Locus 4752

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	12,355,650 – 12,355,749
Length	99
Max. P	0.960539

overview

Window 9

Location	12,355,650 – 12,355,749
Length	99
Sequences	6
Columns	111
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	75.34
Mean single sequence MFE	-52.90
Consensus MFE	-36.01
Energy contribution	-36.83
Covariance contribution	0.82
Combinations/Pair	1.27
Mean z-score	-1.81
Structure conservation index	0.68
SVM decision value	1.52
SVM RNA-class probability	0.960539
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 12355650 99 + 22224390
-------CGCUGCC---CCGUCCGCCGGCCAAGGAGGAGGCAGGAGCGGAUGUGAUGCAGGCUCCGCACACGGCUGCUGGUCCCAGCAGGCGGUGCGGUGGCAUCGGCU--
-------....(((---.((((((((.(((........)))..).))))))).(((((.....((((((.((.((((((....)))))).))))))))..)))))))).-- ( -56.20)
>DroPse_CAF1 2933 98 + 1
-------CACCUCCAGCUCCUCCUCCGGCUCCGG------CUGGGGGGGCGGCUACACAGGCUCCGCACACGGCUGCUGGUCCGAGCAGACGGUGCGGUGGCAUCGGCGCC
-------...(.((((((.((((((((((....)------))))))))).))))......(((((((((.((.(((((......))))).)))))))).)))...)).).. ( -50.10)
>DroEre_CAF1 2778 99 + 1
-------CGCUGCC---CCGUCCGCCGGCCAAGGAGGAGGCAGGAGCGGAUGUGAUGCAGGCUCCGCACACGGCUGCUGGUCCCAGCAGGCGGUGCGGUGGCAUCGGCU--
-------....(((---.((((((((.(((........)))..).))))))).(((((.....((((((.((.((((((....)))))).))))))))..)))))))).-- ( -56.20)
>DroYak_CAF1 2783 99 + 1
-------CGCUGCC---CCGUCCGCCGGCCAAGGAGGAGGCAGGAGCGGAUGUGAUGCAGGCUCCGCACACGGCUGCUGGUCCCAGCAGGCGGUGCGGUGGCAUCGGCU--
-------....(((---.((((((((.(((........)))..).))))))).(((((.....((((((.((.((((((....)))))).))))))))..)))))))).-- ( -56.20)
>DroMoj_CAF1 3175 89 + 1
--------GUGGCC---CAGUCCAAUCGUCUUGU------UGGGCGU---CGGUAUGCAGGCUCCGCACACGGCUGCUGGGCCCAGCAGGCGGUGCGGCGGCAUCGACU--
--------...(((---(((..(((.....))))------)))))((---((((......(((((((((.((.((((((....)))))).)))))))).))))))))).-- ( -45.00)
>DroAna_CAF1 8169 102 + 1
UCACCACGGCUACC---CCGGCCGCCGG---AGGAGGAUGGUGGGGCG---GCGAUGCAGGCUCCGCACACGGCUGCUGGUCCGAGCAGGCGGUGCGGUGGCAUCGGCUCA
.(((((...((.((---((((...))))---.)).)).)))))((((.---.((((((.....((((((.((.(((((......))))).))))))))..)))))))))). ( -53.70)
>consensus
_______CGCUGCC___CCGUCCGCCGGCCAAGGAGGAGGCAGGAGCGGAUGUGAUGCAGGCUCCGCACACGGCUGCUGGUCCCAGCAGGCGGUGCGGUGGCAUCGGCU__
.......((((.((.......((.((......)).)).....))))))....((((((.....((((((.((.((((((....)))))).))))))))..))))))..... (-36.01 = -36.83 +   0.82)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	12,355,650 – 12,355,749
Length	99
Sequences	6
Columns	111
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	75.34
Mean single sequence MFE	-47.33
Consensus MFE	-32.60
Energy contribution	-33.52
Covariance contribution	0.92
Combinations/Pair	1.21
Mean z-score	-1.33
Structure conservation index	0.69
SVM decision value	0.76
SVM RNA-class probability	0.844787
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 12355650 99 - 22224390
--AGCCGAUGCCACCGCACCGCCUGCUGGGACCAGCAGCCGUGUGCGGAGCCUGCAUCACAUCCGCUCCUGCCUCCUCCUUGGCCGGCGGACGG---GGCAGCG-------
--.(((((((((.((((((((.((((((....)))))).)).)))))).)...))))).(.((((((...(((........))).)))))).).---)))....------- ( -51.10)
>DroPse_CAF1 2933 98 - 1
GGCGCCGAUGCCACCGCACCGUCUGCUCGGACCAGCAGCCGUGUGCGGAGCCUGUGUAGCCGCCCCCCCAG------CCGGAGCCGGAGGAGGAGCUGGAGGUG-------
((((....)))).((((((((.(((((......))))).)).)))))).((((...((((..((((.((.(------(....)).)).)).)).)))).)))).------- ( -41.90)
>DroEre_CAF1 2778 99 - 1
--AGCCGAUGCCACCGCACCGCCUGCUGGGACCAGCAGCCGUGUGCGGAGCCUGCAUCACAUCCGCUCCUGCCUCCUCCUUGGCCGGCGGACGG---GGCAGCG-------
--.(((((((((.((((((((.((((((....)))))).)).)))))).)...))))).(.((((((...(((........))).)))))).).---)))....------- ( -51.10)
>DroYak_CAF1 2783 99 - 1
--AGCCGAUGCCACCGCACCGCCUGCUGGGACCAGCAGCCGUGUGCGGAGCCUGCAUCACAUCCGCUCCUGCCUCCUCCUUGGCCGGCGGACGG---GGCAGCG-------
--.(((((((((.((((((((.((((((....)))))).)).)))))).)...))))).(.((((((...(((........))).)))))).).---)))....------- ( -51.10)
>DroMoj_CAF1 3175 89 - 1
--AGUCGAUGCCGCCGCACCGCCUGCUGGGCCCAGCAGCCGUGUGCGGAGCCUGCAUACCG---ACGCCCA------ACAAGACGAUUGGACUG---GGCCAC--------
--.((((((((..((((((((.((((((....)))))).)).)))))).....))))..))---))(((((------.(((.....)))...))---)))...-------- ( -43.00)
>DroAna_CAF1 8169 102 - 1
UGAGCCGAUGCCACCGCACCGCCUGCUCGGACCAGCAGCCGUGUGCGGAGCCUGCAUCGC---CGCCCCACCAUCCUCCU---CCGGCGGCCGG---GGUAGCCGUGGUGA
...(((((((((.((((((((.(((((......))))).)).)))))).)...)))))).---.))..((((((.((.((---((((...))))---)).))..)))))). ( -45.80)
>consensus
__AGCCGAUGCCACCGCACCGCCUGCUGGGACCAGCAGCCGUGUGCGGAGCCUGCAUCACAUCCGCUCCUGCCUCCUCCUUGGCCGGCGGACGG___GGCAGCG_______
...(((((((((.((((((((.((((((....)))))).)).)))))).)...)))))....(((((..................))))).......)))........... (-32.60 = -33.52 +   0.92)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:32:27 2006