Locus 4010

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 10,625,551 – 10,625,671
Length 120
Max. P 0.568414
window6592

overview

Window 2

Location 10,625,551 – 10,625,671
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 82.39
Mean single sequence MFE -47.43
Consensus MFE -27.49
Energy contribution -28.13
Covariance contribution 0.65
Combinations/Pair 1.33
Mean z-score -2.24
Structure conservation index 0.58
SVM decision value 0.07
SVM RNA-class probability 0.568414
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 10625551 120 - 22224390
UCAUGAUGGGCGGCGUUUCAGCUGCCAUAGCCAAAACGGCAGUGGCUCCUAUCGAGCGCGUGAAGCUCAUUCUGCAGGUGCAGGAGGUUUCCAAGCAGAUCGCGGCAGAUCAGCGCUACA
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>DroVir_CAF1 21707 120 - 1
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>DroGri_CAF1 15007 120 - 1
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>DroWil_CAF1 10072 120 - 1
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>DroMoj_CAF1 9439 120 - 1
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>DroAna_CAF1 10606 120 - 1
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>consensus
UCAUGAUGGGCGGCGUAUCGGCGGCCAUUGCCAAAACGGCGGUGGCGCCCAUCGAGCGCGUCAAGCUGAUUCUGCAGGUGCAGGAGGUAUCCAAGCAGAUACCACAGGAUCAGCGCUACA
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alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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