Locus 530

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	1,517,109 – 1,517,297
Length	188
Max. P	0.991601

overview

Window 1

Location	1,517,109 – 1,517,217
Length	108
Sequences	3
Columns	108
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	98.77
Mean single sequence MFE	-23.97
Consensus MFE	-23.30
Energy contribution	-23.30
Covariance contribution	0.00
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-1.94
Structure conservation index	0.97
SVM decision value	0.77
SVM RNA-class probability	0.846359
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 1517109 108 - 22224390
UCGCGUGUGUAUAUGUAUGUGUAUAUAAAAAAGUGAUUUUAAUUUCUGUUACUUUAUUCGUCGUAUUCGUGAAUAAGUAGAAAAAAUUACUUUCCUACUGCAUACUUG
....(((((((((((((....))))))..(((((((((((...(((((....((((((((.((....)))))))))))))))))))))))))).....)))))))... ( -24.30)
>DroSec_CAF1 6572 108 - 1
GCGCGUGUGUAUAUGUAUGUGUAUAUAAAAAAGUGAUUUUAAUUUCUGUUACUUUAUUCGUCGUAUUCGUGAAUAAGUAGAAAAAAUUACUUUCCUACUGCAUCCUUG
..((.(((((((((....)))))))))..(((((((((((...(((((....((((((((.((....))))))))))))))))))))))))))......))....... ( -23.30)
>DroSim_CAF1 7829 108 - 1
GCGCGUGUGUAUAUGUAUGUGUAUAUAAAAAAGUGAUUUUAAUUUCUGUUACUUUAUUCGUCGUAUUCGUGAAUAAGUAGAAAAAAUUACUUUCCUACUGCAUACUUG
....(((((((((((((....))))))..(((((((((((...(((((....((((((((.((....)))))))))))))))))))))))))).....)))))))... ( -24.30)
>consensus
GCGCGUGUGUAUAUGUAUGUGUAUAUAAAAAAGUGAUUUUAAUUUCUGUUACUUUAUUCGUCGUAUUCGUGAAUAAGUAGAAAAAAUUACUUUCCUACUGCAUACUUG
..((.(((((((((....)))))))))..(((((((((((...(((((....((((((((.((....))))))))))))))))))))))))))......))....... (-23.30 = -23.30 +   0.00)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	1,517,149 – 1,517,257
Length	108
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	82.99
Mean single sequence MFE	-26.14
Consensus MFE	-17.94
Energy contribution	-21.30
Covariance contribution	3.36
Combinations/Pair	1.06
Mean z-score	-2.41
Structure conservation index	0.69
SVM decision value	1.27
SVM RNA-class probability	0.938715
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 1517149 108 - 22224390
AGCUUGCGCAUACGCAUAUGCACAUUUAUCGUUUAUACGCUCG--------CGUGUGUAUAUG----UAUGUGUAUAUAAAAAAGUGAUUUUAAUUUCUGUUACUUUAUUCGUCGUAUUC
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>DroSec_CAF1 6612 108 - 1
CGCUUGCGCGUACGCAUAUGCACAUUUAUCGUUUAUACGCGCG--------CGUGUGUAUAUG----UAUGUGUAUAUAAAAAAGUGAUUUUAAUUUCUGUUACUUUAUUCGUCGUAUUC
(((....)))(((((((((((((((....(((.(((((((...--------.))))))).)))----.))))))))))...((((((((..........))))))))....).))))... ( -29.90)
>DroSim_CAF1 7869 108 - 1
CGCUUGCGCGUACGCAUAUGCACAUUUAUCGUUUAUACGCGCG--------CGUGUGUAUAUG----UAUGUGUAUAUAAAAAAGUGAUUUUAAUUUCUGUUACUUUAUUCGUCGUAUUC
(((....)))(((((((((((((((....(((.(((((((...--------.))))))).)))----.))))))))))...((((((((..........))))))))....).))))... ( -29.90)
>DroEre_CAF1 6654 110 - 1
CGCUUACGCGUACGCAUAUGCACAUUUAUCGCUUAUACGCGUUU--UGUUAUAU--------GUGUAUACGUGUAUAUAAAAAAAUGAUUUUAAUUUCUGUUACUUUAUUCGUCGUAUUU
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>DroYak_CAF1 8189 114 - 1
CGCUUGAGCGCACG------CACAUUUAUCGUUUAUACGCGUUAUAUGUUAUAUGUGUAUAUGUGUAUAUGUGUAUAUAAAAAAAUCAUUUUAAUUUCUGUUACUUUAUUCGUCGUAUUU
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>consensus
CGCUUGCGCGUACGCAUAUGCACAUUUAUCGUUUAUACGCGCG________CGUGUGUAUAUG____UAUGUGUAUAUAAAAAAGUGAUUUUAAUUUCUGUUACUUUAUUCGUCGUAUUC
.((....))(((((.((((((((((........((((((((((........)))))))))).......))))))))))...((((((((..........))))))))......))))).. (-17.94 = -21.30 +   3.36)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	1,517,189 – 1,517,297
Length	108
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	82.47
Mean single sequence MFE	-25.37
Consensus MFE	-14.90
Energy contribution	-16.30
Covariance contribution	1.40
Combinations/Pair	1.09
Mean z-score	-3.45
Structure conservation index	0.59
SVM decision value	2.28
SVM RNA-class probability	0.991601
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 1517189 108 + 22224390
UUAUAUACACAUA----CAUAUACACACG--------CGAGCGUAUAAACGAUAAAUGUGCAUAUGCGUAUGCGCAAGCUAAGCGAAACAACUAAACUAAUGUCUAUGUAUACAUGUAUA
...((((((.(((----((((.(((..((--------(.(((((....))......((((((((....)))))))).)))..)))...............))).)))))))...)))))) ( -23.33)
>DroSec_CAF1 6652 108 + 1
UUAUAUACACAUA----CAUAUACACACG--------CGCGCGUAUAAACGAUAAAUGUGCAUAUGCGUACGCGCAAGCGAAGAGAAACAAUUAAACUAAAGUCUAUGUAUACAUGUAUA
...((((((.(((----((((.((.....--------.((((((((..(((.....)))..)))))))).(((....))).....................)).)))))))...)))))) ( -27.70)
>DroSim_CAF1 7909 108 + 1
UUAUAUACACAUA----CAUAUACACACG--------CGCGCGUAUAAACGAUAAAUGUGCAUAUGCGUACGCGCAAGCGAAGAGAAACAACUAAACUAAAGUCUAUGUAUACAUGUAUA
...((((((.(((----((((.((.....--------.((((((((..(((.....)))..)))))))).(((....))).....................)).)))))))...)))))) ( -27.70)
>DroEre_CAF1 6694 110 + 1
UUAUAUACACGUAUACAC--------AUAUAACA--AAACGCGUAUAAGCGAUAAAUGUGCAUAUGCGUACGCGUAAGCGAUGAGAAACAACUAUACUAAAGUCUAUGUAUACAUGUAUA
...((((((.(((((((.--------........--..((((((((..(((.....)))..)))))))).(((....)))..........................))))))).)))))) ( -28.70)
>DroYak_CAF1 8229 114 + 1
UUAUAUACACAUAUACACAUAUACACAUAUAACAUAUAACGCGUAUAAACGAUAAAUGUG------CGUGCGCUCAAGCGAAGAGAAACAACUAUACUAAAGUCUAUGUAUACAUGUAUA
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>consensus
UUAUAUACACAUA____CAUAUACACACG________CGCGCGUAUAAACGAUAAAUGUGCAUAUGCGUACGCGCAAGCGAAGAGAAACAACUAAACUAAAGUCUAUGUAUACAUGUAUA
.((((((.((............................((((((((..(((.....)))..)))))))).(((....))).....................)).)))))).......... (-14.90 = -16.30 +   1.40)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	1,517,189 – 1,517,297
Length	108
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	82.47
Mean single sequence MFE	-30.46
Consensus MFE	-16.50
Energy contribution	-19.66
Covariance contribution	3.16
Combinations/Pair	1.06
Mean z-score	-3.60
Structure conservation index	0.54
SVM decision value	2.20
SVM RNA-class probability	0.990215
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 1517189 108 - 22224390
UAUACAUGUAUACAUAGACAUUAGUUUAGUUGUUUCGCUUAGCUUGCGCAUACGCAUAUGCACAUUUAUCGUUUAUACGCUCG--------CGUGUGUAUAUG----UAUGUGUAUAUAA
......((((((((((...............((..(((.......)))...))((((((((((((....(((....)))....--------.)))))))))))----).)))))))))). ( -29.00)
>DroSec_CAF1 6652 108 - 1
UAUACAUGUAUACAUAGACUUUAGUUUAAUUGUUUCUCUUCGCUUGCGCGUACGCAUAUGCACAUUUAUCGUUUAUACGCGCG--------CGUGUGUAUAUG----UAUGUGUAUAUAA
(((((((((((((((((((....)))))............(((..(((((((((.(((........))))))....)))))))--------))))))))))))----))))......... ( -31.10)
>DroSim_CAF1 7909 108 - 1
UAUACAUGUAUACAUAGACUUUAGUUUAGUUGUUUCUCUUCGCUUGCGCGUACGCAUAUGCACAUUUAUCGUUUAUACGCGCG--------CGUGUGUAUAUG----UAUGUGUAUAUAA
(((((((((((((((((((....)))))............(((..(((((((((.(((........))))))....)))))))--------))))))))))))----))))......... ( -31.10)
>DroEre_CAF1 6694 110 - 1
UAUACAUGUAUACAUAGACUUUAGUAUAGUUGUUUCUCAUCGCUUACGCGUACGCAUAUGCACAUUUAUCGCUUAUACGCGUUU--UGUUAUAU--------GUGUAUACGUGUAUAUAA
((((((((((((((((((((.......))))..........((..(((((((.(((((........))).))...)))))))..--.))....)--------)))))))))))))))... ( -31.40)
>DroYak_CAF1 8229 114 - 1
UAUACAUGUAUACAUAGACUUUAGUAUAGUUGUUUCUCUUCGCUUGAGCGCACG------CACAUUUAUCGUUUAUACGCGUUAUAUGUUAUAUGUGUAUAUGUGUAUAUGUGUAUAUAA
(((((((((((((((((.(((.(((..((........))..))).))))(((((------.((((.((.(((......))).)).))))....))))).))))))))))))))))..... ( -29.70)
>consensus
UAUACAUGUAUACAUAGACUUUAGUUUAGUUGUUUCUCUUCGCUUGCGCGUACGCAUAUGCACAUUUAUCGUUUAUACGCGCG________CGUGUGUAUAUG____UAUGUGUAUAUAA
.......((((...(((((....))))).............((....))))))..((((((((((........((((((((((........)))))))))).......)))))))))).. (-16.50 = -19.66 +   3.16)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 09:47:01 2006