Locus 4009

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 10,611,678 – 10,611,778
Length 100
Max. P 0.793605
window6591

overview

Window 1

Location 10,611,678 – 10,611,778
Length 100
Sequences 5
Columns 107
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 85.55
Mean single sequence MFE -28.82
Consensus MFE -18.62
Energy contribution -20.02
Covariance contribution 1.40
Combinations/Pair 1.08
Mean z-score -2.42
Structure conservation index 0.65
SVM decision value 0.59
SVM RNA-class probability 0.793605
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 10611678 100 - 22224390
CA--AACCAGUUUGCCAAUAAUUUGGCUAAGGCUAACUAAUGAGCCCCUGGCUAGAACGGAUCG-----UCUAGUCUAGGCCAGCUAGCAAUUAUUCCAGAGCCAAG
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>DroSec_CAF1 983 104 - 1
CA--AACUAGUUUGUCAAUAAUUUGGCUAAGGCUAACUAAUGAGCCCCUGGCUAGAACGGAUCGCCUAGUCUAGUCUAGGCUAGCUAGCA-UUAUUCCAGAGCCAAG
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>DroSim_CAF1 992 105 - 1
CA--AACCAGUUUGUCAAUAAUUUGGCUAAGGCUAACUAAUGAGCCCCUGGCUAGAACGGAUCGCCCAGUCUAGUCUAGGCUAGCUAGCAAUUAUUCCAGAGCCAAG
..--.....((((...(((((((((((((.((((........))))((((((((((..((.....))..))))).))))).))))))..)))))))...)))).... ( -30.80)
>DroEre_CAF1 866 95 - 1
CA--AACCAGUUUGUCUAUCAUUUGGCAAAGGCUAACUUAUAAGCCCCUGGCUAGAAUGGAUCU----------UCUAGGCCAGCUGGCAAUAAUUCUAGACUCAAU
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>DroYak_CAF1 1011 97 - 1
CAAAAACCAGUUUGUCAAUAAUUUGGCUAAGGCUAACUUAUUAGCCCCUGGCUAGAACGGAUCG----------UCUAGGCCAGCUAGCAAUUAUUCCAGACUCAAU
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>consensus
CA__AACCAGUUUGUCAAUAAUUUGGCUAAGGCUAACUAAUGAGCCCCUGGCUAGAACGGAUCG_____UCUAGUCUAGGCCAGCUAGCAAUUAUUCCAGAGCCAAG
......................((((((..((((........)))).(((((((((..(((........)))..)))))((......)).......)))))))))). (-18.62 = -20.02 +   1.40)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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