Locus 4176

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 10,963,937 – 10,964,172
Length 235
Max. P 0.964211
window6854 window6855 window6856

overview

Window 4

Location 10,963,937 – 10,964,040
Length 103
Sequences 6
Columns 103
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 87.06
Mean single sequence MFE -41.22
Consensus MFE -37.59
Energy contribution -37.57
Covariance contribution -0.02
Combinations/Pair 1.24
Mean z-score -2.06
Structure conservation index 0.91
SVM decision value 1.56
SVM RNA-class probability 0.964211
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 10963937 103 - 22224390
AGUGCCGGCACCGCUGGCCUCGCACUAUUACUCCAAUCUGGAUCUGCUCAAGAUUCCACAGGUGCGCAAUCCCGGCACUGGCGUUGUGGUGCCCUCCAGUGGG
..........(((((((....(((((((.((.((....(((((((.....))).))))..(((((.(......)))))))).)).)))))))...))))))). ( -38.30)
>DroSec_CAF1 8746 103 - 1
AGUGCCUACACCGCUGGCUUCGCACUAUUACUCCAACCUGGAUCUGCUCAAGAUUCCACAGGUGCGCAAUCCCGGCACUGGCGUGGUGGUGCCCUCCAGUGGU
.........((((((((....((((((((((.((....(((((((.....))).))))..(((((.(......)))))))).))))))))))...)))))))) ( -41.70)
>DroSim_CAF1 8652 103 - 1
AGUGCCUACACCGCUGGCUUCGCACUAUUACUCCAACCUGGAUCUGCUCAAGAUUCCACAGGUGCGCAAUCCCGGCACUGGCGUGGUGGUGCCCUCCAGUGGU
.........((((((((....((((((((((.((....(((((((.....))).))))..(((((.(......)))))))).))))))))))...)))))))) ( -41.70)
>DroEre_CAF1 8632 103 - 1
AGUGCCGGCACCACUGGCCUCGCACUAUUACUCCAACUUGGACCUGCUCAAGAUCCCACAGGUGCGCAAUCCUGGCACUGGUGUGGUGGUGACCUCCAGUGGU
.........((((((((.....(((((((((.((..(((((......)))))........(((((.((....))))))))).)))))))))....)))))))) ( -38.60)
>DroYak_CAF1 8626 103 - 1
AGUGCCGGCACCACUGGCCUCGCACUAUUACUCCAACUUGGAUCUGCUGAAGAUCCCACAGGUGCGCAAUCCCGGCACUGGCGUGGUGGUGCCCUCCAGUGGU
.........((((((((....((((((((((.((.....((((((.....))))))....(((((.(......)))))))).))))))))))...)))))))) ( -44.50)
>DroAna_CAF1 9911 95 - 1
----C----CGCUCUGGCGGCGCACUACUACUCCAACCUGGACCUGCUGAAGAUACCGCAGGUGCGCAAUCCCGGCACCGGGGUGGUGGUGGCCUCUGUUGUG
----.----(((..(((.(((.((((((((((((.....(.((((((.(......).)))))).)((.......))...))))))))))))))).)))..))) ( -42.50)
>consensus
AGUGCCGGCACCGCUGGCCUCGCACUAUUACUCCAACCUGGAUCUGCUCAAGAUUCCACAGGUGCGCAAUCCCGGCACUGGCGUGGUGGUGCCCUCCAGUGGU
.........((((((((....((((((((((.((....(((((((.....)))).)))..(((((.(......)))))))).))))))))))...)))))))) (-37.59 = -37.57 +  -0.02)

alignment

Postscript

secondary structure

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dotplot

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Window 5

Location 10,963,960 – 10,964,079
Length 119
Sequences 6
Columns 119
Reading direction forward
Mean pairwise identity 82.01
Mean single sequence MFE -46.27
Consensus MFE -31.10
Energy contribution -31.20
Covariance contribution 0.10
Combinations/Pair 1.19
Mean z-score -1.58
Structure conservation index 0.67
SVM decision value 0.08
SVM RNA-class probability 0.575649
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 10963960 119 + 22224390
CAGUGCCGGGAUUGCGCACCUGUGGAAUCUUGAGCAGAUCCAGAUUGGAGUAAUAGUGCGAGGCCAGCGGUGCCGGCACUCCUGGCACUCCUGACACUCCCGACAUGGGCAGCUGGCAG
.((((((((((.((((((((..(((...((((.((...(((.....)))......)).)))).)))..)))))..))).)))))))))).(((.(((((((.....))).)).)).))) ( -48.00)
>DroSec_CAF1 8769 110 + 1
CAGUGCCGGGAUUGCGCACCUGUGGAAUCUUGAGCAGAUCCAGGUUGGAGUAAUAGUGCGAAGCCAGCGGUGUAGGCACUCCUGGCA---------CUCCCGGCAUGGGCAGCUGGCAG
.((((((((((.((((((((..((((.(((.....))))))).(((((.(((....)))....))))))))))..))).))))))))---------)).(((((.......)))))... ( -48.10)
>DroSim_CAF1 8675 110 + 1
CAGUGCCGGGAUUGCGCACCUGUGGAAUCUUGAGCAGAUCCAGGUUGGAGUAAUAGUGCGAAGCCAGCGGUGUAGGCACUCCUGGCA---------CUCCCGGCAUGGGCAGCUGGCAG
.((((((((((.((((((((..((((.(((.....))))))).(((((.(((....)))....))))))))))..))).))))))))---------)).(((((.......)))))... ( -48.10)
>DroEre_CAF1 8655 104 + 1
CAGUGCCAGGAUUGCGCACCUGUGGGAUCUUGAGCAGGUCCAAGUUGGAGUAAUAGUGCGAGGCCAGUGGUGCCGGCACUCC---------------GCCUGGCAUGGGCAGCUGGCAA
(((((((((((((.(((....))).))))))).))..(((((.((..(.((...(((((..((((....).))).)))))..---------------)))..)).))))).)))).... ( -44.50)
>DroYak_CAF1 8649 104 + 1
CAGUGCCGGGAUUGCGCACCUGUGGGAUCUUCAGCAGAUCCAAGUUGGAGUAAUAGUGCGAGGCCAGUGGUGCCGGCACUCC---------------GCCUGCUAUGGGCAGCUGGCAG
.((((((((.((..(((((.(((.....(((((((........)))))))..)))))))(....).)..)).))))))))..---------------(((.(((......))).))).. ( -42.70)
>DroAna_CAF1 9934 94 + 1
CGGUGCCGGGAUUGCGCACCUGCGGUAUCUUCAGCAGGUCCAGGUUGGAGUAGUAGUGCGCCGCCAGAGCG----G--------------------CUCCCGGCAUGGGCAUC-GGCAG
(.(((((((((..((((.(((((..........)))))(((.....)))......))))(((((....)))----)--------------------)))))))))).)((...-.)).. ( -46.20)
>consensus
CAGUGCCGGGAUUGCGCACCUGUGGAAUCUUGAGCAGAUCCAGGUUGGAGUAAUAGUGCGAGGCCAGCGGUGCCGGCACUCC______________CUCCCGGCAUGGGCAGCUGGCAG
...((((((((((.(((....))).))))))).)))..(((.....)))(((....)))...((((((((((....))))..................(((.....)))..)))))).. (-31.10 = -31.20 +   0.10)

alignment

Postscript

secondary structure

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dotplot

Postscript

Window 6

Location 10,964,079 – 10,964,172
Length 93
Sequences 6
Columns 102
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 75.62
Mean single sequence MFE -37.35
Consensus MFE -21.24
Energy contribution -22.60
Covariance contribution 1.36
Combinations/Pair 1.33
Mean z-score -1.59
Structure conservation index 0.57
SVM decision value 0.30
SVM RNA-class probability 0.679041
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 10964079 93 - 22224390
ACUGCCCUUGGUGACGAAU---------GCAAAUGCGCUGGCGCCGCAAUCGCAGCCAGGUGGUGCACCACUUCCUACGCCAGUUGGUGGUGCUCCAGUGAC
((((((((((((..(((.(---------((....(((....))).))).)))..)))))).)).((((((((..((.....))..))))))))..))))... ( -39.40)
>DroSec_CAF1 8879 93 - 1
ACUGCCCUUGGUGACGAAU---------GCAAAUGCGCUGGCGCCGCAAUCGCAGCCAGGUGGUGCACCGCUUCCUACACCAGUUGGUGGUGCUCCAGUGAG
((((((((((((..(((.(---------((....(((....))).))).)))..)))))).)).((((((((..((.....))..))))))))..))))... ( -39.00)
>DroSim_CAF1 8785 93 - 1
ACUGCCCUUGGUGACGAAU---------GCAAAUGCGCUGGCGCCGCAAUCGCAGCCAGGUGGUGCACCACUUCCUACACCAGUUGGUGGUGCUCCAGUGAG
((((((((((((..(((.(---------((....(((....))).))).)))..)))))).)).((((((((..((.....))..))))))))..))))... ( -39.40)
>DroEre_CAF1 8759 93 - 1
ACUGCCCUUGGUGACGGGC---------GCAAAUGCGCUGGCGCCGCAAACGCAGCCAGGUGGUGCAGUACUUGCGACGCCAGGUGGAGGUGCUCCAGUGCC
..(((.((((....)))).---------)))...(((((((((((((....)).(((.((((.(((((...))))).)))).)))...)))))..)))))). ( -40.50)
>DroYak_CAF1 8753 93 - 1
ACUGCCCUUGGUGACGGGU---------GCAAAUGCGCUGGCGCCGCAACCGCAGCCAGGUGGUGCAGCACUUACGACGCCAGGUGGUGUUGCUCCAGUGCC
..(((.((((....)))).---------)))...(((((((.((.(((.((((......))))))).)).....(((((((....)))))))..))))))). ( -42.00)
>DroPer_CAF1 14818 94 - 1
GCUGCCCCUGGUAACAGCUCCUGCCGGACCAGCUGCUCUCUCACUGCAAGCUCUUCCAGGGCUCGUUCCAGCUCUCGUUCCAGUU------CCUCUUCU--C
.......((((.(((.((....)).(((..((((((.........)).))))..)))((((((......)))))).)))))))..------........--. ( -23.80)
>consensus
ACUGCCCUUGGUGACGAAU_________GCAAAUGCGCUGGCGCCGCAAUCGCAGCCAGGUGGUGCACCACUUCCUACGCCAGUUGGUGGUGCUCCAGUGAC
.......(((....)))...........((....)).(((((...((....)).))))).(((.((((((((..(.......)..)))))))).)))..... (-21.24 = -22.60 +   1.36)

alignment

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