| Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 1,317,837 – 1,317,957 |
| Length | 120 |
| Max. P | 0.815125 |
| Location | 1,317,837 – 1,317,957 |
|---|---|
| Length | 120 |
| Sequences | 5 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 93.67 |
| Mean single sequence MFE | -53.18 |
| Consensus MFE | -47.36 |
| Energy contribution | -46.76 |
| Covariance contribution | -0.60 |
| Combinations/Pair | 1.11 |
| Mean z-score | -1.34 |
| Structure conservation index | 0.89 |
| SVM decision value | 0.66 |
| SVM RNA-class probability | 0.815125 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 1317837 120 - 22224390 CUGGACUGUGCCACACGUCCACUGGCUGCUUCGUCUGGGCGAUCAAGCGAGCUCCAGCAUUGCCCUCCAGUGUGGCCUUGUGGCCAGUGUGGUGCGAGAGCCGCAGGAGUUUUGGCACCG ..(.((((.((((((.(((((((((..((...(.((((((..........)).)))))...))...)))))).)))..)))))))))).)(((((.((((((....).))))).))))). ( -51.80) >DroSec_CAF1 54001 120 - 1 CUGGACUGUGCCACACGUCCACUGGCUGCUUCGUCUGGGCGAUCAAGCAAGCUCCAGCACUGCCCUUCAGUGUGGCCUCGUGGCCAGUGUGGUGCGAGAGCCGCAGGAGUUUUGGCACCG .......((((((..((((((..(((......))))))))).......(((((((.((((((.....))))))((((....))))..((((((......))))))))))))))))))).. ( -50.40) >DroSim_CAF1 41971 120 - 1 CUGGACUGUGCCACACGUCCACUGGCUGCUUCGUCUGGGCGAUCAAGCUAGCUCCAGCACUGCCCUUCAGUGUGGCCUUGUGGCCAGUGUGGUGCGAGAGCCGCAGGAGUUUUGGCACCG ..(.((((.((((((.(.((.((((((...((((....))))...)))))).....((((((.....)))))))).).)))))))))).)(((((.((((((....).))))).))))). ( -52.70) >DroEre_CAF1 52185 120 - 1 CUGGACUGUGCCACACAUCCACUGGCUGCUUCGUUUGGGCGAUCAAGCGAGCUCCAGCACUGCCCUCCAGUGUGGCUUUGUGGCCGGUGUGGUGAGGGAGCCGCAGGAGUUUUGGCACCG .......((((((....(((((((((..(.((((((((....))))))))(((...((((((.....)))))))))...)..))))))(((((......))))).)))....)))))).. ( -52.00) >DroYak_CAF1 45971 120 - 1 CUGGACUGUGCCCCACAUCCACUGGCUGCUUCGCUUGGGCGAUCAAGCCAGCUCCAGCACUGCCCUCCAGUGUGGCCUAGUGGCCGGUGUGGUGAGGCAGCCGCAGGAGUUCUGGCACCG .......(((((.....(((..(((((((((((((..(((......))).((.((.((((((.....))))))((((....)))))).)))))))))))))))..))).....))))).. ( -59.00) >consensus CUGGACUGUGCCACACGUCCACUGGCUGCUUCGUCUGGGCGAUCAAGCGAGCUCCAGCACUGCCCUCCAGUGUGGCCUUGUGGCCAGUGUGGUGCGAGAGCCGCAGGAGUUUUGGCACCG .......((((((....(((((((((..(...((((((((..........)).)))((((((.....)))))))))...)..))))))(((((......))))).)))....)))))).. (-47.36 = -46.76 + -0.60)
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