| Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 12,990,304 – 12,990,423 |
| Length | 119 |
| Max. P | 0.747805 |
| Location | 12,990,304 – 12,990,423 |
|---|---|
| Length | 119 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 81.25 |
| Mean single sequence MFE | -47.45 |
| Consensus MFE | -31.89 |
| Energy contribution | -32.70 |
| Covariance contribution | 0.81 |
| Combinations/Pair | 1.30 |
| Mean z-score | -1.84 |
| Structure conservation index | 0.67 |
| SVM decision value | 0.47 |
| SVM RNA-class probability | 0.747805 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 12990304 119 + 22224390 -AGGUCAGCUGGCGGAGGAGCAGAAGACUGAUCAGUUUGACAGACAGGGCAUGCGAUAUCUGAGCUAUCUGCUGUAUCCGCUUUGUAUAUGCGGAGCGGUCUAUUCGCUCCUCUACCAAC -........(((..(((((((..(((((((.........((((.((((....((.........))..)))))))).(((((.........))))).)))))).)..)))))))..))).. ( -44.80) >DroGri_CAF1 20624 117 + 1 AAGGCCAACUGGCCGAGCAGCA---GACACAGCAGUUUGAUCGGGAGGGGAUGCGUUAUCUGAGCUAUCUGCUGUAUCCGCUUUGUCUUGGUGGUGCAAUCUAUUCUCUGCUCUAUCAGC ..((((....))))((((((.(---((.(((((((.....(((((((.(....).)).))))).....)))))))..(((((.......)))))..........)))))))))....... ( -40.70) >DroEre_CAF1 16749 119 + 1 -CGGGCAGCUGGCGGAGGAGCAAAAGACCGAUCAGUUCGACAGGCAGGGCAUGCGGUAUCUGAGCUAUCUGCUGUAUCCGCUUUGCAUAUGCGGAGCGGUCUAUUCGCUCCUCUACCAGC -......(((((..(((((((((.((((((.....((((.((.(((((((((((((((...((....))))))))))..)))))))...)))))).)))))).)).)))))))..))))) ( -55.00) >DroYak_CAF1 16542 119 + 1 -CGGUCAGCUGGCGGAGGAGCAGAAGACCGAUCAAUUCGACAGGCAGGGCAUGCGGUAUCUGAGCUAUCUGCUUUAUCCGCUUUGCAUAUGCGGAGCGGUCUAUUCGCUCAUCUACCAGC -......(((((..((.((((..(((((((.((....(....)(((..(((.((((.....((((.....))))...))))..)))...))).)).)))))).)..)))).))..))))) ( -47.80) >DroMoj_CAF1 30152 116 + 1 -CGGCCAGCUGGCCGAGCAGCA---GACGCAGCAGUUCGAUCGGGAGGGCAUGCGCUACCUGAGCUACCUGCUGUAUCCGCUGUGUCUGGGCGGCGCUGUCUACUCGCUGCUUUAUCAGC -(((((....))))).(((((.---((..((((((.....(((((((.(....).)).))))).....))))))..)).)))))(...((((((((..(....).))))))))...)... ( -52.20) >DroAna_CAF1 13434 116 + 1 -GGAGCAGCUGGCCGAGGAGCA---GACGGAUCAGUUCGAUCGCCAGGGCAUGCGGUACCUGAGCUACCUGCUGUAUCCGCUGUGCCUGGGAGGCGCUGUUUACUCGCUCAUCUAUCAGC -.((..((.((..(((((((((---(.(.((((.....))))(((.(((((((((((((...(((.....)))))).)))).))))))....)))))))))).))))..)).)).))... ( -44.20) >consensus _CGGCCAGCUGGCCGAGGAGCA___GACCGAUCAGUUCGACAGGCAGGGCAUGCGGUAUCUGAGCUAUCUGCUGUAUCCGCUUUGCAUAGGCGGAGCGGUCUAUUCGCUCCUCUACCAGC .......(((((..(((((((....(((((...........(((((((....((.........))..)))))))...((((.........))))..))))).....)))))))..))))) (-31.89 = -32.70 + 0.81)
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