Locus 4738

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	12,314,343 – 12,314,481
Length	138
Max. P	0.969414

overview

Window 0

Location	12,314,343 – 12,314,451
Length	108
Sequences	5
Columns	111
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	83.79
Mean single sequence MFE	-32.96
Consensus MFE	-24.70
Energy contribution	-26.78
Covariance contribution	2.08
Combinations/Pair	1.09
Mean z-score	-1.97
Structure conservation index	0.75
SVM decision value	0.75
SVM RNA-class probability	0.841969
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 12314343 108 + 22224390
GCGCACGCGCUGCCGUUGUCGCGCUAUCUCGCUUGCUCCCACUGCGCAGAGCUGAACAUAAUUUAGCUAGUUCUUAGCUAGAUUAAG-UAGCUCAUAGCUAGUUCCUAG--
(((((.((((.((....)).))))......(....)......))))).((((((....((((((((((((...))))))))))))..-))))))...............-- ( -33.50)
>DroSec_CAF1 16669 109 + 1
GCGCACGCGCUGCCGUGUUCGCGCUAUCUCGCUUGCUCCCACUGCGCAGAGCUGCGCAUA-UCUAGCUAGUUCUUAGCCAGAUUAAG-UAGCUUAUAGCUAGUUCCUAGCG
(((((((((....)))))..(((......)))...........)))).(((((((....(-(((.(((((...))))).))))...)-))))))...(((((...))))). ( -36.00)
>DroSim_CAF1 17165 110 + 1
GCGCACGCGCUGCCGUUUUCGCGCUAUCUCGCUUGCUCCCACUGCGCAGAGCUGCUCAUAAUUUAGCUAGUUCUUAGCCAGAUUAAG-UAGCUUAUAGCUAGUUUCUAGCG
(((((.((((..........))))......(....)......))))).((((((((..((((((.(((((...))))).))))))))-))))))...(((((...))))). ( -34.00)
>DroEre_CAF1 16870 92 + 1
GCGCACGCGCUG--------------UCUCGCUCGCGCCCGCUGCGCAGAGCUGAUCAUAAUUUAGCUAGUUCUUAGCUAGAUUAAGCUAGCUUAUAGUUUAUA-----CU
(((((.((((..--------------........))))....))))).((((((..(.((((((((((((...)))))))))))).).))))))..........-----.. ( -29.20)
>DroYak_CAF1 16207 110 + 1
GCGCACACGCUGCCUUUUUCGCGCCAUCUCGCUUGCUCUCACUGCGCAGAGCUGAUCAUAAUUUAGCUAGUUCUUAGCUAGAUUAAG-UAGCUCAUAGCUAGUUCUUAGCU
(((((......((.......(((......)))..))......))))).((((((....((((((((((((...))))))))))))..-))))))..((((((...)))))) ( -32.10)
>consensus
GCGCACGCGCUGCCGUUUUCGCGCUAUCUCGCUUGCUCCCACUGCGCAGAGCUGAUCAUAAUUUAGCUAGUUCUUAGCUAGAUUAAG_UAGCUUAUAGCUAGUUCCUAGCG
(((((.((((..........))))......(....)......))))).((((((....((((((((((((...))))))))))))...))))))...(((((...))))). (-24.70 = -26.78 +   2.08)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	12,314,374 – 12,314,481
Length	107
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	77.43
Mean single sequence MFE	-27.80
Consensus MFE	-18.40
Energy contribution	-19.28
Covariance contribution	0.88
Combinations/Pair	1.15
Mean z-score	-2.16
Structure conservation index	0.66
SVM decision value	1.64
SVM RNA-class probability	0.969414
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 12314374 107 + 22224390
CUUGCUCCCACUGCGCAGAGCUGAACAUAAUUUAGCUAGUUCUUAGCUAGAUUAAG-UAGCUCAUAGCUAGUUCCUAG------UUCCUUAUUUAG---UUUU---UAGUUUCAGCUUAA
...((.......))((.((((((....((((((((((((...))))))))))))..-))))))..((((((...((((------........))))---...)---)))))...)).... ( -27.20)
>DroSec_CAF1 16700 111 + 1
CUUGCUCCCACUGCGCAGAGCUGCGCAUA-UCUAGCUAGUUCUUAGCCAGAUUAAG-UAGCUUAUAGCUAGUUCCUAGCGUC-GUUCCUUAGAAAG---UUUU---UAGUUUCAGGUUAG
((.(((.....((((((....))))))..-...))).))....(((((((((((((-.(((((...(((((...))))).((-........)))))---))))---))))))..))))). ( -27.90)
>DroSim_CAF1 17196 109 + 1
CUUGCUCCCACUGCGCAGAGCUGCUCAUAAUUUAGCUAGUUCUUAGCCAGAUUAAG-UAGCUUAUAGCUAGUUUCUAGCG----UUCCUUAGAAAG---UUUU---UAGUUUCAGGCUUA
...((.......))((.((((((((..((((((.(((((...))))).))))))))-))))))...(((((...))))).----.......((((.---(...---.).))))..))... ( -26.10)
>DroEre_CAF1 16887 108 + 1
CUCGCGCCCGCUGCGCAGAGCUGAUCAUAAUUUAGCUAGUUCUUAGCUAGAUUAAGCUAGCUUAUAGUUUAUA-----CUAUAGUUUUUCUGCAAGAAAUUUUGCGUAAUUUU-------
..(((((.....))(((((((((..(.((((((((((((...)))))))))))).).))))(((((((....)-----))))))....)))))..........))).......------- ( -29.70)
>DroYak_CAF1 16238 113 + 1
CUUGCUCUCACUGCGCAGAGCUGAUCAUAAUUUAGCUAGUUCUUAGCUAGAUUAAG-UAGCUCAUAGCUAGUUCUUAGCUUUAAGUUCUCUUCAAG---UUUU---UAGUUUUAAGGUAA
..(((....(((((...((((((....((((((((((((...))))))))))))..-))))))...)).))).(((((..(((((..((.....))---..))---)))..)))))))). ( -28.10)
>consensus
CUUGCUCCCACUGCGCAGAGCUGAUCAUAAUUUAGCUAGUUCUUAGCUAGAUUAAG_UAGCUUAUAGCUAGUUCCUAGCG____UUCCUUAGAAAG___UUUU___UAGUUUCAGGUUAA
...(((...(((((...((((((....((((((((((((...))))))))))))...))))))...)).)))....)))......................................... (-18.40 = -19.28 +   0.88)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	12,314,374 – 12,314,481
Length	107
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	77.43
Mean single sequence MFE	-26.68
Consensus MFE	-13.48
Energy contribution	-14.64
Covariance contribution	1.16
Combinations/Pair	1.15
Mean z-score	-2.24
Structure conservation index	0.51
SVM decision value	1.27
SVM RNA-class probability	0.938222
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 12314374 107 - 22224390
UUAAGCUGAAACUA---AAAA---CUAAAUAAGGAA------CUAGGAACUAGCUAUGAGCUA-CUUAAUCUAGCUAAGAACUAGCUAAAUUAUGUUCAGCUCUGCGCAGUGGGAGCAAG
...(((((...(((---....---((.....))...------.)))....))))).(((((..-..((((.((((((.....)))))).)))).)))))(((((........)))))... ( -24.20)
>DroSec_CAF1 16700 111 - 1
CUAACCUGAAACUA---AAAA---CUUUCUAAGGAAC-GACGCUAGGAACUAGCUAUAAGCUA-CUUAAUCUGGCUAAGAACUAGCUAGA-UAUGCGCAGCUCUGCGCAGUGGGAGCAAG
....(((((((...---....---.))))..)))...-...(((((...))))).....(((.-(((((((((((((.....))))))))-).((((((....)))))).)))))))... ( -33.20)
>DroSim_CAF1 17196 109 - 1
UAAGCCUGAAACUA---AAAA---CUUUCUAAGGAA----CGCUAGAAACUAGCUAUAAGCUA-CUUAAUCUGGCUAAGAACUAGCUAAAUUAUGAGCAGCUCUGCGCAGUGGGAGCAAG
....(((((((...---....---.))))..)))..----.(((((...))))).....(((.-..((((.((((((.....)))))).))))..))).(((((........)))))... ( -25.40)
>DroEre_CAF1 16887 108 - 1
-------AAAAUUACGCAAAAUUUCUUGCAGAAAAACUAUAG-----UAUAAACUAUAAGCUAGCUUAAUCUAGCUAAGAACUAGCUAAAUUAUGAUCAGCUCUGCGCAGCGGGCGCGAG
-------.......(((..........(((((.....(((((-----(....)))))).(((..(.((((.((((((.....)))))).)))).)...))))))))((.....))))).. ( -27.40)
>DroYak_CAF1 16238 113 - 1
UUACCUUAAAACUA---AAAA---CUUGAAGAGAACUUAAAGCUAAGAACUAGCUAUGAGCUA-CUUAAUCUAGCUAAGAACUAGCUAAAUUAUGAUCAGCUCUGCGCAGUGAGAGCAAG
..............---....---.................(((....(((.((...(((((.-..((((.((((((.....)))))).)))).....))))).))..)))...)))... ( -23.20)
>consensus
UUAACCUGAAACUA___AAAA___CUUGCUAAGGAA____AGCUAGGAACUAGCUAUAAGCUA_CUUAAUCUAGCUAAGAACUAGCUAAAUUAUGAUCAGCUCUGCGCAGUGGGAGCAAG
.........................................(((((....((((((((((....))))...))))))....))))).............(((((........)))))... (-13.48 = -14.64 +   1.16)

alignment

secondary structure

dotplot

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