| Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 1,182,816 – 1,182,933 |
| Length | 117 |
| Max. P | 0.786157 |
| Location | 1,182,816 – 1,182,933 |
|---|---|
| Length | 117 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 117 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 75.73 |
| Mean single sequence MFE | -50.08 |
| Consensus MFE | -19.87 |
| Energy contribution | -20.77 |
| Covariance contribution | 0.90 |
| Combinations/Pair | 1.37 |
| Mean z-score | -2.27 |
| Structure conservation index | 0.40 |
| SVM decision value | 0.57 |
| SVM RNA-class probability | 0.786157 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 1182816 117 + 22224390 GGGUGUGCAGGCGAACCAGCUGCAGGGCAUUAAGGCAGACCUUCUGCUGGAUUUUCUGCAGCAGCUGGACGAGCUCCCGUUGCUGAUCCUUCAGGGUCGCAUCCAAGUUGAACGCAU (((((((((((.((.(((((.(.(((((......))...))).).))))).)).)))))((((((.(((.....))).))))))(((((....)))))))))))............. ( -45.80) >DroVir_CAF1 8511 117 + 1 GGGCGUGCAGACGUCCAAGCUGCAGGGUAUCAAUGCCGAACUGCUUCUGGGGUUUCUGCGACAGUUGGAUGAGCUGCCGCUGCUUAUUCUCCAUGGGCAGCUGCAAGUGGAUCAUAU .(((.((((((..(((.((..((((((((....))))...))))..)).)))..))))))...))).(((..(((((.(((((((((.....))))))))).)).)))..))).... ( -44.40) >DroPse_CAF1 3470 117 + 1 GGGCGUACAGGCGCAAGAGCUGCAGGGAGUACGGGCGGACCUGAUGCUCGAUUUCCUGCAGCAGCUGGACGAGCUGCCACUGCUGAUCCUGCAGGGCCAGCUGCAGGUGGAGCGAAU ...(((.(((.(....).((((((((((((.((((((.......))))))))))))))))))..))).))).(((.(((((((((..((....))..))))....)))))))).... ( -56.60) >DroMoj_CAF1 8359 117 + 1 GGGCGUGCAGGCAACGCAGCUGCAGGGAAUCAAUGCUGAACUGCUGUUGGGUUUCCUGCGUCAGCUGGAUGAGCUGCCGCUGCUCAUUCUUCAUGGCCAGCUGCAGGUUGAGCACAU ....((((...((((((((((((((((((((...((......)).....))))))))))((((...((((((((.......))))))))....)))).))))))..)))).)))).. ( -52.80) >DroAna_CAF1 3411 117 + 1 AGGCGUCCAGGCCAAGGAGCUUCAGGGCAUCAAAGCCGAUCUCCUGCUGGACUUCCUCCAGCAACUGGACGACUUGCCGCUGCUGAUCCUGCAAGGAAAACUCCAAGUGGAUCGCAU ((((((((((....(((((..((..(((......))))).)))))((((((.....))))))..))))))).))).....(((.(((((.((..(((....)))..)))))))))). ( -47.40) >DroPer_CAF1 3706 117 + 1 GGGCGUACAGGCGCAAGAACUGCAGGGAGUACGGGCGGACCUGAUGCUCGAUUUCCUGCAGCAGCUGGACGAGCUGCCACUGCUGAUCCUGCAGGGCCAGCUGCAGGUGGAGCGAAU ((((((....)))).....(((((((((((.((((((.......)))))))))))))))))(((((.....)))))))..((((...(((((((......)))))))...))))... ( -53.50) >consensus GGGCGUGCAGGCGAAAGAGCUGCAGGGAAUCAAGGCCGACCUGCUGCUGGAUUUCCUGCAGCAGCUGGACGAGCUGCCGCUGCUGAUCCUGCAGGGCCAGCUGCAAGUGGAGCGCAU .(((..............(((((((((.(((...((.........))..))).)))))))))((((.....))))))).((((....((.....))......))))........... (-19.87 = -20.77 + 0.90)
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