Locus 4445

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 11,773,617 – 11,773,803
Length 186
Max. P 0.929685
window7302 window7303 window7304 window7305

overview

Window 2

Location 11,773,617 – 11,773,731
Length 114
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 89.27
Mean single sequence MFE -34.78
Consensus MFE -29.77
Energy contribution -29.63
Covariance contribution -0.14
Combinations/Pair 1.11
Mean z-score -1.80
Structure conservation index 0.86
SVM decision value 0.48
SVM RNA-class probability 0.753248
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 11773617 114 - 22224390
CAUGAUAUCGGGUUCUCCGAUACCGUAUCUAAUGUUGUAGAGAUGGUCAAGGAGACUCGUCAUCC------UAGGCAUGGCAACAGUCAUCCGCGGUAUCCAAGAGGUAUUUAUUGGCUC
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>DroVir_CAF1 4137 110 - 1
CAUGAUAUCGGGUUCUCCGAUACCGUAUCUAAUGUUGUAGAGAUGGUCAAGGAGACUCGACAUCC------UAGGCAUAGCAAUAGUCAUCAACGGUAUCCAAGAGGUAUUUAUCC----
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>DroGri_CAF1 3757 110 - 1
CAUGAUAUCGGGUUCUCCGAUACCGUAUCUAAUGUUGUAGAGAUGGUCAAGGAGACUCGCCAUCC------UAGGCAUGGCAACAGUCAUCCACGGUAUCCAAGAGGUAUUUAUCC----
...((((...(.((((..((((((((...........(((.((((((..((....)).)))))))------))((.(((((....)))))))))))))))..)))).)...)))).---- ( -38.40)
>DroWil_CAF1 7620 120 - 1
CAUGAUAUCGGGUUCUCCGAUACCGUAUCUAAUGUUGUAGAGAUGGUCAAGGAGACUCGCCAUCCAGCAUCCAGGCAUGGCAACAGCCAUCCGCGUUAUCCAAGAGGUAUUUAUUAGUUU
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>DroMoj_CAF1 4176 113 - 1
CAUGAUAUCGGAUUCUCCGAUACCGUAUCUAAUGUUGUAGAGAUGGUCAAGGAGACUCGGCAUCC------UAGGCAUGGCAACAAUCAUCCACGGUAUCCAAGAGGUAUUUAACAGUU-
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>DroAna_CAF1 3255 114 - 1
CAUGAUAUAGGGUUCUCCGAUACCGUAUCUAAUGUCGUAGAGAUGGUCAAGGAGACUCGUCAUCC------UAGGCAUGGCAACAGCCAUCCACGGUAUCCCAGAGGUAGUUGUUGGAUG
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>consensus
CAUGAUAUCGGGUUCUCCGAUACCGUAUCUAAUGUUGUAGAGAUGGUCAAGGAGACUCGCCAUCC______UAGGCAUGGCAACAGUCAUCCACGGUAUCCAAGAGGUAUUUAUCAG_U_
...(((((((((.(((((...(((((.((((......)))).)))))...))))).))...............(((.((....))))).....))))))).................... (-29.77 = -29.63 +  -0.14)

alignment

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secondary structure

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dotplot

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Window 3

Location 11,773,657 – 11,773,771
Length 114
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 92.41
Mean single sequence MFE -40.15
Consensus MFE -33.57
Energy contribution -32.85
Covariance contribution -0.72
Combinations/Pair 1.13
Mean z-score -2.50
Structure conservation index 0.84
SVM decision value 1.20
SVM RNA-class probability 0.929685
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 11773657 114 + 22224390
CCAUGCCUA------GGAUGACGAGUCUCCUUGACCAUCUCUACAACAUUAGAUACGGUAUCGGAGAACCCGAUAUCAUGAUGUAUGUAUUGAUGGCCACGCCGUCGAGGACUCGGAGAU
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>DroVir_CAF1 4173 114 + 1
CUAUGCCUA------GGAUGUCGAGUCUCCUUGACCAUCUCUACAACAUUAGAUACGGUAUCGGAGAACCCGAUAUCAUGAUGUAUGUAUUGAUGGCCGCGUCGUCUAGGACUUGGCGAU
(((..((((------((((((((((....)))).(((((..((((((((((.....((((((((.....)))))))).)))))).))))..)))))..)))))..)))))...))).... ( -37.70)
>DroGri_CAF1 3793 114 + 1
CCAUGCCUA------GGAUGGCGAGUCUCCUUGACCAUCUCUACAACAUUAGAUACGGUAUCGGAGAACCCGAUAUCAUGAUGUAUGUAUUGAUGGCCGCGCCGUCUUGGACUUGGCGAU
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>DroWil_CAF1 7660 120 + 1
CCAUGCCUGGAUGCUGGAUGGCGAGUCUCCUUGACCAUCUCUACAACAUUAGAUACGGUAUCGGAGAACCCGAUAUCAUGAUGUAUGUAUUGAUGGCCACGUCGUCGCGGACUCGGAGAU
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>DroMoj_CAF1 4215 114 + 1
CCAUGCCUA------GGAUGCCGAGUCUCCUUGACCAUCUCUACAACAUUAGAUACGGUAUCGGAGAAUCCGAUAUCAUGAUGUAUGUAUUGAUGGCCGCGUCGUCUUGGACUUGGCGAU
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>DroAna_CAF1 3295 114 + 1
CCAUGCCUA------GGAUGACGAGUCUCCUUGACCAUCUCUACGACAUUAGAUACGGUAUCGGAGAACCCUAUAUCAUGAUGUAUGUAUUGAUGGCCACGCCUUCGAGGGCUUGGCGAU
...((((.(------(((.((....))))))((.(((((..((((((((((((((.(((........)))...)))).)))))).))))..))))).)).((((....))))..)))).. ( -34.50)
>consensus
CCAUGCCUA______GGAUGACGAGUCUCCUUGACCAUCUCUACAACAUUAGAUACGGUAUCGGAGAACCCGAUAUCAUGAUGUAUGUAUUGAUGGCCACGCCGUCGAGGACUUGGCGAU
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alignment

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Window 4

Location 11,773,657 – 11,773,771
Length 114
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 92.41
Mean single sequence MFE -37.78
Consensus MFE -30.62
Energy contribution -30.90
Covariance contribution 0.28
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -2.25
Structure conservation index 0.81
SVM decision value 0.28
SVM RNA-class probability 0.665292
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 11773657 114 - 22224390
AUCUCCGAGUCCUCGACGGCGUGGCCAUCAAUACAUACAUCAUGAUAUCGGGUUCUCCGAUACCGUAUCUAAUGUUGUAGAGAUGGUCAAGGAGACUCGUCAUCC------UAGGCAUGG
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>DroVir_CAF1 4173 114 - 1
AUCGCCAAGUCCUAGACGACGCGGCCAUCAAUACAUACAUCAUGAUAUCGGGUUCUCCGAUACCGUAUCUAAUGUUGUAGAGAUGGUCAAGGAGACUCGACAUCC------UAGGCAUAG
...(((..(((......)))..(((((((..((((.((((...((((.(((..((...))..)))))))..))))))))..))))))).((((.........)))------).))).... ( -35.30)
>DroGri_CAF1 3793 114 - 1
AUCGCCAAGUCCAAGACGGCGCGGCCAUCAAUACAUACAUCAUGAUAUCGGGUUCUCCGAUACCGUAUCUAAUGUUGUAGAGAUGGUCAAGGAGACUCGCCAUCC------UAGGCAUGG
...(((..(((...)))((((.(((((((..((((.((((...((((.(((..((...))..)))))))..))))))))..))))))).((....))))))....------..))).... ( -40.30)
>DroWil_CAF1 7660 120 - 1
AUCUCCGAGUCCGCGACGACGUGGCCAUCAAUACAUACAUCAUGAUAUCGGGUUCUCCGAUACCGUAUCUAAUGUUGUAGAGAUGGUCAAGGAGACUCGCCAUCCAGCAUCCAGGCAUGG
.(((((..(((......))).((((((((..((((.((((...((((.(((..((...))..)))))))..))))))))..)))))))).)))))....((((((........)).)))) ( -39.60)
>DroMoj_CAF1 4215 114 - 1
AUCGCCAAGUCCAAGACGACGCGGCCAUCAAUACAUACAUCAUGAUAUCGGAUUCUCCGAUACCGUAUCUAAUGUUGUAGAGAUGGUCAAGGAGACUCGGCAUCC------UAGGCAUGG
...(((..(((......)))(((((((((..((((.((((.(((.((((((.....)))))).))).....))))))))..))))))).((....))..))....------..))).... ( -37.80)
>DroAna_CAF1 3295 114 - 1
AUCGCCAAGCCCUCGAAGGCGUGGCCAUCAAUACAUACAUCAUGAUAUAGGGUUCUCCGAUACCGUAUCUAAUGUCGUAGAGAUGGUCAAGGAGACUCGUCAUCC------UAGGCAUGG
...((((.(((......))).))))...............((((...(((((((((((...(((((.((((......)))).)))))...)))))......))))------))..)))). ( -37.10)
>consensus
AUCGCCAAGUCCUAGACGACGCGGCCAUCAAUACAUACAUCAUGAUAUCGGGUUCUCCGAUACCGUAUCUAAUGUUGUAGAGAUGGUCAAGGAGACUCGCCAUCC______UAGGCAUGG
...(((..(((......)))..(((((((..((((.((((.(((.((((((.....)))))).))).....))))))))..))))))).((....))................))).... (-30.62 = -30.90 +   0.28)

alignment

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dotplot

Postscript

Window 5

Location 11,773,691 – 11,773,803
Length 112
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 84.20
Mean single sequence MFE -38.83
Consensus MFE -34.31
Energy contribution -34.73
Covariance contribution 0.42
Combinations/Pair 1.22
Mean z-score -2.08
Structure conservation index 0.88
SVM decision value 1.10
SVM RNA-class probability 0.914967
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 11773691 112 + 22224390
CUACAACAUUAGAUACGGUAUCGGAGAACCCGAUAUCAUGAUGUAUGUAUUGAUGGCCACGCCGUCGAGGACUCGGAGAUCUGGCCAGUGGAGAGCCAUUGUGCCUGCACGA--------
.((((((((((.....((((((((.....)))))))).)))))).))))((((((((...))))))))....(((..(....(((((((((....)))))).)))..).)))-------- ( -39.60)
>DroVir_CAF1 4207 119 + 1
CUACAACAUUAGAUACGGUAUCGGAGAACCCGAUAUCAUGAUGUAUGUAUUGAUGGCCGCGUCGUCUAGGACUUGGCGAUCUGGCCAAAGGAGAACCGUUGUGUCUGUGAUGGAA-CAAG
.((((((((((.....((((((((.....)))))))).)))))).))))(((.((((((.((((((........)))))).))))))........((((..(....)..))))..-))). ( -41.20)
>DroGri_CAF1 3827 119 + 1
CUACAACAUUAGAUACGGUAUCGGAGAACCCGAUAUCAUGAUGUAUGUAUUGAUGGCCGCGCCGUCUUGGACUUGGCGAUCUGGCCAAUGGAGAACCGUUGUGUCUGUAACAGAA-CAAC
.((((((((((.....((((((((.....)))))))).)))))).))))....(((((.(((((.........)))))....)))))..((....))(((((.((((...)))))-)))) ( -38.20)
>DroWil_CAF1 7700 116 + 1
CUACAACAUUAGAUACGGUAUCGGAGAACCCGAUAUCAUGAUGUAUGUAUUGAUGGCCACGUCGUCGCGGACUCGGAGAUCGGGCUAAUGGCGAGCCGUUAUGCCUAGAAAAAGCA----
.((((((((((.....((((((((.....)))))))).)))))).))))..(((..((..(((......)))..))..)))((((((((((....)))))).))))..........---- ( -36.50)
>DroMoj_CAF1 4249 109 + 1
CUACAACAUUAGAUACGGUAUCGGAGAAUCCGAUAUCAUGAUGUAUGUAUUGAUGGCCGCGUCGUCUUGGACUUGGCGAUCUGGCCAAAGGAGAACCGUUGUGUCUGCA-----------
.........(((((((((((((((.....))))))))................((((((.((((((........)))))).))))))..((....))...)))))))..----------- ( -38.60)
>DroAna_CAF1 3329 113 + 1
CUACGACAUUAGAUACGGUAUCGGAGAACCCUAUAUCAUGAUGUAUGUAUUGAUGGCCACGCCUUCGAGGGCUUGGCGAUCUGGCGAGCGGAGAGCCGUUAUGCCUGAAAAUA-------
.((((((((((((((.(((........)))...)))).)))))).))))..(((.((((.((((....)))).)))).))).(((((((((....))))).))))........------- ( -38.90)
>consensus
CUACAACAUUAGAUACGGUAUCGGAGAACCCGAUAUCAUGAUGUAUGUAUUGAUGGCCACGCCGUCGAGGACUUGGCGAUCUGGCCAAUGGAGAACCGUUGUGCCUGCAAAA________
.((((((((((.....((((((((.....)))))))).)))))).))))..(((.((((.(((......))).)))).))).(((((((((....)))))).)))............... (-34.31 = -34.73 +   0.42)

alignment

Postscript

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