| Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 10,631,349 – 10,631,460 |
| Length | 111 |
| Max. P | 0.807850 |
| Location | 10,631,349 – 10,631,460 |
|---|---|
| Length | 111 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 117 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 81.30 |
| Mean single sequence MFE | -27.03 |
| Consensus MFE | -18.18 |
| Energy contribution | -18.13 |
| Covariance contribution | -0.05 |
| Combinations/Pair | 1.33 |
| Mean z-score | -2.06 |
| Structure conservation index | 0.67 |
| SVM decision value | 0.64 |
| SVM RNA-class probability | 0.807850 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 10631349 111 - 22224390 AAGAGAAUUGCACUUCUCUAGAAUCAAAUUGGCCUGCA--UUUGCACAAAUAUA----UUAUUAUAUACACCAAAUGCAGGCUAUUCUAUAGUAAAACGCGUGGCAAUUGAUUGUUC .((((((......))))))..((((((..(((((((((--((((.....(((((----....)))))....)))))))))))))..((((.(.....)..))))...)))))).... ( -30.70) >DroSec_CAF1 12936 109 - 1 AAGAGAAUUGCACUGCUCUA--AUCAAAUUGGCCUGCA--UUUGCACAGAUAUA----CUAUUAUAUACACUAAAUGCGGGCUAUUCUAUAGCAAAAAGCGUGGCAAUUGAUUGUUC .....((((((..(((((((--.......(((((((((--((((.....(((((----....)))))....))))))))))))).....))).....))))..))))))........ ( -27.60) >DroSim_CAF1 13032 111 - 1 AAGGGAAUCGCACUGCUCUAGAAUCAAAUUGGCCUGCA--UUUGCACAGAUAUA----CUAUUAUAUACACUAAAUGCGGGCUAUUCUAUAGUAAAAAGCGUGGCAAUUGAUUGUUC ....(...(((..((((.((((((......((((((((--((((.....(((((----....)))))....)))))))))))))))))).))))....)))...)............ ( -27.80) >DroEre_CAF1 12819 111 - 1 AAGAGAAUUGCACUGCUCUAGAGUCAAAUUGACCUGCA--UUUGCACUGAUAUA----CUAUUGUAUAGACUAAAUGCGGGUUAUUCUAUAGUAAAAAGCGUGGCAAUUGAUUGUUC .....((((((((((((.((((((......((((((((--((((......((((----(....)))))...)))))))))))))))))).))))......)).))))))........ ( -28.70) >DroYak_CAF1 13679 110 - 1 UAGAGAA-UGCACUGCUCUUGAGUCAAAUUGGCCUGCA--UUUGCACAGAUAUA----CUAUUAAAUAGAUUAAAUGCGGGCUAUUCUAUAGUGAAAAGCGUGGCAAUUGAUUGUUC .......-(((..((((.((.(.(.....(((((((((--((((......(((.----.......)))...)))))))))))))......).).)).))))..)))........... ( -23.30) >DroAna_CAF1 21163 107 - 1 ---AAAAUUGCAAGGCUCUUGAGUACAAUUGGGUUGCAAGUAUGCACAUAUAGAUGCAAAAUUCUAUA---UCAGAGCGAAUUAU----UUGCGAAAAGUGUGGCAAUUGAUGAUUC ---..((((((.(.(((((..(......)..))((((((((((((.((((((((........))))))---)..).)))...)))----))))))..))).).))))))........ ( -24.10) >consensus AAGAGAAUUGCACUGCUCUAGAAUCAAAUUGGCCUGCA__UUUGCACAGAUAUA____CUAUUAUAUACACUAAAUGCGGGCUAUUCUAUAGUAAAAAGCGUGGCAAUUGAUUGUUC .....((((((...(((............(((((((((..((((.....(((((........)))))....))))))))))))).............)))...))))))........ (-18.18 = -18.13 + -0.05)
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