 - 1
CUGGG----CCUGC--CGGUGGCGGCAGCAGAGGCCCAUGCUGCUGCCAAGCUCCUGAAGCAGCAGCAACCGCAGCUGUCGGUGGUGCAGCAUUUGCAGUAUACGGGUGGUGGACUG
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>DroPer_CAF1 17649 111 - 1
CUGGUCUACCCAG---UGGUGGCU---GCGGAAGCACACGCCGCCGCCAAGCUGCUCAAGCAGCAGCAGCCCCAACUGUCGGUGGUGCAGCAUCUGCAGUAUGCAGGCGGUGGUUUU
((((.....))))---..(((..(---((....))))))(((((((((..(((((....))))).((((((((.......)).)))((((...))))....))).)))))))))... ( -51.30)
>consensus
CUGGUGCACCCAGU__UGGUGGCUGCGGCGGAGGCACACGCCGCCGCCAAGCUGCUCAAGCAGCAGCAGCCACAGCUGUCGGUGGUGCAGCAUCUGCAGUAUGCGGGCGGUGGACUC
.........((.........((((((.((((.(((....))).))))...(((((....))))).))))))...((((((.(((.(((((...))))).)))...)))))))).... (-31.92 = -33.87 +   1.95)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	1,550,546 – 1,550,639
Length	93
Sequences	6
Columns	93
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	87.96
Mean single sequence MFE	-45.02
Consensus MFE	-37.78
Energy contribution	-38.62
Covariance contribution	0.84
Combinations/Pair	1.16
Mean z-score	-2.86
Structure conservation index	0.84
SVM decision value	1.47
SVM RNA-class probability	0.956998
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 1550546 93 - 22224390
AGGAGUCGGCACCGAACCGGUGCACCCCGUCGUGGUGGCUGCGGCGGAGGCACACGCUGCCGCCAAGCUGCUCAAGCAGCAGCAGCCACAGCU
.((.((..((((((...)))))))).))...((.(((((((((((((.(((....))).)))))..(((((....))))).)))))))).)). ( -54.00)
>DroSec_CAF1 12921 93 - 1
AGGAGUCGGCACCGAGCCAGUACACCCCGUCGUGGUGGCUGCGGCGGAGGCACACGCUGCCGCUAAGCUGCUCAAGCAGCAGCAGCCACAGCU
.((..(((....))).))(((.(((......)))(((((((((((((.(((....))).)))))..(((((....))))).)))))))).))) ( -46.20)
>DroSim_CAF1 14711 93 - 1
AGGAGUCGGCACCGAGCCAGUACACCCCGUCGUGGUGGCUGCGGCGGAGGCACACGCUGCCGCUAAGCUGCUCAAGCAGCAGCAGCCACAGCU
.((..(((....))).))(((.(((......)))(((((((((((((.(((....))).)))))..(((((....))))).)))))))).))) ( -46.20)
>DroEre_CAF1 14470 93 - 1
AGGAGUCGGCACCGAGCCAGUGCACCCUGUUGUGGUGGCUGCGGCGGAGGCGCACGCUGCCGCCAAGCUGCUUAAGCAACAGCAGCCACAGCU
(((.((..((((.......)))))))))((((((((.((((.(((((.(((....))).)))))..(((.....)))..)))).)))))))). ( -44.50)
>DroYak_CAF1 13205 93 - 1
AGGAGACGGCACCGAACCAGUACACCCUGUCGUGGUCGCUGCAGCGGAGGCGCACGCUGCCGCCAAGCUGCUCAAGCAGCAGCAGCCACAACU
.(....)(((..(((..(((......))))))..)))(((((.((((.(((....))).))))...(((((....))))).)))))....... ( -38.10)
>DroPer_CAF1 17689 87 - 1
AGGGCUCGGAUCCGAUCUGGUCUACCCAG---UGGUGGCU---GCGGAAGCACACGCCGCCGCCAAGCUGCUCAAGCAGCAGCAGCCCCAACU
.(((((((((((......))))).....(---((((((((---((....)))...))))))))...(((((....))))).).)))))..... ( -41.10)
>consensus
AGGAGUCGGCACCGAGCCAGUACACCCCGUCGUGGUGGCUGCGGCGGAGGCACACGCUGCCGCCAAGCUGCUCAAGCAGCAGCAGCCACAGCU
.((..(((....))).))(((.(((......)))(((((((((((((.(((....))).)))))..(((((....))))).)))))))).))) (-37.78 = -38.62 +   0.84)

alignment

secondary structure

dotplot

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