Locus 4024

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	10,640,961 – 10,641,063
Length	102
Max. P	0.994258

overview

Window 3

Location	10,640,961 – 10,641,063
Length	102
Sequences	5
Columns	102
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	93.99
Mean single sequence MFE	-23.08
Consensus MFE	-20.10
Energy contribution	-20.14
Covariance contribution	0.04
Combinations/Pair	1.05
Mean z-score	-2.07
Structure conservation index	0.87
SVM decision value	2.46
SVM RNA-class probability	0.994258
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 10640961 102 + 22224390
UGUUAUACUAUGUAUAACGAUAGCGGGGCGCCAACAGUUGCAUCAACUGUUGCACAUUGUACACAUAACAUUAUCAACUGUUAUACACAUUCUUCUUAUGGC
.(((((((...))))))).(((((((.(.((.((((((((...)))))))))).)..(((.......))).......))))))).................. ( -21.60)
>DroSec_CAF1 22418 99 + 1
UGUUAUACUAUGUAUAACGCUAGCGGGGCGCCAACAGUUGCAUCAACUGUUGCACAUUGUACACAUAACUUUAUCAACUGUUAUACACAUUA---UCAUGGC
.(((((((...)))))))((((((((.(.((.((((((((...)))))))))).).))))....(((((..........)))))........---...)))) ( -22.00)
>DroSim_CAF1 21110 99 + 1
UGUUAUACUAUGUAUAACGCUAGCGGGGCGCCGACAGUUGCAUCAACUGUUGCACAUUGUACACAUAACUUUAUCAACUGUUAUACACAUUC---UCAUGGC
.(((((((...)))))))((((..((((.((.((((((((...))))))))))...........(((((..........)))))......))---)).)))) ( -22.80)
>DroEre_CAF1 23292 96 + 1
UGUUAUACUAUGUAUAACGCUAG-GGGGCGCCAACAGUUGCAUCAACUGUUGCACAUUGUACACAUAACUUUAUCAACUGUUAUACA--UUU---UCAUGAC
.(((((...((((((((((((..-..)))((.((((((((...))))))))))..........................))))))))--)..---..))))) ( -24.50)
>DroYak_CAF1 22957 96 + 1
UGUUAUACUAUGUAUAACGCUAG-GGGGCGCCAACAGUUGCAUCAACUGUUGCACAUUGUACACAUAACUUUAUCAACUGUUAUACA--UUU---UCAUGAC
.(((((...((((((((((((..-..)))((.((((((((...))))))))))..........................))))))))--)..---..))))) ( -24.50)
>consensus
UGUUAUACUAUGUAUAACGCUAGCGGGGCGCCAACAGUUGCAUCAACUGUUGCACAUUGUACACAUAACUUUAUCAACUGUUAUACACAUUC___UCAUGGC
..........(((((((((((.....)))((.((((((((...))))))))))..........................))))))))............... (-20.10 = -20.14 +   0.04)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	10,640,961 – 10,641,063
Length	102
Sequences	5
Columns	102
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	93.99
Mean single sequence MFE	-26.04
Consensus MFE	-22.30
Energy contribution	-23.30
Covariance contribution	1.00
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-2.13
Structure conservation index	0.86
SVM decision value	2.34
SVM RNA-class probability	0.992674
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 10640961 102 - 22224390
GCCAUAAGAAGAAUGUGUAUAACAGUUGAUAAUGUUAUGUGUACAAUGUGCAACAGUUGAUGCAACUGUUGGCGCCCCGCUAUCGUUAUACAUAGUAUAACA
((...........((..(((((((........)))))))..))....((((((((((((...)))))))).))))...))....(((((((...))))))). ( -27.10)
>DroSec_CAF1 22418 99 - 1
GCCAUGA---UAAUGUGUAUAACAGUUGAUAAAGUUAUGUGUACAAUGUGCAACAGUUGAUGCAACUGUUGGCGCCCCGCUAGCGUUAUACAUAGUAUAACA
......(---((.(((((((((((((((.........(((((((...)))).))).......)))))(((((((...))))))))))))))))).))).... ( -28.09)
>DroSim_CAF1 21110 99 - 1
GCCAUGA---GAAUGUGUAUAACAGUUGAUAAAGUUAUGUGUACAAUGUGCAACAGUUGAUGCAACUGUCGGCGCCCCGCUAGCGUUAUACAUAGUAUAACA
.......---...(((((((((((((((.........(((((((...)))).))).......)))))((..(((...)))..))))))))))))........ ( -24.79)
>DroEre_CAF1 23292 96 - 1
GUCAUGA---AAA--UGUAUAACAGUUGAUAAAGUUAUGUGUACAAUGUGCAACAGUUGAUGCAACUGUUGGCGCCCC-CUAGCGUUAUACAUAGUAUAACA
((.(((.---..(--((((((((.(((((((........))).))))((((((((((((...)))))))).))))...-.....)))))))))..))).)). ( -25.10)
>DroYak_CAF1 22957 96 - 1
GUCAUGA---AAA--UGUAUAACAGUUGAUAAAGUUAUGUGUACAAUGUGCAACAGUUGAUGCAACUGUUGGCGCCCC-CUAGCGUUAUACAUAGUAUAACA
((.(((.---..(--((((((((.(((((((........))).))))((((((((((((...)))))))).))))...-.....)))))))))..))).)). ( -25.10)
>consensus
GCCAUGA___AAAUGUGUAUAACAGUUGAUAAAGUUAUGUGUACAAUGUGCAACAGUUGAUGCAACUGUUGGCGCCCCGCUAGCGUUAUACAUAGUAUAACA
.............((((((((((.(((((((........))).))))((((((((((((...)))))))).)))).........))))))))))........ (-22.30 = -23.30 +   1.00)

alignment

secondary structure

dotplot

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