Locus 4151

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	10,890,928 – 10,891,089
Length	161
Max. P	0.996222

overview

Window 7

Location	10,890,928 – 10,891,020
Length	92
Sequences	6
Columns	106
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	89.17
Mean single sequence MFE	-35.63
Consensus MFE	-29.63
Energy contribution	-29.22
Covariance contribution	-0.41
Combinations/Pair	1.21
Mean z-score	-4.39
Structure conservation index	0.83
SVM decision value	2.67
SVM RNA-class probability	0.996222
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 10890928 92 + 22224390
-----GGUGGUGUGAUGCCACAUUGUUAUGUUUUGUUUUAUUUAUAACGAAACG-------CAAUGUGUGCUC--GGCGAUUUUCAAAAGAGUCGCCGCCUAUAAA
-----.((((.((((.((((((((((...((((((((........)))))))))-------))))))).))))--((((((((......))))))))))))))... ( -34.60)
>DroSec_CAF1 44919 92 + 1
-----GGUGGUGUGAUGCCACAUUGUUAUGUUUUGUUUUAUUUAUAACGAAACG-------CAAUGUGUGCUC--GGCGAUUUUCAAAAGAGUCGCCGCCUAUAAA
-----.((((.((((.((((((((((...((((((((........)))))))))-------))))))).))))--((((((((......))))))))))))))... ( -34.60)
>DroSim_CAF1 47901 92 + 1
-----GGUGGUGUGAUGCCACAUUGUUAUGUUUUGUUUUAUUUAUAACGGAACG-------CAAUGUGUGCUC--GGCGAUUUUCAAAAGAGUCGCCGCCUAUAAA
-----.((((.((((.((((((((((...((((((((........)))))))))-------))))))).))))--((((((((......))))))))))))))... ( -34.20)
>DroEre_CAF1 21890 92 + 1
-----GGUGGUGCGAUGCCACAUUGUUAUGUUUUGCUUUAUUUAUAACGAAACG-------CAAUGUGUGCUC--GGCGAUUUUCAAAAGAGUCGCCGCCUAUAAA
-----.((((.((((.((((((((((...((((((............)))))))-------))))))).))))--((((((((......))))))))))))))... ( -33.40)
>DroYak_CAF1 45624 92 + 1
-----GGUGGUGCGAUGCCACAUUGUUAUGUUUUGUUUUAUUUAUAACGAAACG-------CAAUGUGUGCUC--GGCGAUUUUCAAAAGAGUCGCCGCCUAUAAA
-----.((((.((((.((((((((((...((((((((........)))))))))-------))))))).))))--((((((((......))))))))))))))... ( -37.30)
>DroAna_CAF1 55870 106 + 1
GGUUGGGCGGUUCUCUGCCGCAUUGUUGUGUUUUGUUUUAUUUAUAACGGAGCGGGACGCUCGAUGUGUGUGCGGAGCGAUAUUCAAAAGCGUCGCCGCCUAUAAA
...((((((((.(((((((((((((..(((((((((((..(.....)..))))))))))).)))))))...)))))).(((..........))))))))))).... ( -39.70)
>consensus
_____GGUGGUGCGAUGCCACAUUGUUAUGUUUUGUUUUAUUUAUAACGAAACG_______CAAUGUGUGCUC__GGCGAUUUUCAAAAGAGUCGCCGCCUAUAAA
.....(((........(((((((((...(((((((((........))))))))).......))))))).))....((((((((......)))))))))))...... (-29.63 = -29.22 +  -0.41)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	10,890,959 – 10,891,050
Length	91
Sequences	6
Columns	100
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	93.40
Mean single sequence MFE	-28.92
Consensus MFE	-21.66
Energy contribution	-21.72
Covariance contribution	0.06
Combinations/Pair	1.07
Mean z-score	-3.54
Structure conservation index	0.75
SVM decision value	0.50
SVM RNA-class probability	0.758962
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 10890959 91 + 22224390
UUUAUUUAUAACGAAACG-------CAAUGUGUGCUC--GGCGAUUUUCAAAAGAGUCGCCGCCUAUAAAUAAGUCGGAUAUGAAUGAAUCCGAUAUGCA
.(((((((((..((.(((-------(...))))..))--((((((((......))))))))...)))))))))(((((((........)))))))..... ( -28.20)
>DroSec_CAF1 44950 91 + 1
UUUAUUUAUAACGAAACG-------CAAUGUGUGCUC--GGCGAUUUUCAAAAGAGUCGCCGCCUAUAAAUAAGUCGGAUAUGAAUGAAUCCGAUAUGCA
.(((((((((..((.(((-------(...))))..))--((((((((......))))))))...)))))))))(((((((........)))))))..... ( -28.20)
>DroSim_CAF1 47932 91 + 1
UUUAUUUAUAACGGAACG-------CAAUGUGUGCUC--GGCGAUUUUCAAAAGAGUCGCCGCCUAUAAAUAAGUCGGAUAUGAAUGAAUCCGAUAUGCA
.(((((((((..((...(-------((.....))).(--((((((((......))))))))))))))))))))(((((((........)))))))..... ( -29.00)
>DroEre_CAF1 21921 91 + 1
UUUAUUUAUAACGAAACG-------CAAUGUGUGCUC--GGCGAUUUUCAAAAGAGUCGCCGCCUAUAAAUAAGUCGGAUAUGAAUGAAUCCGAUAUGCA
.(((((((((..((.(((-------(...))))..))--((((((((......))))))))...)))))))))(((((((........)))))))..... ( -28.20)
>DroYak_CAF1 45655 91 + 1
UUUAUUUAUAACGAAACG-------CAAUGUGUGCUC--GGCGAUUUUCAAAAGAGUCGCCGCCUAUAAAUAAGUCGGAUAUGAAUGAAUCCGAUAUGCA
.(((((((((..((.(((-------(...))))..))--((((((((......))))))))...)))))))))(((((((........)))))))..... ( -28.20)
>DroAna_CAF1 55906 100 + 1
UUUAUUUAUAACGGAGCGGGACGCUCGAUGUGUGUGCGGAGCGAUAUUCAAAAGCGUCGCCGCCUAUAAAUAAAUCGGAUAUGAAUGAAUCCGAUAUGCA
.((((((((...((.((((((((((...((.((((((...)).)))).))..)))))).))))))))))))))(((((((........)))))))..... ( -31.70)
>consensus
UUUAUUUAUAACGAAACG_______CAAUGUGUGCUC__GGCGAUUUUCAAAAGAGUCGCCGCCUAUAAAUAAGUCGGAUAUGAAUGAAUCCGAUAUGCA
.(((((((((.....(((..........)))........((((((((......))))))))...)))))))))(((((((........)))))))..... (-21.66 = -21.72 +   0.06)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	10,890,982 – 10,891,089
Length	107
Sequences	6
Columns	109
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	88.67
Mean single sequence MFE	-27.82
Consensus MFE	-22.50
Energy contribution	-22.43
Covariance contribution	-0.07
Combinations/Pair	1.13
Mean z-score	-2.90
Structure conservation index	0.81
SVM decision value	1.02
SVM RNA-class probability	0.900838
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 10890982 107 - 22224390
GGAAAAUCAAUUUCCAUACUUCUGGCUUCUCUCAACGGCUGCAUAUCGGAUUCAUUCAUAUCCGACUUAUUUAUAGGCGGCGACUCUUUUGAAAAUCGCC--GAGCACA
(((((.....)))))........((((.........))))((...((((((........))))))............((((((.((....))...)))))--).))... ( -25.00)
>DroSec_CAF1 44973 107 - 1
GGAAAAUCAAUUUCCAUACUUCUGGCUUCUCUCAACGCCUGCAUAUCGGAUUCAUUCAUAUCCGACUUAUUUAUAGGCGGCGACUCUUUUGAAAAUCGCC--GAGCACA
(((((.....))))).........((((........(((((.(((((((((........))))))..)))...)))))(((((.((....))...)))))--))))... ( -29.00)
>DroSim_CAF1 47955 107 - 1
GGAAAAUCAAUUUCCAUACUUCUGGCUUCUCUCAACGCCUGCAUAUCGGAUUCAUUCAUAUCCGACUUAUUUAUAGGCGGCGACUCUUUUGAAAAUCGCC--GAGCACA
(((((.....))))).........((((........(((((.(((((((((........))))))..)))...)))))(((((.((....))...)))))--))))... ( -29.00)
>DroEre_CAF1 21944 107 - 1
GGAAAAUCAAUUUCCAUACUUCUGGUUUCUCUCAACGCCUGCAUAUCGGAUUCAUUCAUAUCCGACUUAUUUAUAGGCGGCGACUCUUUUGAAAAUCGCC--GAGCACA
(((((.....)))))...............(((...(((((.(((((((((........))))))..)))...)))))(((((.((....))...)))))--))).... ( -27.60)
>DroYak_CAF1 45678 107 - 1
GGAAAAUCAAUUUCCAUACUUCUGGCUUCUCUCAACGCCUGCAUAUCGGAUUCAUUCAUAUCCGACUUAUUUAUAGGCGGCGACUCUUUUGAAAAUCGCC--GAGCACA
(((((.....))))).........((((........(((((.(((((((((........))))))..)))...)))))(((((.((....))...)))))--))))... ( -29.00)
>DroAna_CAF1 55936 89 - 1
--------------------UGCGCUGUCUUUCGACGCCUGCAUAUCGGAUUCAUUCAUAUCCGAUUUAUUUAUAGGCGGCGACGCUUUUGAAUAUCGCUCCGCACACA
--------------------(((((.(((....)))))..((..(((((((........))))))).((((((.(((((....))))).))))))..))...))).... ( -27.30)
>consensus
GGAAAAUCAAUUUCCAUACUUCUGGCUUCUCUCAACGCCUGCAUAUCGGAUUCAUUCAUAUCCGACUUAUUUAUAGGCGGCGACUCUUUUGAAAAUCGCC__GAGCACA
(((((.....))))).........((((........(((((.(((((((((........))))))..)))...)))))(((((.((....))...)))))..))))... (-22.50 = -22.43 +  -0.07)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:17:39 2006