Locus 419

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	1,210,745 – 1,210,850
Length	105
Max. P	0.709735

overview

Window 4

Location	1,210,745 – 1,210,850
Length	105
Sequences	6
Columns	114
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	77.53
Mean single sequence MFE	-32.72
Consensus MFE	-15.29
Energy contribution	-17.53
Covariance contribution	2.24
Combinations/Pair	1.20
Mean z-score	-2.13
Structure conservation index	0.47
SVM decision value	0.37
SVM RNA-class probability	0.709735
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 1210745 105 + 22224390
UACAAG-AAGUCGUCAUCGAUGACUUUUCG-GUGGGCUGCGAUAUGCGUUAGACGAUAGGC---CGCCUAUCUGUUUCUAAGUUCUAUCGCUA--CCAUCCG--AUAUCGAUAA
.....(-((((((((...)))))))))(((-((((...((((((.((.(((((.((((((.---..))))))....)))))))..))))))..--))).)))--)......... ( -35.40)
>DroSec_CAF1 3110 105 + 1
UACAAG-AAGUCGUCAUCGAUAACUUUUCG-GUGGG---CGAUAUGCGUUAGACGAUAGGCGGCGGCCUAUCUGUUUCUAAGUUCUAUCGCUA--CCAUCCG--AUAUCGAUAA
......-........(((((((.....(((-(((((---(((((.((.(((((.(((((((....)))))))....)))))))..))))))..--))).)))--)))))))).. ( -35.80)
>DroSim_CAF1 3558 105 + 1
UACAAG-AAGUCGUCAUCGAUGACUUUUCG-GUGGG---CGAUAUGCGUUAGACGAUAGGCGGCGGCCUAUCUGUUUCUAAGUUCUAUCGCUA--CCAUCCG--AUAUCGAUAA
.....(-((((((((...)))))))))(((-(((((---(((((.((.(((((.(((((((....)))))))....)))))))..))))))..--))).)))--)......... ( -38.20)
>DroEre_CAF1 3067 102 + 1
UACA----AGUCGUCAUCGAUGACUUUUCG-GUGGGCUGCGAUAUGCGUUAGACGAUAGGC---GGGCUAUCAGCUUCUAAGUUCUAUCGUUC--UCAGCUG--AUAUCGAUAA
...(----(((((((...)))))))).(((-((((((((.((...(((.((((.(((((..---...))))).(((....))))))).)))))--.))))).--.))))))... ( -29.30)
>DroYak_CAF1 3100 109 + 1
UACAAG-AAGUCGUCAUCGAUGACUUUUCG-GUGGGCUGCGAUAUGCGUUAGACGAUAGGC---GGUCUAUCUGUUUCUAAGUUCUAUCGUUCCCUCAGCUGGGAUAUCGAUAA
....((-((((((((...)))))))))).(-(((((((((..(((.((.....))))).))---)))))))).............(((((.((((......))))...))))). ( -36.60)
>DroPer_CAF1 4844 88 + 1
UAUACGCAAGUCGUCAUCGAUAGCUAUCCGUGCGUGCUGCCAUAC-CGUUAAAUG---GGC---GACCCGAUUAUUCCUGAG--------CUA--CCAGAUG--AUG-------
...((....))(((((((..(((((...(((.(((...((.....-.))...)))---.))---)....((....))...))--------)))--...))))--)))------- ( -21.00)
>consensus
UACAAG_AAGUCGUCAUCGAUGACUUUUCG_GUGGGCUGCGAUAUGCGUUAGACGAUAGGC___GGCCUAUCUGUUUCUAAGUUCUAUCGCUA__CCAGCCG__AUAUCGAUAA
........(((((((...))))))).......(((...((((((.((.(((((.(((((((....)))))))....)))))))..))))))....)))................ (-15.29 = -17.53 +   2.24)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 5

Location	1,210,745 – 1,210,850
Length	105
Sequences	6
Columns	114
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	77.53
Mean single sequence MFE	-29.60
Consensus MFE	-13.55
Energy contribution	-15.97
Covariance contribution	2.42
Combinations/Pair	1.19
Mean z-score	-2.01
Structure conservation index	0.46
SVM decision value	0.01
SVM RNA-class probability	0.537972
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 1210745 105 - 22224390
UUAUCGAUAU--CGGAUGG--UAGCGAUAGAACUUAGAAACAGAUAGGCG---GCCUAUCGUCUAACGCAUAUCGCAGCCCAC-CGAAAAGUCAUCGAUGACGACUU-CUUGUA
((((((((.(--(((..((--(.((((((....(((((....((((((..---.)))))).)))))....)))))).)))..)-)))......))))))))......-...... ( -33.80)
>DroSec_CAF1 3110 105 - 1
UUAUCGAUAU--CGGAUGG--UAGCGAUAGAACUUAGAAACAGAUAGGCCGCCGCCUAUCGUCUAACGCAUAUCG---CCCAC-CGAAAAGUUAUCGAUGACGACUU-CUUGUA
((((((((((--(((.(((--..((((((....(((((....(((((((....))))))).)))))....)))))---)))))-))).....)))))))))......-...... ( -38.90)
>DroSim_CAF1 3558 105 - 1
UUAUCGAUAU--CGGAUGG--UAGCGAUAGAACUUAGAAACAGAUAGGCCGCCGCCUAUCGUCUAACGCAUAUCG---CCCAC-CGAAAAGUCAUCGAUGACGACUU-CUUGUA
((((((((.(--(((.(((--..((((((....(((((....(((((((....))))))).)))))....)))))---)))))-)))......))))))))......-...... ( -36.50)
>DroEre_CAF1 3067 102 - 1
UUAUCGAUAU--CAGCUGA--GAACGAUAGAACUUAGAAGCUGAUAGCCC---GCCUAUCGUCUAACGCAUAUCGCAGCCCAC-CGAAAAGUCAUCGAUGACGACU----UGUA
((((((((..--..((((.--...(((((....(((((...((((((...---..)))))))))))....)))))))))....-.((....)))))))))).....----.... ( -22.20)
>DroYak_CAF1 3100 109 - 1
UUAUCGAUAUCCCAGCUGAGGGAACGAUAGAACUUAGAAACAGAUAGACC---GCCUAUCGUCUAACGCAUAUCGCAGCCCAC-CGAAAAGUCAUCGAUGACGACUU-CUUGUA
((((((((.((((......)))).(((((....(((((....(((((...---..))))).)))))....)))))........-.........))))))))......-...... ( -26.50)
>DroPer_CAF1 4844 88 - 1
-------CAU--CAUCUGG--UAG--------CUCAGGAAUAAUCGGGUC---GCC---CAUUUAACG-GUAUGGCAGCACGCACGGAUAGCUAUCGAUGACGACUUGCGUAUA
-------..(--((((.((--(((--------((...........(((..---.))---)......((-(..((....))..).))...))))))))))))............. ( -19.70)
>consensus
UUAUCGAUAU__CAGAUGG__UAGCGAUAGAACUUAGAAACAGAUAGGCC___GCCUAUCGUCUAACGCAUAUCGCAGCCCAC_CGAAAAGUCAUCGAUGACGACUU_CUUGUA
((((((((................(((((....(((((....(((((((....))))))).)))))....)))))..........((....))))))))))............. (-13.55 = -15.97 +   2.42)

alignment

secondary structure

dotplot

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