Locus 4354

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	11,453,824 – 11,453,984
Length	160
Max. P	0.999737

overview

Window 3

Location	11,453,824 – 11,453,944
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	89.50
Mean single sequence MFE	-29.18
Consensus MFE	-23.04
Energy contribution	-22.88
Covariance contribution	-0.16
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-1.73
Structure conservation index	0.79
SVM decision value	0.61
SVM RNA-class probability	0.797882
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 11453824 120 + 22224390
AAUCUUUCUGAUAUUUUGUCCGGUGUGAACGUGCGAAUUUUAGUACGACAACCAGUUACAUCGAUGUAUCGAUAGUUUUUAGACUGGCCAAUGUUUAUUGUUAUAAAAUAAAUGUUACAA
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>DroSec_CAF1 7926 120 + 1
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>DroSim_CAF1 7326 120 + 1
AGGUUUUCUGAUACUUCGUCCGGUGUGAACGUGCGAAUUUUAGUACGACAACCAGUUACAUCGAUGUAUCGAUAGUUUUUAGACUGGCCAAUGUUUAUUGUUAUAAAAUAAAUGUUAAAA
.((((.(((((.((((((..((((((((.(((((........)))))........))))))))......))).)))..)))))..))))((((((((((.......)))))))))).... ( -28.20)
>DroEre_CAF1 11308 120 + 1
AUGCUACCAGAUAUGCUGUCCGGUGGAAACGUGCGAAUUUCAGUACGUCAGCCAGUUACAUCGAUCUAUCGAUAGUUUUUAGACUGGCCAAUGUUUAUUGUUAUAAAAUAAAUGUUAAAA
...(((((.(((.....))).)))))..((((((........))))))..((((((((((((((....))))).)).....))))))).((((((((((.......)))))))))).... ( -33.40)
>DroYak_CAF1 11424 120 + 1
GUGCUUACAGAUAUGCUGUACGGUGAGGACGUGCGAGUUUUAGCACGAUAGCCAGUUACAUCGAUCUAUCGAUAGUUAAUAGACUGGCCAAUGUUUAUUGUUAUAAAAUAAAUGUUAAAA
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>consensus
AGGCUUUCUGAUAUUUUGUCCGGUGUGAACGUGCGAAUUUUAGUACGACAACCAGUUACAUCGAUGUAUCGAUAGUUUUUAGACUGGCCAAUGUUUAUUGUUAUAAAAUAAAUGUUAAAA
.....................((......(((((........)))))....(((((((((((((....))))).)).....))))))))((((((((((.......)))))))))).... (-23.04 = -22.88 +  -0.16)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	11,453,864 – 11,453,984
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	95.50
Mean single sequence MFE	-22.94
Consensus MFE	-21.19
Energy contribution	-21.03
Covariance contribution	-0.16
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-2.46
Structure conservation index	0.92
SVM decision value	3.98
SVM RNA-class probability	0.999737
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 11453864 120 + 22224390
UAGUACGACAACCAGUUACAUCGAUGUAUCGAUAGUUUUUAGACUGGCCAAUGUUUAUUGUUAUAAAAUAAAUGUUACAAAUAAACAAUUAAUCACUUAGUAUAAACAAAAAUAAGUGCA
..((((.....(((((((((((((....))))).)).....))))))....((((((((((.(((.......))).)).))))))))............................)))). ( -20.80)
>DroSec_CAF1 7966 120 + 1
UAGUACGACAACCAGUUACAUCGAUGUAUCGAUAGUUUUUAGACUGGCCAAUGUUUAUUGUUAUAAAAUAAAUGUUAAAAAUAAACAAUUAAUCACUUAGUAUAAACAAAAACUAGUGCA
..((((.....(((((((((((((....))))).)).....))))))....(((((((..........(((.((((.......)))).)))..........))))))).......)))). ( -20.75)
>DroSim_CAF1 7366 120 + 1
UAGUACGACAACCAGUUACAUCGAUGUAUCGAUAGUUUUUAGACUGGCCAAUGUUUAUUGUUAUAAAAUAAAUGUUAAAAAUAAACAAUUAAUCACUUAGUAUAAACAAAAACUAGUGCA
..((((.....(((((((((((((....))))).)).....))))))....(((((((..........(((.((((.......)))).)))..........))))))).......)))). ( -20.75)
>DroEre_CAF1 11348 120 + 1
CAGUACGUCAGCCAGUUACAUCGAUCUAUCGAUAGUUUUUAGACUGGCCAAUGUUUAUUGUUAUAAAAUAAAUGUUAAAAAUAAACAAUUAAUCACUUAAUAUAAACAAAAACUAGUGCA
..((((....((((((((((((((....))))).)).....)))))))...(((((((.((((.....(((.((((.......)))).)))......))))))))))).......)))). ( -25.20)
>DroYak_CAF1 11464 120 + 1
UAGCACGAUAGCCAGUUACAUCGAUCUAUCGAUAGUUAAUAGACUGGCCAAUGUUUAUUGUUAUAAAAUAAAUGUUAAAAAUAAACAAUUAAUCACUUAAUAUAAACAAAAACUAGUGCA
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>consensus
UAGUACGACAACCAGUUACAUCGAUGUAUCGAUAGUUUUUAGACUGGCCAAUGUUUAUUGUUAUAAAAUAAAUGUUAAAAAUAAACAAUUAAUCACUUAGUAUAAACAAAAACUAGUGCA
..((((.....(((((((((((((....))))).)).....))))))....(((((((..........(((.((((.......)))).)))..........))))))).......)))). (-21.19 = -21.03 +  -0.16)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 5

Location	11,453,864 – 11,453,984
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	95.50
Mean single sequence MFE	-21.98
Consensus MFE	-19.20
Energy contribution	-18.64
Covariance contribution	-0.56
Combinations/Pair	1.08
Mean z-score	-1.24
Structure conservation index	0.87
SVM decision value	0.06
SVM RNA-class probability	0.564201
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 11453864 120 - 22224390
UGCACUUAUUUUUGUUUAUACUAAGUGAUUAAUUGUUUAUUUGUAACAUUUAUUUUAUAACAAUAAACAUUGGCCAGUCUAAAAACUAUCGAUACAUCGAUGUAACUGGUUGUCGUACUA
..((((((.............))))))......(((((((((((((........)))))..))))))))..(((((((.((.....((((((....)))))))))))))))......... ( -19.02)
>DroSec_CAF1 7966 120 - 1
UGCACUAGUUUUUGUUUAUACUAAGUGAUUAAUUGUUUAUUUUUAACAUUUAUUUUAUAACAAUAAACAUUGGCCAGUCUAAAAACUAUCGAUACAUCGAUGUAACUGGUUGUCGUACUA
(((....(((((((((.....((((((.((((..........))))))))))......))))).))))...(((((((.((.....((((((....)))))))))))))))...)))... ( -19.10)
>DroSim_CAF1 7366 120 - 1
UGCACUAGUUUUUGUUUAUACUAAGUGAUUAAUUGUUUAUUUUUAACAUUUAUUUUAUAACAAUAAACAUUGGCCAGUCUAAAAACUAUCGAUACAUCGAUGUAACUGGUUGUCGUACUA
(((....(((((((((.....((((((.((((..........))))))))))......))))).))))...(((((((.((.....((((((....)))))))))))))))...)))... ( -19.10)
>DroEre_CAF1 11348 120 - 1
UGCACUAGUUUUUGUUUAUAUUAAGUGAUUAAUUGUUUAUUUUUAACAUUUAUUUUAUAACAAUAAACAUUGGCCAGUCUAAAAACUAUCGAUAGAUCGAUGUAACUGGCUGACGUACUG
(((....(((((((((.(((.((((((.((((..........))))))))))...)))))))).)))).(..((((((.((.....((((((....))))))))))))))..).)))... ( -23.90)
>DroYak_CAF1 11464 120 - 1
UGCACUAGUUUUUGUUUAUAUUAAGUGAUUAAUUGUUUAUUUUUAACAUUUAUUUUAUAACAAUAAACAUUGGCCAGUCUAUUAACUAUCGAUAGAUCGAUGUAACUGGCUAUCGUGCUA
.((((..(((((((((.(((.((((((.((((..........))))))))))...)))))))).))))..((((((((.(((.....(((((....))))))))))))))))..)))).. ( -28.80)
>consensus
UGCACUAGUUUUUGUUUAUACUAAGUGAUUAAUUGUUUAUUUUUAACAUUUAUUUUAUAACAAUAAACAUUGGCCAGUCUAAAAACUAUCGAUACAUCGAUGUAACUGGUUGUCGUACUA
(((.........(((((((.....((((.(((.((((.......)))).)))..))))....))))))).((((((((.((.....((((((....))))))))))))))))..)))... (-19.20 = -18.64 +  -0.56)

alignment

secondary structure

dotplot

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