Locus 4555

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	11,979,424 – 11,979,538
Length	114
Max. P	0.831307

overview

Window 7

Location	11,979,424 – 11,979,538
Length	114
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	80.89
Mean single sequence MFE	-23.52
Consensus MFE	-13.65
Energy contribution	-14.23
Covariance contribution	0.58
Combinations/Pair	1.12
Mean z-score	-2.17
Structure conservation index	0.58
SVM decision value	0.44
SVM RNA-class probability	0.736714
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 11979424 114 + 22224390
UUAGAGAUAUUUAUUCGCAUAUUUGCAUAAUGCUCU-GCUGCG---U-CGGCUGCACUUUUUAUGCAGCUU-UCUAAUAUUCAUAUAGAAAUGGAAGACCAUUUCCCAUGCAACCCAAAA
.(((((....((((..(((....)))))))..))))-).((((---(-.(((((((.......))))))).-...............(((((((....)))))))..)))))........ ( -27.40)
>DroPse_CAF1 115118 118 + 1
UUAGAGAUAUUUAUUUGCAUAUUUGCAUAAUUCUCU-UCUUCUAUUUCUGGUCCCAUUUUUUAUGCAGCUUUUCCAUUAUUCACAUAGAGAUGCACAUACG-CGCACAUACAACCCCCCA
..(((((.(((....((((....)))).))))))))-............(((.....((((((((..................))))))))(((.(....)-.)))......)))..... ( -13.97)
>DroSec_CAF1 19216 115 + 1
UUAGAGAUAUUUAUUCGCAUAUUUGCAUAAUGCUCUGGCUGCG---U-CGGCUGCACUUUUUAUGCAGCUU-UCUAUUAUUCAUAUAGAAAUGGAUGCCCAUUUCCCACGCAACCCAAAA
..((((....((((..(((....)))))))..))))((.((((---(-.(((((((.......))))))).-...............(((((((....)))))))..))))).))..... ( -31.40)
>DroEre_CAF1 17952 112 + 1
UUAGAGAUAUUUAUACGC-UAUUUGCAUAAUGCUCU-GCUGCC---U-CGGCUGCACUUUUUAUGCAGCUU-UCUAUUAUUCAUAUAGAAAUGGCAGCCCAUUUCCCACGCAACCGACA-
..((((....((((..((-.....))))))..))))-((((((---.-.(((((((.......)))))))(-(((((.......))))))..)))))).....................- ( -29.10)
>DroYak_CAF1 18876 111 + 1
UUAGAGAUAUUUAUUCGCAUAUUUGCAUAAUGCUCU-GCUGCC---U-CGGUUGCACUUUUUAUGCAGCUU-UCUAUUAUUCAUACAGAAAUGGGAGCACAUUUCCCACGCAACU--CA-
...(((.................(((((((.....(-((.((.---.-..)).)))....)))))))((((-(((...........)))))((((((.....)))))).))..))--).- ( -24.40)
>DroPer_CAF1 119997 118 + 1
UUAGAGAUAUUUAUUUGCAUAUUUGCAUAAUUCUCU-UCUUCUAUUUCUGGUCCCAUUUUUUAUGCAGCUUUUCCAUUAUUCACAUAGAGAUGCAUAUACG-CGCACAUACAACCCCCCA
..(((((.(((....((((....)))).))))))))-........................((((((.((((..............)))).))))))....-.................. ( -14.84)
>consensus
UUAGAGAUAUUUAUUCGCAUAUUUGCAUAAUGCUCU_GCUGCC___U_CGGCUGCACUUUUUAUGCAGCUU_UCUAUUAUUCAUAUAGAAAUGGAAGCACAUUUCCCACGCAACCCACAA
..((((....((((..(((....)))))))..)))).............(((((((.......))))))).................((((((......))))))............... (-13.65 = -14.23 +   0.58)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	11,979,424 – 11,979,538
Length	114
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	80.89
Mean single sequence MFE	-29.98
Consensus MFE	-15.74
Energy contribution	-14.67
Covariance contribution	-1.08
Combinations/Pair	1.37
Mean z-score	-2.70
Structure conservation index	0.53
SVM decision value	0.72
SVM RNA-class probability	0.831307
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 11979424 114 - 22224390
UUUUGGGUUGCAUGGGAAAUGGUCUUCCAUUUCUAUAUGAAUAUUAGA-AAGCUGCAUAAAAAGUGCAGCCG-A---CGCAGC-AGAGCAUUAUGCAAAUAUGCGAAUAAAUAUCUCUAA
......(((((...((((((((....))))))))..............-..(((((((.....)))))))..-.---.)))))-((((..(((((((....)))..))))....)))).. ( -31.00)
>DroPse_CAF1 115118 118 - 1
UGGGGGGUUGUAUGUGCG-CGUAUGUGCAUCUCUAUGUGAAUAAUGGAAAAGCUGCAUAAAAAAUGGGACCAGAAAUAGAAGA-AGAGAAUUAUGCAAAUAUGCAAAUAAAUAUCUCUAA
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>DroSec_CAF1 19216 115 - 1
UUUUGGGUUGCGUGGGAAAUGGGCAUCCAUUUCUAUAUGAAUAAUAGA-AAGCUGCAUAAAAAGUGCAGCCG-A---CGCAGCCAGAGCAUUAUGCAAAUAUGCGAAUAAAUAUCUCUAA
.....((((((((.((((((((....)))))))...............-..(((((((.....)))))))).-)---)))))))((((..(((((((....)))..))))....)))).. ( -37.70)
>DroEre_CAF1 17952 112 - 1
-UGUCGGUUGCGUGGGAAAUGGGCUGCCAUUUCUAUAUGAAUAAUAGA-AAGCUGCAUAAAAAGUGCAGCCG-A---GGCAGC-AGAGCAUUAUGCAAAUA-GCGUAUAAAUAUCUCUAA
-.((...((((((((.......((((((.(((((((.......)))))-))(((((((.....)))))))..-.---))))))-......))))))))...-))................ ( -36.72)
>DroYak_CAF1 18876 111 - 1
-UG--AGUUGCGUGGGAAAUGUGCUCCCAUUUCUGUAUGAAUAAUAGA-AAGCUGCAUAAAAAGUGCAACCG-A---GGCAGC-AGAGCAUUAUGCAAAUAUGCGAAUAAAUAUCUCUAA
-..--..(((((((.(....((((((...(((((((.......)))))-))(((((................-.---.)))))-.))))))....)...))))))).............. ( -26.87)
>DroPer_CAF1 119997 118 - 1
UGGGGGGUUGUAUGUGCG-CGUAUAUGCAUCUCUAUGUGAAUAAUGGAAAAGCUGCAUAAAAAAUGGGACCAGAAAUAGAAGA-AGAGAAUUAUGCAAAUAUGCAAAUAAAUAUCUCUAA
((((((.((((((((..(-((((((((((.((((((.......)))))...).)))))).....((....))...........-.......)))))..)))))))).......)))))). ( -23.80)
>consensus
UUGUGGGUUGCAUGGGAAAUGGGCUUCCAUUUCUAUAUGAAUAAUAGA_AAGCUGCAUAAAAAGUGCAACCG_A___AGCAGC_AGAGCAUUAUGCAAAUAUGCGAAUAAAUAUCUCUAA
.....((((((((((((.......)))))).(((((.......))))).................)))))).............((((..((((((......)))..)))....)))).. (-15.74 = -14.67 +  -1.08)

alignment

secondary structure

dotplot

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