Locus 527

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 1,514,832 – 1,514,980
Length 148
Max. P 0.988601
window826 window827

overview

Window 6

Location 1,514,832 – 1,514,940
Length 108
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 90.60
Mean single sequence MFE -29.30
Consensus MFE -24.12
Energy contribution -23.96
Covariance contribution -0.16
Combinations/Pair 1.16
Mean z-score -1.55
Structure conservation index 0.82
SVM decision value 0.56
SVM RNA-class probability 0.782243
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 1514832 108 - 22224390
CACAGGAGAUAAAAAAGAAGGGCAUUAGAGCGGUCGGACUGGCGUGGUUGAUAGGGCUGUG-GGGUCUUAUCAAUUUGAA----CUGGUUAAGGCUUAUUUAUUGGUUUUGG-------U
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>DroSec_CAF1 4292 108 - 1
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>DroSim_CAF1 5514 108 - 1
CACAGGAGAUAAAAAAGAAGAGCAUUAGAGCGGUCGGACUGGCGUGGUUGAUAGGGCUGUG-GGGUCUUAUCAAUUUGAA----CUGGUCUAGGCUUAUUUAUUGGUUUUGG-------U
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>DroEre_CAF1 4326 115 - 1
CACAGGAGAUAAAAAAGAAUGGCGUUAGAUCGGUCGGACUGGCGUAGUUGAUAGGGCUGUG-GGGUCUUAUCAAUUUGAA----CUGGUUUAGGCUUAUUUAUUGGUUUUGGUAUUUGGU
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>DroYak_CAF1 5869 113 - 1
CACAGGAGAUAAAAAAGAAGGGCGUUAGUUCGGUCGGACUGGCGUGGUUGAUAGGGCUGCGUGGGUCUUAUCAAUUUGAGAACUUUGGUUUAGGCAUAUUUAUUGGUUUUGA-------U
..(((((((((((...((((.((((((((((....))))))))))(((((((((((((.....)))))))))))))......)))).((....))...))))))..))))).-------. ( -31.00)
>consensus
CACAGGAGAUAAAAAAGAAGGGCAUUAGAGCGGUCGGACUGGCGUGGUUGAUAGGGCUGUG_GGGUCUUAUCAAUUUGAA____CUGGUUUAGGCUUAUUUAUUGGUUUUGG_______U
.................((((.((.((((..((((((((..(...(((((((((((((.....)))))))))))))........)..)))).))))..)))).)).)))).......... (-24.12 = -23.96 +  -0.16)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 7

Location 1,514,861 – 1,514,980
Length 119
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 96.48
Mean single sequence MFE -39.28
Consensus MFE -35.92
Energy contribution -35.76
Covariance contribution -0.16
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -1.81
Structure conservation index 0.91
SVM decision value 2.13
SVM RNA-class probability 0.988601
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 1514861 119 - 22224390
GGCGAGGUAGCUGCGGAGCGGGUGAUGCUGUGCGGUCCUGCACAGGAGAUAAAAAAGAAGGGCAUUAGAGCGGUCGGACUGGCGUGGUUGAUAGGGCUGUG-GGGUCUUAUCAAUUUGAA
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>DroSec_CAF1 4321 119 - 1
GGCGAGGUAGCUGCGGAGCGGGUGAUGCUGUGCGGUCCUGCACAGGAGAUAAAAAAGAAGAGCAUUAGAGCGGUCGGACUGGCGUGGUUGAUAGGGCUGUG-GGGUCUUAUCAAUUUGAA
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>DroSim_CAF1 5543 119 - 1
GGCGAGGUAGCUGCGGAGCGGGUGAUGCUGUGCGGUCCUGCACAGGAGAUAAAAAAGAAGAGCAUUAGAGCGGUCGGACUGGCGUGGUUGAUAGGGCUGUG-GGGUCUUAUCAAUUUGAA
.((.(((..((((((.((((.....)))).)))))))))((.(((..(((...........((......)).)))...)))))))(((((((((((((...-.))))))))))))).... ( -37.40)
>DroEre_CAF1 4362 119 - 1
GGCGAGGUAGCUGCGGAGCGGGUGAUGCUGUGCGGUCCUGCACAGGAGAUAAAAAAGAAUGGCGUUAGAUCGGUCGGACUGGCGUAGUUGAUAGGGCUGUG-GGGUCUUAUCAAUUUGAA
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>DroYak_CAF1 5902 120 - 1
GGCGAGGUAGCUGCGGAGCGGGUGAUGCUGUGCGGUCCUGCACAGGAGAUAAAAAAGAAGGGCGUUAGUUCGGUCGGACUGGCGUGGUUGAUAGGGCUGCGUGGGUCUUAUCAAUUUGAG
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>consensus
GGCGAGGUAGCUGCGGAGCGGGUGAUGCUGUGCGGUCCUGCACAGGAGAUAAAAAAGAAGGGCAUUAGAGCGGUCGGACUGGCGUGGUUGAUAGGGCUGUG_GGGUCUUAUCAAUUUGAA
.((.(((..((((((.((((.....)))).)))))))))((.(((..(((.......((.....))......)))...)))))))(((((((((((((.....))))))))))))).... (-35.92 = -35.76 +  -0.16)

alignment

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secondary structure

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