Locus 4464

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	11,813,572 – 11,813,692
Length	120
Max. P	0.932320

overview

Window 5

Location	11,813,572 – 11,813,692
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	98.17
Mean single sequence MFE	-26.21
Consensus MFE	-24.98
Energy contribution	-25.48
Covariance contribution	0.50
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-1.20
Structure conservation index	0.95
SVM decision value	1.22
SVM RNA-class probability	0.932320
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 11813572 120 + 22224390
AACGAAAAAAUCCAUGAUGUUCCAAAUAUUCCUGAGAUAGGAGUGUUUAUGCAGAACAAGCCCUAAGGCGAGGAUCUUGAGCGACGCUUCUACACAGAAAAUGCAUAAAAAAUAGGCCUC
..((..((.((((....(((((.(((((((((((...))))))))))).....))))).(((....)))..)))).))...))..((((((....))))...))................ ( -24.60)
>DroVir_CAF1 25715 120 + 1
AACGAAAAAAUCCAUGAUGUUCCAAAUAUUCCUGAGAUAGGAGUGUUUAUGCAGAACAAGCCCUAAGGCAAGGAUCUUGAGCGAUGCUUCUACACAGAAAAUGCAUAAAAAAUAGGCCUC
..((..((.((((....(((((.(((((((((((...))))))))))).....))))).(((....)))..)))).))...))((((((((....))))...)))).............. ( -26.40)
>DroPse_CAF1 10303 120 + 1
AACGAAAAAAUCCAUGAUGUUCCAAAUAUUCCUGAGAUAGGAGUGUUUAUGCAGAACAAGCCCUAGGGCGAGGAUCUUGAGCGAUGCUUCUACACAGAAAAUGCAUAAAAAAUAGGCCUC
.................(((((.(((((((((((...))))))))))).....))))).(((....)))((((.(((......((((((((....))))...)))).......))))))) ( -28.72)
>DroGri_CAF1 21788 120 + 1
AACGAAAAAAUCCAUGAUGUUCCAAAUAUUCCUGAGAUAGGAGUGUUUAUGCAGAACAAGCCCUAGGGCAAGAAUCUUGAGCGAUGCUUCUACACAGAAAAUGCAUAAAAAAUAGGCCUC
...........((....(((((.(((((((((((...)))))))))))...........(((....))).........)))))((((((((....))))...))))........)).... ( -23.60)
>DroMoj_CAF1 22231 120 + 1
AACGAAAAAAUCCAUGAUGUUCCAAAUAUUCCUGAGAUAGGAGUGUUUAUGCAGAACAAGCCCUAAGGCAAGGAUCUUGAGCGAUGCUUCUACACAGAAAAUGCAUAAAAAAUAGGCCUC
..((..((.((((....(((((.(((((((((((...))))))))))).....))))).(((....)))..)))).))...))((((((((....))))...)))).............. ( -26.40)
>DroPer_CAF1 16478 120 + 1
AACGAAAAAAUCCAUGAUGUUCCAAAUAUUCCUGAGAUAGGAGUGCUUAUGCAGAACAAGCCCUAGGGCGAGGAUCUUGAGCGAUGCUUCUACACAGAAAAUGCAUAAAAAAUAGGCCUC
.................(((((.....(((((((...)))))))((....)).))))).(((....)))((((.(((......((((((((....))))...)))).......))))))) ( -27.52)
>consensus
AACGAAAAAAUCCAUGAUGUUCCAAAUAUUCCUGAGAUAGGAGUGUUUAUGCAGAACAAGCCCUAAGGCAAGGAUCUUGAGCGAUGCUUCUACACAGAAAAUGCAUAAAAAAUAGGCCUC
..((..((.((((....(((((.(((((((((((...))))))))))).....))))).(((....)))..)))).))...))((((((((....))))...)))).............. (-24.98 = -25.48 +   0.50)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	11,813,572 – 11,813,692
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	98.17
Mean single sequence MFE	-26.28
Consensus MFE	-25.95
Energy contribution	-25.82
Covariance contribution	-0.14
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-0.65
Structure conservation index	0.99
SVM decision value	0.09
SVM RNA-class probability	0.579540
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 11813572 120 - 22224390
GAGGCCUAUUUUUUAUGCAUUUUCUGUGUAGAAGCGUCGCUCAAGAUCCUCGCCUUAGGGCUUGUUCUGCAUAAACACUCCUAUCUCAGGAAUAUUUGGAACAUCAUGGAUUUUUUCGUU
((.((.....(((((((((.....))))))))))).))....(((((((..(((....))).(((((((.(((.....((((.....)))).))).)))))))....)))))))...... ( -26.50)
>DroVir_CAF1 25715 120 - 1
GAGGCCUAUUUUUUAUGCAUUUUCUGUGUAGAAGCAUCGCUCAAGAUCCUUGCCUUAGGGCUUGUUCUGCAUAAACACUCCUAUCUCAGGAAUAUUUGGAACAUCAUGGAUUUUUUCGUU
(((.(....((((((((((.....))))))))))....))))(((((((..(((....))).(((((((.(((.....((((.....)))).))).)))))))....)))))))...... ( -25.60)
>DroPse_CAF1 10303 120 - 1
GAGGCCUAUUUUUUAUGCAUUUUCUGUGUAGAAGCAUCGCUCAAGAUCCUCGCCCUAGGGCUUGUUCUGCAUAAACACUCCUAUCUCAGGAAUAUUUGGAACAUCAUGGAUUUUUUCGUU
(((.(....((((((((((.....))))))))))....))))(((((((..(((....))).(((((((.(((.....((((.....)))).))).)))))))....)))))))...... ( -27.00)
>DroGri_CAF1 21788 120 - 1
GAGGCCUAUUUUUUAUGCAUUUUCUGUGUAGAAGCAUCGCUCAAGAUUCUUGCCCUAGGGCUUGUUCUGCAUAAACACUCCUAUCUCAGGAAUAUUUGGAACAUCAUGGAUUUUUUCGUU
(((.(....((((((((((.....))))))))))....))))(((((((..(((....))).(((((((.(((.....((((.....)))).))).)))))))....)))))))...... ( -23.80)
>DroMoj_CAF1 22231 120 - 1
GAGGCCUAUUUUUUAUGCAUUUUCUGUGUAGAAGCAUCGCUCAAGAUCCUUGCCUUAGGGCUUGUUCUGCAUAAACACUCCUAUCUCAGGAAUAUUUGGAACAUCAUGGAUUUUUUCGUU
(((.(....((((((((((.....))))))))))....))))(((((((..(((....))).(((((((.(((.....((((.....)))).))).)))))))....)))))))...... ( -25.60)
>DroPer_CAF1 16478 120 - 1
GAGGCCUAUUUUUUAUGCAUUUUCUGUGUAGAAGCAUCGCUCAAGAUCCUCGCCCUAGGGCUUGUUCUGCAUAAGCACUCCUAUCUCAGGAAUAUUUGGAACAUCAUGGAUUUUUUCGUU
(((.(....((((((((((.....))))))))))....))))(((((((..(((....))).((((((((....))..((((.....))))......))))))....)))))))...... ( -29.20)
>consensus
GAGGCCUAUUUUUUAUGCAUUUUCUGUGUAGAAGCAUCGCUCAAGAUCCUCGCCCUAGGGCUUGUUCUGCAUAAACACUCCUAUCUCAGGAAUAUUUGGAACAUCAUGGAUUUUUUCGUU
(((.(....((((((((((.....))))))))))....))))(((((((..(((....))).(((((((.(((.....((((.....)))).))).)))))))....)))))))...... (-25.95 = -25.82 +  -0.14)

alignment

secondary structure

dotplot

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