Locus 4157

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 10,904,490 – 10,904,604
Length 114
Max. P 0.745438
window6828

overview

Window 8

Location 10,904,490 – 10,904,604
Length 114
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 77.97
Mean single sequence MFE -35.98
Consensus MFE -18.74
Energy contribution -18.13
Covariance contribution -0.61
Combinations/Pair 1.39
Mean z-score -2.01
Structure conservation index 0.52
SVM decision value 0.46
SVM RNA-class probability 0.745438
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 10904490 114 + 22224390
UACAUACUUCCAUGGUUGUAAUCACAUAAACAGCAGAGGAUUAACAGCAGAACAAAUGCGAUUGUUGUG---GUGCUUUUGCGAGUGUGUAUUGCA---GUUAUGGUUGCCGCCGUAGAA
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>DroPse_CAF1 15791 117 + 1
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>DroEre_CAF1 1471 114 + 1
UACAUACUUCCAUAGUUGUAAUCACAUAAACAGCAGAGGAUUAACAGCAGAACAAAUGCGAUUGUUGUG---GUGCUUUUGCGAGUGUGUAUUGCA---GUUAUGGUAGCCGCCGUAGAA
......((.(((((..(((((((((((.....(((((((.....((.((.(((((......))))).))---.)))))))))..))))).))))))---..))))).))........... ( -33.20)
>DroYak_CAF1 3054 114 + 1
UACAUACUUCCAUAGUUGUAAUCACAUAAACAGCAGAGGAUUAACAGCAGAACAAAUGCGAUUGUUGUG---GUGCUUUUGCGAGUGUGUAUUGCA---GUUAUGGUUGCUGCCGUAGAA
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>DroAna_CAF1 2230 110 + 1
GACAUACUUCCAUAAUUGUAAUCACAUAAACAACAAAGAAUUAAAAGCAAAAUAAAUGCCACUGUUGUUGCUGUUGUUUUGCGUGUAUAUAUCGGA---GUGAUC------ACUGUAGC-
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>DroPer_CAF1 9813 117 + 1
UACGUACUUCCAUAGUUGUAAUCGCACAAGCAGCAGAGGACCAGCAGCAGCACAAAUGUGACUGUUGUG---GUGCCCCUGCGUGUAUGUAUGGUUGUGGCAGUGGCAGCGGCUGUGGCG
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>consensus
UACAUACUUCCAUAGUUGUAAUCACAUAAACAGCAGAGGAUUAACAGCAGAACAAAUGCGACUGUUGUG___GUGCUUUUGCGAGUAUGUAUUGCA___GUUAUGGUAGCCGCCGUAGAA
(((((((.........(((....)))......(((((((((..(((((((...........)))))))....)).)))))))..)))))))...........(((((....))))).... (-18.74 = -18.13 +  -0.61)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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