Locus 4424

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 11,675,123 – 11,675,243
Length 120
Max. P 0.646943
window7272

overview

Window 2

Location 11,675,123 – 11,675,243
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 74.11
Mean single sequence MFE -50.68
Consensus MFE -23.82
Energy contribution -24.77
Covariance contribution 0.95
Combinations/Pair 1.31
Mean z-score -1.81
Structure conservation index 0.47
SVM decision value 0.24
SVM RNA-class probability 0.646943
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 11675123 120 + 22224390
GGGUCUGGCCAUGGCCAAAGCCGCACUGGCUGCCAUUGUCCAGCGAUUCGAGGUCGUGGUCAGUCCACGGACACUCAACGGCACAGAGUUAGAUCCCCUGAUCUUUGUGGGCGUUCACAA
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>DroVir_CAF1 4594 120 + 1
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>DroGri_CAF1 2210 120 + 1
GGGUCUGACCCAAACCAAGGCUGCACUGGCGGCCAUUGUGCGACGCUUCGAGGUGCACAUCAAUGGACGCACUCUCGAUGGCAUCGAGCUCGAUCCGCUCAUCUUUGUGGGUGUCCACAA
(((.....))).......((((((....)))))).(((((.(((((.(((((((((.((....))...)))).((((((...))))))))))).((((........)))))))))))))) ( -47.90)
>DroYak_CAF1 3813 120 + 1
GGGUUUGGCCAUGGCCAAAGCCGCUCUGGCGGCCAUUGUGCAGCGAUUCGAGGUCCUGGUCAGUCCACGGACACUGAGCGGCACGGAAAUCGAUCCCAUGACCUUUGUGGGCGUCCACAA
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>DroAna_CAF1 5685 120 + 1
GGGCCUGGCCAUGGCCAAGGCCGCCCUGGCGGUCAUUGUCCAGCGGUUCCAGGUGAAGAUCAAUGCCCGUACUCCGGCGGGUAAUCACCUGGAUCCCAAUAUCUUUGUUGGCGUCCACAA
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>DroPer_CAF1 1820 120 + 1
GGGCCUGGCCCAGGCAAAGGCCGCCCUGGCGGCCAUCGUGCAGCGGUUCGAGGUGCGGGUCCAUCCACGCACCGCCGACGGCCUUGAGCUGGAUCCGUACAUCUUCGUGGGAUGCCACAA
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>consensus
GGGCCUGGCCAAGGCCAAGGCCGCACUGGCGGCCAUUGUCCAGCGGUUCGAGGUGCUGGUCAAUCCACGCACACUCGACGGCAUCGAGCUGGAUCCCAUCAUCUUUGUGGGCGUCCACAA
(((((((((....)))).((((((....))))))..........)))))((((((..((((..........((......))..........))))....))))))(((((....))))). (-23.82 = -24.77 +   0.95)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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