Locus 4285

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 11,281,156 – 11,281,316
Length 160
Max. P 0.762795
window7044 window7045

overview

Window 4

Location 11,281,156 – 11,281,276
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 78.04
Mean single sequence MFE -42.45
Consensus MFE -23.93
Energy contribution -23.08
Covariance contribution -0.85
Combinations/Pair 1.50
Mean z-score -1.86
Structure conservation index 0.56
SVM decision value 0.51
SVM RNA-class probability 0.762795
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 11281156 120 + 22224390
UCCUCCUCGAGCUUCUGCGUGUGCUCGCUACUCUUGGAGCUGUCAAAGAAGUUGGUCAACAGCUUUUUGGGCGUAGAGUCCACAGCGUUGGUGGUGCGUUCGCUUUCGCUGCGCUGAUUC
..((((..(((.....(((......)))..)))..))))..(((.(((((((((.....))))))))).)))...((((((.(((((..(((((.....)))))..))))).)..))))) ( -41.10)
>DroVir_CAF1 12987 114 + 1
UCCUCCUCGAGUUUCUGUGUGUGCUCCGUCGAUUUUGAGUUAUCAAAGAAAUUUGUUAACAACUUUUUGGGUGUGGAAUCAACGGAGGCAGCGCUAUGC------UCGUUGCGCUGAUUU
.(((((..((((..(.....).)))).((.((((((..((((.((((....)))).)))).(((.....)))..)))))).)))))))((((((.((..------..)).)))))).... ( -33.20)
>DroPse_CAF1 12358 120 + 1
UCCUCCUCGAGCUUCUGCGUUAGCUCGCUGGACUUGGAGCCCUCAAAGAAGUUGGUCAACAGCUUCUUGGGCGUCGAGUCCAGCGCUUGGGUGUUCCGCUCGCUCUCGCUGCGCUGAUUC
......((.(((....(((..(((.(((((((((((..((((...(((((((((.....)))))))))))))..)))))))))))...(((((...))))))))..)))...)))))... ( -56.50)
>DroWil_CAF1 13556 120 + 1
UCCUCCUCCAGUUUCUGGGUAUGCUCAUUCGAUUUCGAGCUAUCAAAGAAGUUGGUCAACAGUUUUUUGGGCGUCGAAUCAACAGCCGCUGUGCUACGUUCGUUCUCGUUACGCUGAUUC
.......(((..((((.((((.((((..........))))))))..))))..)))....((((.(..((((...(((((..((((...)))).....)))))..))))..).)))).... ( -27.50)
>DroMoj_CAF1 11666 114 + 1
UCCUCCUCGAGCUUCUGUGUGUGCUCCGUCGACUUGGAGUUAUCGAAAAAGUUGGUCAACAGCUUUUUGGGUGUGGAGUCCACGGAGGCGGCGCUAUGC------UCGUUGCGCUGAUUC
.(((((..(..((((.......((((((......))))))((((.(((((((((.....))))))))).)))).))))..)..)))))((((((.((..------..)).)))))).... ( -43.40)
>DroPer_CAF1 12401 120 + 1
UCCUCCUCGAGCUUCUGCGUUAGCUCGCUGGACUUGGAGCCCUCAAAGAAGUUGGUCAACAGCUUCUUGGGCGUCGAGUCCAGAGCUUGGGUGUUCCGCUCGCUCUCGCUGCGCUGAUUC
.......((((((........))))))(((((((((..((((...(((((((((.....)))))))))))))..)))))))))(((..(((((.......)))))..))).......... ( -53.00)
>consensus
UCCUCCUCGAGCUUCUGCGUGUGCUCGCUCGACUUGGAGCUAUCAAAGAAGUUGGUCAACAGCUUUUUGGGCGUCGAGUCCACAGCGGCGGUGCUACGCUCGCUCUCGCUGCGCUGAUUC
........((((..........))))....(((((...(((....(((((((((.....))))))))).)))...)))))........((((((.(((........))).)))))).... (-23.93 = -23.08 +  -0.85)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 5

Location 11,281,196 – 11,281,316
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 79.49
Mean single sequence MFE -45.13
Consensus MFE -26.64
Energy contribution -27.20
Covariance contribution 0.56
Combinations/Pair 1.43
Mean z-score -1.74
Structure conservation index 0.59
SVM decision value 0.25
SVM RNA-class probability 0.652074
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 11281196 120 + 22224390
UGUCAAAGAAGUUGGUCAACAGCUUUUUGGGCGUAGAGUCCACAGCGUUGGUGGUGCGUUCGCUUUCGCUGCGCUGAUUCUCGGCCAAUUGACGCUGCCACUGGCUGCUCAGCUCCUGCA
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>DroVir_CAF1 13027 114 + 1
UAUCAAAGAAAUUUGUUAACAACUUUUUGGGUGUGGAAUCAACGGAGGCAGCGCUAUGC------UCGUUGCGCUGAUUUUCGGCCAAUUGGCGCUGCCACUGGGUGCUCAGCUCCUGCA
...((((....)))).............(((.((.((..((.(((.((((((((((...------..((((.((((.....)))))))))))))))))).)))..)).)).)).)))... ( -38.50)
>DroPse_CAF1 12398 120 + 1
CCUCAAAGAAGUUGGUCAACAGCUUCUUGGGCGUCGAGUCCAGCGCUUGGGUGUUCCGCUCGCUCUCGCUGCGCUGAUUCUCGGCCAGCUGGCGCUGCCACUGAGAGCUGAGCUCCUGAA
..((((((((((((.....)))))))))((((.((((((..(((((....)))))..))))((((((((((.((((.....))))))))((((...))))..)))))).)))))).))). ( -52.80)
>DroWil_CAF1 13596 120 + 1
UAUCAAAGAAGUUGGUCAACAGUUUUUUGGGCGUCGAAUCAACAGCCGCUGUGCUACGUUCGUUCUCGUUACGCUGAUUCUCGGCCAACUGCCGCUGCCAUUGAGUACUCAGCUCUUGCA
...(((((((.(((.....))))))))))(((...((((((((((...))))((.(((........)))...)))))))).((((.....))))..)))...((((.....))))..... ( -28.40)
>DroMoj_CAF1 11706 114 + 1
UAUCGAAAAAGUUGGUCAACAGCUUUUUGGGUGUGGAGUCCACGGAGGCGGCGCUAUGC------UCGUUGCGCUGAUUCUCGGCCAGCUGGCGCUGCCAUUGGCUGCUCAGCUCCUGCA
.(((.(((((((((.....))))))))).)))((((...))))(((((((((((((...------..((((.((((.....))))))))))))))))))....(((....)))))).... ( -48.90)
>DroPer_CAF1 12441 120 + 1
CCUCAAAGAAGUUGGUCAACAGCUUCUUGGGCGUCGAGUCCAGAGCUUGGGUGUUCCGCUCGCUCUCGCUGCGCUGAUUCUCGGCCAGCUGGCGCUGCCACUGAGAGCUGAGCUCCUGAA
..((((((((((((.....)))))))))((((.....)))).(((((((((((...)))))((((((((((.((((.....))))))))((((...))))..)))))).)))))).))). ( -54.60)
>consensus
UAUCAAAGAAGUUGGUCAACAGCUUUUUGGGCGUCGAGUCCACAGCGGCGGUGCUACGCUCGCUCUCGCUGCGCUGAUUCUCGGCCAACUGGCGCUGCCACUGAGUGCUCAGCUCCUGCA
.....(((((((((.....)))))))))(((.((.((((...(((...((((((((...........((((.((((.....))))))))))))))))...)))...)))).)).)))... (-26.64 = -27.20 +   0.56)

alignment

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secondary structure

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