Locus 4392

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	11,564,492 – 11,564,606
Length	114
Max. P	0.857706

overview

Window 3

Location	11,564,492 – 11,564,606
Length	114
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	72.57
Mean single sequence MFE	-48.95
Consensus MFE	-23.94
Energy contribution	-23.92
Covariance contribution	-0.02
Combinations/Pair	1.50
Mean z-score	-1.63
Structure conservation index	0.49
SVM decision value	0.09
SVM RNA-class probability	0.577312
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 11564492 114 + 22224390
GGCAUCGAGGUGUAUAGCUGCAGUUGUGGUGCCUGGACAAUGGUUCCUGCCGCCGGAUUUAGUGGAGCGUCCAUAUAACCAUGUGGCAAAGUGGCCGCAG---UG---GCCAUUGACGCA
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>DroPse_CAF1 7786 117 + 1
GGCAUCGAGGUGUACAGUUGCAGCUGUGGCUGCUGCACGAUUGUGCCGGCCGCCGGAUUCAGCGGCGUGUCCAUGUAGCCAUGGGGAACUGUUGCCGCAGCCGUG---GCCGCUAGCUGC
.((((....)))).(((((((.((..(((((((.((((....)))).((((((((.......)))))(.((((((....)))))).)......))))))))))..---)).)).))))). ( -54.50)
>DroGri_CAF1 9759 111 + 1
GGCAUGGAGGUGUACAGUUGUAAC---GGUUGCUGCACUAUGGUGCCAGCUGCUGGAUUCAGGGGUGUGUCCAUAUAGCCGUGUGGUGCUGCUGCUGCUG---GC---GCCGUUGGUUGC
((((((..((..(((..(((...(---(((.(((((((....))).)))).))))....)))..)))..))..))).)))....((((((((....)).)---))---)))......... ( -40.80)
>DroWil_CAF1 29425 106 + 1
GGCAUUGAUGUAUACAAUUGCAA---UGGCUGCUGCACAAUUGUUCCGGCCGCUGGAUUCAAUGGUGUAUCCAUAUAGCCAUGUGGCACAGAAGC---UG---UG---GCCACUGCCA--
((((....((((......))))(---((((((.(((((.((((.(((((...)))))..)))).)))))......)))))))(((((((((...)---))---).---))))))))).-- ( -38.50)
>DroAna_CAF1 5253 117 + 1
GGCAUGGAGGUGUAGAGCUGCAGCUGCGGCGGCUGUACAAUAGUUCCCGCCGCCGGGUUGAGGGGCGUGUCCAUGUAGCCGUGCGGCAAGGUGGCUGCUG---UGGCGGCCACGAAUGCC
(((((((((.((((.((((((.......)))))).))))....)))).((((((((.(....(((....)))....).))).)))))...((((((((..---..))))))))..))))) ( -58.80)
>DroPer_CAF1 7605 117 + 1
GGCAUCGAGGUGUACAGUUGCAGCUGUGGCUGCUGCACGAUUGUGCCGGCCGCCGGAUUCAGCGGCGUGUCCAUGUAGCCAUGGGGUACUGUUGCCGCAGCCGUG---GCCGCCAGCUGC
.((((....)))).(((((((.((..(((((((.(((.....(((((.(((((........)))))....(((((....))))))))))...))).)))))))..---)).).)))))). ( -57.30)
>consensus
GGCAUCGAGGUGUACAGUUGCAGCUGUGGCUGCUGCACAAUUGUGCCGGCCGCCGGAUUCAGCGGCGUGUCCAUAUAGCCAUGUGGCACUGUUGCCGCAG___UG___GCCACUAGCUGC
(((.............((((((...(((((((..((((....))))))))))).((((.(......).)))).)))))).....(((......)))............)))......... (-23.94 = -23.92 +  -0.02)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	11,564,492 – 11,564,606
Length	114
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	72.57
Mean single sequence MFE	-42.00
Consensus MFE	-13.63
Energy contribution	-14.47
Covariance contribution	0.84
Combinations/Pair	1.41
Mean z-score	-2.30
Structure conservation index	0.32
SVM decision value	0.81
SVM RNA-class probability	0.857706
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 11564492 114 - 22224390
UGCGUCAAUGGC---CA---CUGCGGCCACUUUGCCACAUGGUUAUAUGGACGCUCCACUAAAUCCGGCGGCAGGAACCAUUGUCCAGGCACCACAACUGCAGCUAUACACCUCGAUGCC
.(((((.(((((---((---.((.(((......))).)))))))))...)))))............(((.((((.......(((....)))......)))).)))............... ( -32.72)
>DroPse_CAF1 7786 117 - 1
GCAGCUAGCGGC---CACGGCUGCGGCAACAGUUCCCCAUGGCUACAUGGACACGCCGCUGAAUCCGGCGGCCGGCACAAUCGUGCAGCAGCCACAGCUGCAACUGUACACCUCGAUGCC
((((((.(((((---....)))))))).((((((..(((((....)))))....(((((((....)))))))..((((....)))).(((((....))))))))))).........))). ( -52.80)
>DroGri_CAF1 9759 111 - 1
GCAACCAACGGC---GC---CAGCAGCAGCAGCACCACACGGCUAUAUGGACACACCCCUGAAUCCAGCAGCUGGCACCAUAGUGCAGCAACC---GUUACAACUGUACACCUCCAUGCC
(((......((.---((---((((.((...(((........)))...((((..((....))..)))))).)))))).))...((((((.....---.......)))))).......))). ( -33.10)
>DroWil_CAF1 29425 106 - 1
--UGGCAGUGGC---CA---CA---GCUUCUGUGCCACAUGGCUAUAUGGAUACACCAUUGAAUCCAGCGGCCGGAACAAUUGUGCAGCAGCCA---UUGCAAUUGUAUACAUCAAUGCC
--.(((((((((---.(---((---(...))))))))).(((((...(((((.((....)).)))))..)))))..((((((((((....))..---..)))))))).........)))) ( -36.50)
>DroAna_CAF1 5253 117 - 1
GGCAUUCGUGGCCGCCA---CAGCAGCCACCUUGCCGCACGGCUACAUGGACACGCCCCUCAACCCGGCGGCGGGAACUAUUGUACAGCCGCCGCAGCUGCAGCUCUACACCUCCAUGCC
((((...(((((.((..---..)).)))))..))))....(((...(((((..............(((((((..(.((....)).).))))))).(((....))).......)))))))) ( -42.80)
>DroPer_CAF1 7605 117 - 1
GCAGCUGGCGGC---CACGGCUGCGGCAACAGUACCCCAUGGCUACAUGGACACGCCGCUGAAUCCGGCGGCCGGCACAAUCGUGCAGCAGCCACAGCUGCAACUGUACACCUCGAUGCC
((((((((((((---....)))))(((.........(((((....)))))....(((((((....)))))))..((((....))))....))).)))))))................... ( -54.10)
>consensus
GCAGCCAGCGGC___CA___CAGCGGCAACAGUGCCACAUGGCUACAUGGACACGCCACUGAAUCCGGCGGCCGGAACAAUUGUGCAGCAGCCACAGCUGCAACUGUACACCUCGAUGCC
.........(((...........................(((((...((((............))))..)))))........((((((((((....)))))...)))))........))) (-13.63 = -14.47 +   0.84)

alignment

secondary structure

dotplot

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