Locus 4355

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 11,455,553 – 11,455,646
Length 93
Max. P 0.993011
window7156

overview

Window 6

Location 11,455,553 – 11,455,646
Length 93
Sequences 6
Columns 93
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 90.11
Mean single sequence MFE -37.87
Consensus MFE -33.60
Energy contribution -34.30
Covariance contribution 0.70
Combinations/Pair 1.17
Mean z-score -2.65
Structure conservation index 0.89
SVM decision value 2.37
SVM RNA-class probability 0.993011
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 11455553 93 - 22224390
CUGCUGCCACUGCUGCAGCAGCAGCCAGCAUAUUGUUGUUUCUCGAGCGUCGUAUCAGCUGGGAGACAAUCGGAUAGUUGGCAGCGGCACCUC
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>DroSec_CAF1 940 93 - 1
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(((((((((.((((((....))))).......((((((((((((.(((.........)))))))))))))))....).)))))))))...... ( -40.40)
>DroSim_CAF1 347 93 - 1
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(((((((((.((((((....))))).......((((((((((((.(((.........)))))))))))))))....).)))))))))...... ( -40.40)
>DroEre_CAF1 920 93 - 1
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>DroWil_CAF1 9218 93 - 1
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>DroYak_CAF1 926 93 - 1
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>consensus
CUGCUGCCACCGCUGCAGCAGCAGCCAGCAUAUUAUUGUUUCUCGAGCGUCGUAUCAGCUGGGAGACAAUGGGAUAGUUGGCAGCGGCACCUC
(((((((((..(((((....))))).......((((((((((((.(((.........)))))))))))))))......)))))))))...... (-33.60 = -34.30 +   0.70)

alignment

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secondary structure

Postscript

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