Locus 4796

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	12,470,257 – 12,470,396
Length	139
Max. P	0.952658

overview

Window 8

Location	12,470,257 – 12,470,361
Length	104
Sequences	6
Columns	115
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	79.08
Mean single sequence MFE	-29.93
Consensus MFE	-23.73
Energy contribution	-23.82
Covariance contribution	0.09
Combinations/Pair	1.17
Mean z-score	-2.18
Structure conservation index	0.79
SVM decision value	1.42
SVM RNA-class probability	0.952658
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 12470257 104 + 22224390
AAAGUGCCCAUAAUCGA----AAGGCAUCUGUUGCAGCUAGCGGGUGUUUUAUUUGGUAGCUGUAAUG--A--UUUG---AAUCUAUCAUAAGACACACGCGGCUAUAACCGUUG
...(((((.........----..)))))..((((.((((.(((.((((((((..((((((...(((..--.--.)))---...)))))))))))))).))))))).))))..... ( -29.30)
>DroGri_CAF1 218 106 + 1
AAAGUCUGCCCAAAAAA----UUGACGUCUGUUGUAGCCUGCGUAUGUUUUAUUUGGUAGUUGUAACU--AAAAUCG---AAUCUAUCAUAAGACACACGCGGCUAUCACAGUUC
...(((...........----..)))..((((.((((((.((((.(((((((..(((((((((.....--.....))---)..))))))))))))).)))))))))).))))... ( -30.92)
>DroEre_CAF1 208 103 + 1
AAAGUGCC-UUAAUCGA----AAGGCAUCCGUUGCAGCUAGCGGGUGUUUUAUUUGGUAGCUGUAAUG--A--UUUG---AAUCUAUCAUAAGACACACGCGGCUAUAACCGAUG
.....(((-((......----)))))(((.((((.((((.(((.((((((((..((((((...(((..--.--.)))---...)))))))))))))).))))))).)))).))). ( -34.10)
>DroWil_CAF1 7965 111 + 1
AGAGUGUA--CAAUCGUAUUCAGGGCAUUUGUUGCAGCUAGCGGGUGUUUUAUUUGGUAGCUGCACUAAAA--UUUCAAUAAUCUAUCAUAAGACACACGCGGCUAUGACCGAUG
.(((((..--......)))))....((((.(((..((((.(((.((((((((..((((((.(.........--........).)))))))))))))).)))))))..))).)))) ( -27.03)
>DroYak_CAF1 227 104 + 1
AUAGUGCAUUUAAUCGA----AAGGCAUCUGUUGCAGCUAGCGGGUGUUUUAUUUGGUAGCUGUAAUG--A--UUUG---AAUCUAUCAUAAGACACACGCGGCUAUAACCGAUG
.............((..----..))((((.((((.((((.(((.((((((((..((((((...(((..--.--.)))---...)))))))))))))).))))))).)))).)))) ( -30.80)
>DroAna_CAF1 183 98 + 1
UUAGUGGA------AGA----AAGGCAUUUGUUGCAGCUAGCGGGUGUUUUAUUUGGUAGCUGAUAUC--G--AAAG---AAUCUAUCAUAAGACACACGCGGCUAUAAUCGAUG
........------...----....((((.((((.((((.(((.((((((((..((((((......((--.--...)---)..)))))))))))))).))))))).)))).)))) ( -27.40)
>consensus
AAAGUGCA__UAAUCGA____AAGGCAUCUGUUGCAGCUAGCGGGUGUUUUAUUUGGUAGCUGUAAUG__A__UUUG___AAUCUAUCAUAAGACACACGCGGCUAUAACCGAUG
.........................((((.((((.((((.(((.((((((((..((((((.......................)))))))))))))).))))))).)))).)))) (-23.73 = -23.82 +   0.09)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	12,470,288 – 12,470,396
Length	108
Sequences	6
Columns	111
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	80.27
Mean single sequence MFE	-24.25
Consensus MFE	-19.60
Energy contribution	-19.60
Covariance contribution	-0.00
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-1.39
Structure conservation index	0.81
SVM decision value	0.47
SVM RNA-class probability	0.749414
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 12470288 108 + 22224390
AGCUAGCGGGUGUUUUAUUUGGUAGCUGUAAUGAUUUGAAUCUAUCAUAAGACACACGCGGCUAUAACCGUUGUC--UAAGAGCUUCAAAAUCGAUAAUA-ACAAACAAUA
((((.(((.((((((((..((((((...(((....)))...)))))))))))))).)))))))......(((((.--...((.........))....)))-))........ ( -24.50)
>DroSec_CAF1 215 103 + 1
AGCUAGCGGGUGUUUUAUUUGGUAGCUGAAUUGAUUUGAAUCUAUCAUAAGACACACGCGGCUAUAACCGAUGUC--UAAAUGCUUCAAA-AUGAUAAUU-----ACAUUA
((((.(((.((((((((..((((((.(..(......)..).)))))))))))))).)))))))......(((((.--..(((...((...-..))..)))-----))))). ( -21.60)
>DroSim_CAF1 240 108 + 1
AGCUAGCGGGUGUUUUAUUUGGUAGCUGAAUUGAUUUGAAUCUAUCAUAAGACACACGCGGCUAUAACCGAUGUC--UAAAUGCUUCAAA-UCGACAUUUAAACAACAUUU
((((.(((.((((((((..((((((.(..(......)..).)))))))))))))).)))))))......(.(((.--(((((((......-..).)))))).))).).... ( -25.10)
>DroEre_CAF1 238 107 + 1
AGCUAGCGGGUGUUUUAUUUGGUAGCUGUAAUGAUUUGAAUCUAUCAUAAGACACACGCGGCUAUAACCGAUGUC--UAAACGCUUCAAA-GUG-CAAUAAACCCAUAUUC
((((.(((.((((((((..((((((...(((....)))...)))))))))))))).)))))))............--.....((......-..)-)............... ( -23.60)
>DroYak_CAF1 258 96 + 1
AGCUAGCGGGUGUUUUAUUUGGUAGCUGUAAUGAUUUGAAUCUAUCAUAAGACACACGCGGCUAUAACCGAUGUC--ACA---------C-AUG-CGACACACAC--AUUA
((((.(((.((((((((..((((((...(((....)))...)))))))))))))).)))))))......(.((((--.(.---------.-..)-.)))))....--.... ( -25.50)
>DroAna_CAF1 208 105 + 1
AGCUAGCGGGUGUUUUAUUUGGUAGCUGAUAUCGAAAGAAUCUAUCAUAAGACACACGCGGCUAUAAUCGAUGUCCUUAGAGUCUACAAG-CUAAAAAUU-----AUAGUU
((((.(((.((((((((..((((((......((....))..)))))))))))))).)))((((.(((.........))).))))....))-)).......-----...... ( -25.20)
>consensus
AGCUAGCGGGUGUUUUAUUUGGUAGCUGAAAUGAUUUGAAUCUAUCAUAAGACACACGCGGCUAUAACCGAUGUC__UAAAUGCUUCAAA_AUGACAAUA_AC__ACAUUA
((((.(((.((((((((..((((((.(............).)))))))))))))).)))))))................................................ (-19.60 = -19.60 +  -0.00)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:33:22 2006