Locus 4940

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	12,896,003 – 12,896,102
Length	99
Max. P	0.993983

overview

Window 5

Location	12,896,003 – 12,896,102
Length	99
Sequences	6
Columns	103
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	85.42
Mean single sequence MFE	-43.57
Consensus MFE	-39.89
Energy contribution	-39.45
Covariance contribution	-0.44
Combinations/Pair	1.22
Mean z-score	-5.71
Structure conservation index	0.92
SVM decision value	2.44
SVM RNA-class probability	0.993983
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 12896003 99 + 22224390
AGAAUUCCGUGGCUGGCA--UCGCUCGCUGUAAAUUGUAAUCAUCAAAGCGUUUU--CUCAGAGCCGCUUGGUGUUACUUCUUACAGUGAGUGUGCCAGUCCG
.......((.((((((((--.((((((((((((...((((.((((((.((((((.--....))).)))))))))))))...)))))))))))))))))))))) ( -47.00)
>DroGri_CAF1 123742 91 + 1
---------UGAAUGACGUCACGCCCGCUGUAAUAUGUAAUCAUCAAAGCGUGUAU-UU--UACUCGCUUGGUGUUACUUCUUACAGUGAGUGCGACGGCCAC
---------.......((((.(((.((((((((...((((.((((((.(((.(((.-..--))).)))))))))))))...)))))))).))).))))..... ( -35.80)
>DroSec_CAF1 96848 99 + 1
AGAAUUCCGUGGCUGGCA--UCGCUCGCUGUAAAUUGUAAUCAUCAAAGCGUUUU--CUCAGAGCCGCUUGGUGUUACUUCUUACAGUGAGUGUGCCAGUCCG
.......((.((((((((--.((((((((((((...((((.((((((.((((((.--....))).)))))))))))))...)))))))))))))))))))))) ( -47.00)
>DroEre_CAF1 93949 99 + 1
AGAAUUCCGUGGCUGGCA--UCGCCCGCUGUAAAUUGUAAUCAUCAAAGCGUUUU--CUCAGAGCCGCUUGGUGUUACUUCUUACAGUGAGUGUGCCAGUCCG
.......((.((((((((--.(((.((((((((...((((.((((((.((((((.--....))).)))))))))))))...)))))))).))))))))))))) ( -42.20)
>DroYak_CAF1 105539 99 + 1
AGAAUUCCGUGGCUGGCA--UCGCUCGCUGUAAAUUGUAAUCAUCAAAGCGUUUU--CUCAGAGCCGCUUGGUGUUACUUCUUACAGUGAGUGUGCCAGUCCG
.......((.((((((((--.((((((((((((...((((.((((((.((((((.--....))).)))))))))))))...)))))))))))))))))))))) ( -47.00)
>DroAna_CAF1 108583 101 + 1
AAAAUUCCGUGGCUGGCA--UCGUUCACUGUAAAUUGUAACCAUCAAAGCGUUUUUUAUCAGAGCCGCUUGGUGUUACUUCUUACAGUGAGUGAGCCAGCUGG
..........(((((((.--(((((((((((((...(((((.(((((.(((.(((......))).)))))))))))))...)))))))))))))))))))).. ( -42.40)
>consensus
AGAAUUCCGUGGCUGGCA__UCGCUCGCUGUAAAUUGUAAUCAUCAAAGCGUUUU__CUCAGAGCCGCUUGGUGUUACUUCUUACAGUGAGUGUGCCAGUCCG
..........((((((((...((((((((((((...((((.((((((.(((.(((......))).)))))))))))))...)))))))))))))))))))).. (-39.89 = -39.45 +  -0.44)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	12,896,003 – 12,896,102
Length	99
Sequences	6
Columns	103
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	85.42
Mean single sequence MFE	-35.21
Consensus MFE	-25.61
Energy contribution	-26.56
Covariance contribution	0.95
Combinations/Pair	1.10
Mean z-score	-3.99
Structure conservation index	0.73
SVM decision value	1.14
SVM RNA-class probability	0.921720
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 12896003 99 - 22224390
CGGACUGGCACACUCACUGUAAGAAGUAACACCAAGCGGCUCUGAG--AAAACGCUUUGAUGAUUACAAUUUACAGCGAGCGA--UGCCAGCCACGGAAUUCU
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>DroGri_CAF1 123742 91 - 1
GUGGCCGUCGCACUCACUGUAAGAAGUAACACCAAGCGAGUA--AA-AUACACGCUUUGAUGAUUACAUAUUACAGCGGGCGUGACGUCAUUCA---------
(((((.(((((.(((.((((((...(((((((.(((((.(((--..-.))).))))).).)).))))...)))))).))).))))))))))...--------- ( -33.50)
>DroSec_CAF1 96848 99 - 1
CGGACUGGCACACUCACUGUAAGAAGUAACACCAAGCGGCUCUGAG--AAAACGCUUUGAUGAUUACAAUUUACAGCGAGCGA--UGCCAGCCACGGAAUUCU
.((.(((((((.(((.(((((((..(((((((.(((((........--....))))).).)).))))..))))))).))).).--)))))))).......... ( -35.50)
>DroEre_CAF1 93949 99 - 1
CGGACUGGCACACUCACUGUAAGAAGUAACACCAAGCGGCUCUGAG--AAAACGCUUUGAUGAUUACAAUUUACAGCGGGCGA--UGCCAGCCACGGAAUUCU
.((.(((((((.(((.(((((((..(((((((.(((((........--....))))).).)).))))..))))))).))).).--)))))))).......... ( -34.60)
>DroYak_CAF1 105539 99 - 1
CGGACUGGCACACUCACUGUAAGAAGUAACACCAAGCGGCUCUGAG--AAAACGCUUUGAUGAUUACAAUUUACAGCGAGCGA--UGCCAGCCACGGAAUUCU
.((.(((((((.(((.(((((((..(((((((.(((((........--....))))).).)).))))..))))))).))).).--)))))))).......... ( -35.50)
>DroAna_CAF1 108583 101 - 1
CCAGCUGGCUCACUCACUGUAAGAAGUAACACCAAGCGGCUCUGAUAAAAAACGCUUUGAUGGUUACAAUUUACAGUGAACGA--UGCCAGCCACGGAAUUUU
((.((((((((..((((((((((..(((((.(.(((((..............))))).)...)))))..))))))))))..))--.))))))...))...... ( -36.64)
>consensus
CGGACUGGCACACUCACUGUAAGAAGUAACACCAAGCGGCUCUGAG__AAAACGCUUUGAUGAUUACAAUUUACAGCGAGCGA__UGCCAGCCACGGAAUUCU
.((.(((((((.(((.(((((((..(((((((.(((((..............))))).).)).))))..))))))).))).)...)))))))).......... (-25.61 = -26.56 +   0.95)

alignment

secondary structure

dotplot

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