Locus 4950

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	12,925,977 – 12,926,069
Length	92
Max. P	0.772358

overview

Window 8

Location	12,925,977 – 12,926,069
Length	92
Sequences	6
Columns	102
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	82.25
Mean single sequence MFE	-26.81
Consensus MFE	-17.82
Energy contribution	-18.43
Covariance contribution	0.61
Combinations/Pair	1.16
Mean z-score	-1.77
Structure conservation index	0.66
SVM decision value	0.16
SVM RNA-class probability	0.613147
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 12925977 92 + 22224390
GGGCAAUCGCCAC-------UAUACUAUUACCGUACU---ACUGCCUUUGCUUUACAGAUUGCCAUGAGCGUGGUCAGUGCGCUGCACUAUCUGCACGCUCA
.(((((((.....-------..(((.......)))..---...((....))......))))))).(((((((((..(((((...)))))..)..)))))))) ( -28.00)
>DroVir_CAF1 2797 87 + 1
----AAUUAUAAUUGAUCCAUAUCCAAUUGUUAAACU---AUU--------GUGACAGAUUGCGAUGAGCGUGGUCAGUGCGUUGCAUUAUCUGCACGCCCA
----....(((((((.........)))))))......---...--------(((.((((((((((((.((.......)).)))))))..))))))))..... ( -20.50)
>DroSec_CAF1 2654 95 + 1
GGGCAAUCGCCAC-------UAUACUACUGCCGUACUACUACUGCCUUUGCUUUACAGAUUGCCAUGAGCGUGGUCAGUGCGCUGCACUAUCUGCACGCUCA
.(((((((.....-------.........((.(((....))).))............))))))).(((((((((..(((((...)))))..)..)))))))) ( -29.27)
>DroSim_CAF1 2691 95 + 1
GGGCAAUCGCCAC-------UAUACUACUGCCGUACUACUACUGCCUUUGCUUUACAGAUUGCCAUGAGCGUGGUCAGUGCGCUGCACUAUCUGCACGCUCA
.(((((((.....-------.........((.(((....))).))............))))))).(((((((((..(((((...)))))..)..)))))))) ( -29.27)
>DroEre_CAF1 2618 92 + 1
GGGCAAUCCCCAC-------UAUUCUACUGCUGUACU---ACUGCCUUUGCUUUACAGAUUGCAAUGAGCGUGGUCAGUGCGCUGCACUACCUGCACGCUCA
(((.....)))..-------.........((((.(((---((.(((.((((..........)))).).)))))))))))(((.((((.....)))))))... ( -26.50)
>DroYak_CAF1 2569 92 + 1
GGGCAAGCCCCAC-------UAUACCACUGCUGUACU---ACUGCCUUUGCUUUACAGAUUGCAAUGAGCGUGGUCAGUGCGCUGCACUAUCUGCACGCUCA
(((....)))...-------.........((((.(((---((.(((.((((..........)))).).)))))))))))(((.((((.....)))))))... ( -27.30)
>consensus
GGGCAAUCGCCAC_______UAUACUACUGCCGUACU___ACUGCCUUUGCUUUACAGAUUGCCAUGAGCGUGGUCAGUGCGCUGCACUAUCUGCACGCUCA
..((((((.................(((....)))........((....))......))))))..(((((((((..(((((...)))))..)..)))))))) (-17.82 = -18.43 +   0.61)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	12,925,977 – 12,926,069
Length	92
Sequences	6
Columns	102
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	82.25
Mean single sequence MFE	-30.23
Consensus MFE	-22.18
Energy contribution	-22.77
Covariance contribution	0.58
Combinations/Pair	1.12
Mean z-score	-1.97
Structure conservation index	0.73
SVM decision value	0.53
SVM RNA-class probability	0.772358
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 12925977 92 - 22224390
UGAGCGUGCAGAUAGUGCAGCGCACUGACCACGCUCAUGGCAAUCUGUAAAGCAAAGGCAGU---AGUACGGUAAUAGUAUA-------GUGGCGAUUGCCC
((((((((....((((((...))))))..)))))))).(((((((((.....))..(.((.(---(.(((.......)))))-------.)).)))))))). ( -33.10)
>DroVir_CAF1 2797 87 - 1
UGGGCGUGCAGAUAAUGCAACGCACUGACCACGCUCAUCGCAAUCUGUCAC--------AAU---AGUUUAACAAUUGGAUAUGGAUCAAUUAUAAUU----
...(((((((.....))).))))..((((((.((.....))....((((.(--------(((---.(.....).))))))))))).))).........---- ( -18.40)
>DroSec_CAF1 2654 95 - 1
UGAGCGUGCAGAUAGUGCAGCGCACUGACCACGCUCAUGGCAAUCUGUAAAGCAAAGGCAGUAGUAGUACGGCAGUAGUAUA-------GUGGCGAUUGCCC
((((((((....((((((...))))))..)))))))).(((((((((.....))..(.((.((.((.(((....))).))))-------.)).)))))))). ( -35.10)
>DroSim_CAF1 2691 95 - 1
UGAGCGUGCAGAUAGUGCAGCGCACUGACCACGCUCAUGGCAAUCUGUAAAGCAAAGGCAGUAGUAGUACGGCAGUAGUAUA-------GUGGCGAUUGCCC
((((((((....((((((...))))))..)))))))).(((((((((.....))..(.((.((.((.(((....))).))))-------.)).)))))))). ( -35.10)
>DroEre_CAF1 2618 92 - 1
UGAGCGUGCAGGUAGUGCAGCGCACUGACCACGCUCAUUGCAAUCUGUAAAGCAAAGGCAGU---AGUACAGCAGUAGAAUA-------GUGGGGAUUGCCC
((((((((....((((((...))))))..))))))))..(((((((.((..((....))...---..(((....))).....-------.)).))))))).. ( -30.40)
>DroYak_CAF1 2569 92 - 1
UGAGCGUGCAGAUAGUGCAGCGCACUGACCACGCUCAUUGCAAUCUGUAAAGCAAAGGCAGU---AGUACAGCAGUGGUAUA-------GUGGGGCUUGCCC
...((.((((.....)))))).((((((((((((.....))...(((((..((.......))---..)))))..))))).))-------)))(((....))) ( -29.30)
>consensus
UGAGCGUGCAGAUAGUGCAGCGCACUGACCACGCUCAUGGCAAUCUGUAAAGCAAAGGCAGU___AGUACAGCAGUAGUAUA_______GUGGCGAUUGCCC
((((((((....((((((...))))))..))))))))..((((((......((....)).......((((.......)))).............)))))).. (-22.18 = -22.77 +   0.58)

alignment

secondary structure

dotplot

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