Locus 4436

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 11,726,622 – 11,726,726
Length 104
Max. P 0.928819
window7288

overview

Window 8

Location 11,726,622 – 11,726,726
Length 104
Sequences 6
Columns 110
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 77.98
Mean single sequence MFE -27.93
Consensus MFE -18.53
Energy contribution -19.00
Covariance contribution 0.47
Combinations/Pair 1.17
Mean z-score -1.93
Structure conservation index 0.66
SVM decision value 1.19
SVM RNA-class probability 0.928819
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 11726622 104 - 22224390
CUUGUCUAUGGAGUCGUGCCAGAACUUAAGGCGCAUUUUGGCUAUUUGCGGCUCAAUUUGCUGCAAGGAUAUU---UGUCAUUAUAUAAACGAUUUUAC--UGGACAGA-
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>DroVir_CAF1 131 106 - 1
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..........((..(((((.........((((((((.........))))))))(((.(((....((((..........-)))).....))).)))....))))))).--- ( -20.30)
>DroSec_CAF1 8112 104 - 1
CUUGUCUAUGGAGUCGUGCCAGAACUUAAGGCGCAUUUUAGCUAUUUGCGGCUCAAUUUGCUGCAAGGACACA---UA-CAUUAUAUAAACGAUUUUGU--UGGACAGAA
.(((((((..((((((((((.........)))))..........((((((((.......))))))))......---..-............)))))..)--.)))))).. ( -30.90)
>DroSim_CAF1 556 104 - 1
CUUGUCUAUGGAGUCGUGCCAGAACUUAAGGCGCAUUUUAGCUAUUUGCGGCUCAAUUUGCUGCAAGGACACA---UA-CAUUAUAUAAACGAUUUUGU--UGGACAGAA
.(((((((..((((((((((.........)))))..........((((((((.......))))))))......---..-............)))))..)--.)))))).. ( -30.90)
>DroEre_CAF1 5670 100 - 1
CUUAUCUAUGGAGUCGUGCCAGAACUUAAGGCGCAUUUUCGCUAUUUGCGGCUCAAUUUGCUGCAAGGAUAUG---GA-----AUGGCAAACAUAUUGU--UAGACAAAA
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>DroYak_CAF1 8528 95 - 1
CUUAUCUAUGGAGUCGUGCCAGAACUUAAGGCGCAUUUUCGCUAUUUGCGGCUCAAUUUGCUGCAAGGAUAUG---GA-----AA--UAAG--UA-AGU--UUGACAAAA
............((((((((.........)))))(((((((...((((((((.......))))))))....))---))-----))--)...--..-...--..))).... ( -25.90)
>consensus
CUUGUCUAUGGAGUCGUGCCAGAACUUAAGGCGCAUUUUAGCUAUUUGCGGCUCAAUUUGCUGCAAGGACACA___UA_CAUUAUAUAAACGAUUUUGU__UGGACAGAA
..(((((.((((((.(((((.........))))))))))).....(((((((.......))))))))))))....................................... (-18.53 = -19.00 +   0.47)

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