Locus 4213

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 11,047,752 – 11,047,845
Length 93
Max. P 0.513228
window6926

overview

Window 6

Location 11,047,752 – 11,047,845
Length 93
Sequences 6
Columns 108
Reading direction forward
Mean pairwise identity 81.09
Mean single sequence MFE -36.17
Consensus MFE -21.73
Energy contribution -21.87
Covariance contribution 0.14
Combinations/Pair 1.28
Mean z-score -1.67
Structure conservation index 0.60
SVM decision value -0.04
SVM RNA-class probability 0.513228
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 11047752 93 + 22224390
GGCAUGGGUGACAUUCGCCAGAUGAGCUGUCCC---AUGCCGA---ACUACUGUCCUCAAUUCCGG---------GAGCCCGGAUUGGACGAUGUGGAUGCCUUUUAC
((((((((..(((((((.....)))).))))))---)))))..---.(((((((((.....(((((---------....)))))..)))))..))))........... ( -36.40)
>DroSec_CAF1 156 93 + 1
GGCAUGGGUGACAUUCGCCAGAUGAGCUGUCCC---AUGCCGA---ACUACUGUCCUCAUUUCCGG---------GAGCCCGGAUUGGACGAUGUGGAUGCCUUCUAC
((((((((..(((((((.....)))).))))))---)))))..---.(((((((((.....(((((---------....)))))..)))))..))))........... ( -36.40)
>DroSim_CAF1 154 93 + 1
GGCAUGGGUGACAUUCGCCAGAUGAGCUGUCCC---AUGCCGA---ACUACUGUCCUCAUUUCCGG---------GAGCCCGGAUUGGACGAUGUGGAUGCCUUCUAC
((((((((..(((((((.....)))).))))))---)))))..---.(((((((((.....(((((---------....)))))..)))))..))))........... ( -36.40)
>DroEre_CAF1 2633 93 + 1
GGCAUGGGCGAUAUUCGUCAGAUGAGCUGUCCC---AUGCCGA---ACUACUGUCCUCAAUUCCGG---------GAGCCCGGACUGGACGACGUGGAUGCCUUCUAC
((((((((((...(((((...))))).)).)))---)))))..---.((((.(((.((...(((((---------....)))))...)).)))))))........... ( -35.30)
>DroYak_CAF1 178 93 + 1
GGCAUGGGCGACAUUCGCCAGAUGAGCUGUCCC---AUGCCAA---ACUACUGUCCUCAUUUCCGG---------GAGCCCGGAUUGGAUGAUGUAGAUGCCUUCUAU
((((((((((.....)))(((.....)))..))---)))))..---.((((.(((.((...(((((---------....)))))...)).)))))))........... ( -35.60)
>DroAna_CAF1 15543 108 + 1
GGGAUGGGCGAUUUCCGGCAUCUGAACUGCCCCACCAUGGCGAUGGGCUAUUUUGGUCAGCCCCAGAGCCAGUAUGAGCCGUGCAUCGAGAAUGGAGAGGCCUUCUGC
.(((.((((..((((((((.((((...((((.......))))..(((((.........)))))))))))).(((((...))))).........))))).))))))).. ( -36.90)
>consensus
GGCAUGGGCGACAUUCGCCAGAUGAGCUGUCCC___AUGCCGA___ACUACUGUCCUCAUUUCCGG_________GAGCCCGGAUUGGACGAUGUGGAUGCCUUCUAC
(((((.((.((((((((.....)))).))))))...)))))......(((((((((.....(((((.............)))))..)))))..))))........... (-21.73 = -21.87 +   0.14)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:19:22 2006