Locus 426

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	1,247,575 – 1,247,713
Length	138
Max. P	0.819380

overview

Window 5

Location	1,247,575 – 1,247,678
Length	103
Sequences	6
Columns	108
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	77.55
Mean single sequence MFE	-43.97
Consensus MFE	-23.67
Energy contribution	-25.08
Covariance contribution	1.42
Combinations/Pair	1.12
Mean z-score	-1.99
Structure conservation index	0.54
SVM decision value	0.64
SVM RNA-class probability	0.807220
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 1247575 103 + 22224390
CA--GCAAUGGCGGCUCCAGUGCCAGUGGAGUGCUGCCGCUCACAGCGGAGCAAGUGCAGCAGCACACGCUGCUGAACGGCCUAGGAUUGUCCGCCGUGAAUCC---G
..--...(((((((((((((.(((.......((((.((((.....)))))))).((.(((((((....))))))).))))))).)))..).)))))))......---. ( -47.70)
>DroPse_CAF1 9183 108 + 1
AAUGGGAACAGCAGCUCCAACAACGCCGGAGUGCAGCACCUCACAGCGGAGCAGGUGCAGCAGCAUAUGCUCCUUAACGGUCUCGGUCUGUCCGCUGUUAAUCCACCG
..((((((((((.(((((.........)))))((((.(((..((...((((((.((((....)))).))))))......))...)))))))..))))))..))))... ( -38.80)
>DroEre_CAF1 3603 103 + 1
CA--GCAAUGGCGGCCCCAAUGCCAGUGGAGUGCUGCCGCUCACAGCGGAGCAAGUGCAGCAGCACACGCUGCUGAACGGCCUGGGACUGUCCGCCGUGAAUCC---G
..--...((((((((((((..(((.......((((.((((.....)))))))).((.(((((((....))))))).))))).))))...).)))))))......---. ( -47.90)
>DroYak_CAF1 3162 103 + 1
CA--GCAAUGGCGGCCCCAAUGCCAGUGGAGUGCUGCCGCUCACAGCGGAGCAAGUGCAGCAGCACACCCUGCUGAACGGGCUGGGACUGUCCGCCGUGAAUCC---G
..--...((((((((((((..(((.......((((.((((.....)))))))).((.((((((......)))))).)).)))))))...).)))))))......---. ( -43.30)
>DroAna_CAF1 1003 100 + 1
CA--AC------GGGGUCAACACCAAUGGAGUUCUGCCCCUGACCGCGGAGCAAGUGCAGCAACACACGCUGCUCAAUGGCCUCGGCCUGUCCGCGGUCAACCCGCCG
..--..------(((((.(((.((...)).)))..)))))((((((((((.((.(.(((((.......))))).)...(((....)))))))))))))))........ ( -45.10)
>DroPer_CAF1 9518 108 + 1
AAUGGGAACAGCAGCUCCAACAGCGCCGGAGUGCAGCACCUCACAGCGGAGCAGGUGCAGCAGCAUAUGCUCCUCAACGGUCUCGGUCUGUCCGCUGUUAAUCCACCG
....(((..((((((....((((.((((((.((..((........))((((((.((((....)))).))))))....)).)).))))))))..))))))..))).... ( -41.00)
>consensus
CA__GCAAUGGCGGCUCCAACACCAGUGGAGUGCUGCCCCUCACAGCGGAGCAAGUGCAGCAGCACACGCUGCUGAACGGCCUCGGACUGUCCGCCGUGAAUCC___G
..........(((((.(((.......)))...)))))...((((.(((((((....))((((((....))))))................))))).))))........ (-23.67 = -25.08 +   1.42)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	1,247,575 – 1,247,678
Length	103
Sequences	6
Columns	108
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	77.55
Mean single sequence MFE	-46.10
Consensus MFE	-28.34
Energy contribution	-28.32
Covariance contribution	-0.03
Combinations/Pair	1.27
Mean z-score	-1.60
Structure conservation index	0.61
SVM decision value	0.48
SVM RNA-class probability	0.753152
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 1247575 103 - 22224390
C---GGAUUCACGGCGGACAAUCCUAGGCCGUUCAGCAGCGUGUGCUGCUGCACUUGCUCCGCUGUGAGCGGCAGCACUCCACUGGCACUGGAGCCGCCAUUGC--UG
.---........(((((....(((.(((((((.(((((((....))))))).)).((((((((.....)))).)))).......))).))))).))))).....--.. ( -46.90)
>DroPse_CAF1 9183 108 - 1
CGGUGGAUUAACAGCGGACAGACCGAGACCGUUAAGGAGCAUAUGCUGCUGCACCUGCUCCGCUGUGAGGUGCUGCACUCCGGCGUUGUUGGAGCUGCUGUUCCCAUU
.(((((...((((((((.((((((...((.((...((((((..(((....)))..)))))))).))..))).)))..(((((((...))))))))))))))).))))) ( -42.90)
>DroEre_CAF1 3603 103 - 1
C---GGAUUCACGGCGGACAGUCCCAGGCCGUUCAGCAGCGUGUGCUGCUGCACUUGCUCCGCUGUGAGCGGCAGCACUCCACUGGCAUUGGGGCCGCCAUUGC--UG
.---........(((((....(((((((((((.(((((((....))))))).)).((((((((.....)))).)))).......))).))))))))))).....--.. ( -48.10)
>DroYak_CAF1 3162 103 - 1
C---GGAUUCACGGCGGACAGUCCCAGCCCGUUCAGCAGGGUGUGCUGCUGCACUUGCUCCGCUGUGAGCGGCAGCACUCCACUGGCAUUGGGGCCGCCAUUGC--UG
.---........(((((.((((.(((((((........))).((((((((((..(..(......)..)))))))))))....)))).))))...))))).....--.. ( -45.30)
>DroAna_CAF1 1003 100 - 1
CGGCGGGUUGACCGCGGACAGGCCGAGGCCAUUGAGCAGCGUGUGUUGCUGCACUUGCUCCGCGGUCAGGGGCAGAACUCCAUUGGUGUUGACCCC------GU--UG
(((((((.(((((((((((((((....))).....((((((.....))))))...)).))))))))))((((.....))))............)))------))--)) ( -50.50)
>DroPer_CAF1 9518 108 - 1
CGGUGGAUUAACAGCGGACAGACCGAGACCGUUGAGGAGCAUAUGCUGCUGCACCUGCUCCGCUGUGAGGUGCUGCACUCCGGCGCUGUUGGAGCUGCUGUUCCCAUU
.(((((...((((((((.((((((...((.((...((((((..(((....)))..)))))))).))..))).)))..(((((((...))))))))))))))).))))) ( -42.90)
>consensus
C___GGAUUCACGGCGGACAGUCCGAGGCCGUUCAGCAGCGUGUGCUGCUGCACUUGCUCCGCUGUGAGCGGCAGCACUCCACUGGCAUUGGAGCCGCCAUUGC__UG
....((.(((((((((((................((((((....))))))((....)))))))))))))........(((((.......)))))))............ (-28.34 = -28.32 +  -0.03)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	1,247,604 – 1,247,713
Length	109
Sequences	6
Columns	112
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	82.11
Mean single sequence MFE	-48.67
Consensus MFE	-25.38
Energy contribution	-26.22
Covariance contribution	0.83
Combinations/Pair	1.09
Mean z-score	-3.14
Structure conservation index	0.52
SVM decision value	0.68
SVM RNA-class probability	0.819380
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 1247604 109 + 22224390
UGCUGCCGCUCACAGCGGAGCAAGUGCAGCAGCACACGCUGCUGAACGGCCUAGGAUUGUCCGCCGUGAAUCC---GGCUCAGUCUCUGCAGGCGGCCAUCAAUGCCGCCUA
((((.((((.....)))))))).((.(((((((....))))))).)).((...((((((...((((......)---))).))))))..))(((((((.......))))))). ( -52.50)
>DroPse_CAF1 9214 112 + 1
UGCAGCACCUCACAGCGGAGCAGGUGCAGCAGCAUAUGCUCCUUAACGGUCUCGGUCUGUCCGCUGUUAAUCCACCGCCACAGACGCUGCAAGCGGCCAUCAAUGCUGCCAC
.((((((.........((((((.((((....)))).)))))).....((((...((((((..((.((......)).)).))))))((.....)))))).....))))))... ( -42.50)
>DroEre_CAF1 3632 109 + 1
UGCUGCCGCUCACAGCGGAGCAAGUGCAGCAGCACACGCUGCUGAACGGCCUGGGACUGUCCGCCGUGAAUCC---GGCUCAGUCCCUGCACGCGGCCAUCAAUGCCGCCUA
((((.((((.....)))))))).((.(((((((....))))))).)).((..(((((((...((((......)---))).))))))).))..(((((.......)))))... ( -56.20)
>DroYak_CAF1 3191 109 + 1
UGCUGCCGCUCACAGCGGAGCAAGUGCAGCAGCACACCCUGCUGAACGGGCUGGGACUGUCCGCCGUGAAUCC---GGCUCAGUCCCUGCAGGCGGCCAUCAACGCUGCCUA
((((.((((.....)))))))).((.((((((......)))))).))..((.(((((((...((((......)---))).))))))).))(((((((.......))))))). ( -55.80)
>DroAna_CAF1 1026 112 + 1
UUCUGCCCCUGACCGCGGAGCAAGUGCAGCAACACACGCUGCUCAAUGGCCUCGGCCUGUCCGCGGUCAACCCGCCGCCCCAGAGUCUACAGGCAGCUAUCAACGCCGCCAC
....((...((((((((((.((.(.(((((.......))))).)...(((....)))))))))))))))....))................(((.((.......)).))).. ( -42.10)
>DroPer_CAF1 9549 112 + 1
UGCAGCACCUCACAGCGGAGCAGGUGCAGCAGCAUAUGCUCCUCAACGGUCUCGGUCUGUCCGCUGUUAAUCCACCGCCACAGACGCUGCAAGCGGCCAUCAAUGCUGCCAC
.((((((.......(.((((((.((((....)))).)))))).)...((((...((((((..((.((......)).)).))))))((.....)))))).....))))))... ( -42.90)
>consensus
UGCUGCCCCUCACAGCGGAGCAAGUGCAGCAGCACACGCUGCUGAACGGCCUCGGACUGUCCGCCGUGAAUCC___GCCUCAGACCCUGCAGGCGGCCAUCAAUGCCGCCAA
.........((((.(((((((....))((((((....))))))................))))).)))).......................(((((.......)))))... (-25.38 = -26.22 +   0.83)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	1,247,604 – 1,247,713
Length	109
Sequences	6
Columns	112
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	82.11
Mean single sequence MFE	-52.65
Consensus MFE	-29.57
Energy contribution	-29.52
Covariance contribution	-0.05
Combinations/Pair	1.21
Mean z-score	-2.22
Structure conservation index	0.56
SVM decision value	0.04
SVM RNA-class probability	0.552087
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 1247604 109 - 22224390
UAGGCGGCAUUGAUGGCCGCCUGCAGAGACUGAGCC---GGAUUCACGGCGGACAAUCCUAGGCCGUUCAGCAGCGUGUGCUGCUGCACUUGCUCCGCUGUGAGCGGCAGCA
.(((((((.......)))))))((.....(((.(((---(......))))((.....)))))((((((((.(((((.((((....))))......))))))))))))).)). ( -53.10)
>DroPse_CAF1 9214 112 - 1
GUGGCAGCAUUGAUGGCCGCUUGCAGCGUCUGUGGCGGUGGAUUAACAGCGGACAGACCGAGACCGUUAAGGAGCAUAUGCUGCUGCACCUGCUCCGCUGUGAGGUGCUGCA
...(((((((.........((..((((((((((..((.((......)).)).))))))............((((((..(((....)))..))))))))))..))))))))). ( -48.40)
>DroEre_CAF1 3632 109 - 1
UAGGCGGCAUUGAUGGCCGCGUGCAGGGACUGAGCC---GGAUUCACGGCGGACAGUCCCAGGCCGUUCAGCAGCGUGUGCUGCUGCACUUGCUCCGCUGUGAGCGGCAGCA
...(((((.......))))).(((.(((((((.(((---(......))))...)))))))..((((((((.(((((.((((....))))......))))))))))))).))) ( -60.90)
>DroYak_CAF1 3191 109 - 1
UAGGCAGCGUUGAUGGCCGCCUGCAGGGACUGAGCC---GGAUUCACGGCGGACAGUCCCAGCCCGUUCAGCAGGGUGUGCUGCUGCACUUGCUCCGCUGUGAGCGGCAGCA
.((((.((.......)).))))((.(((((((.(((---(......))))...))))))).((((...((((.((((((((....))))..)))).))))...).))).)). ( -54.10)
>DroAna_CAF1 1026 112 - 1
GUGGCGGCGUUGAUAGCUGCCUGUAGACUCUGGGGCGGCGGGUUGACCGCGGACAGGCCGAGGCCAUUGAGCAGCGUGUGUUGCUGCACUUGCUCCGCGGUCAGGGGCAGAA
......((.......(((((((.(((...))))))))))...((((((((((((((((....))).....((((((.....))))))...)).)))))))))))..)).... ( -51.00)
>DroPer_CAF1 9549 112 - 1
GUGGCAGCAUUGAUGGCCGCUUGCAGCGUCUGUGGCGGUGGAUUAACAGCGGACAGACCGAGACCGUUGAGGAGCAUAUGCUGCUGCACCUGCUCCGCUGUGAGGUGCUGCA
...(((((((.........((..((((((((((..((.((......)).)).))))))............((((((..(((....)))..))))))))))..))))))))). ( -48.40)
>consensus
GAGGCAGCAUUGAUGGCCGCCUGCAGAGACUGAGCC___GGAUUCACGGCGGACAGUCCGAGGCCGUUCAGCAGCGUGUGCUGCUGCACUUGCUCCGCUGUGAGCGGCAGCA
..(((.((.......)).))).((.....((........)).(((((((((((................((((((....))))))((....)))))))))))))..)).... (-29.57 = -29.52 +  -0.05)

alignment

secondary structure

dotplot

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