Locus 459

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 1,348,493 – 1,348,612
Length 119
Max. P 0.588691
window703

overview

Window 3

Location 1,348,493 – 1,348,612
Length 119
Sequences 6
Columns 119
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 88.12
Mean single sequence MFE -50.34
Consensus MFE -42.38
Energy contribution -41.50
Covariance contribution -0.88
Combinations/Pair 1.29
Mean z-score -1.67
Structure conservation index 0.84
SVM decision value 0.11
SVM RNA-class probability 0.588691
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 1348493 119 - 22224390
CCCGGUGAGUGGCAAGUGCCUGAUGGACCGUGGUGUGCUCUGCCGGGUGGCGGCCGACCACGAGAUGGCCGCCGACAUCGACGUGGGCCAGGCACACCGCAACGAGUCCUUCUACCAGU
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>DroVir_CAF1 19048 119 - 1
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>DroGri_CAF1 10106 119 - 1
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>DroWil_CAF1 24301 119 - 1
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>DroMoj_CAF1 16565 119 - 1
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>DroAna_CAF1 11868 119 - 1
UCCGGUCAGCGGUAAAUGCCUAAUGGACCGCGGUGUCCUGUGCCGUGUGGCAGCGGAUCAUGAGAUGGCCGCCGAUAUCGAUGUCGGCCAGGCACACCGCAACGAGUCCUUCUACCAGU
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>consensus
UCCAGUCAGUGGCAAAUGCCUGAUGGACCGCGGUGUGCUCUGCCGUGUGGCGGCCGAUCACGAAAUGGCCGCCGACAUCGAUGUGGGCCAGGCACACCGCAACGAGUCCUUCUAUCAGU
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alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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