Locus 4004

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	10,597,154 – 10,597,336
Length	182
Max. P	0.975688

overview

Window 2

Location	10,597,154 – 10,597,256
Length	102
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	89.19
Mean single sequence MFE	-34.54
Consensus MFE	-25.55
Energy contribution	-26.03
Covariance contribution	0.48
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-3.02
Structure conservation index	0.74
SVM decision value	1.75
SVM RNA-class probability	0.975688
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 10597154 102 + 22224390
UGUUUCGUGCGAUAAUAGCGAUAGUCGUACGGUGAUUUGAUUGCCGAUUA----------UGACUGCGCUGUAUCG------GUAUCGAUAGCAAUCGAAAUGCACCUAAAAC--UGAUC
.((((.((((((((.(((((.(((((((((((..((...))..)))..))----------))))))))))))))).------...(((((....)))))...))))...))))--..... ( -35.40)
>DroSec_CAF1 6029 102 + 1
UGUUUUGUGCGAUAAUAGCGAAAGUCGUACGGUGAUUUGAUUGCCGAUUA----------UGACUGCGCUGUAUCG------GUAUCGAUAGCAAUCGAAAUGCACCUAAAAC--UGAUC
.(((((((((((((.(((((..((((((((((..((...))..)))..))----------))))).))))))))).------...(((((....)))))...))))..)))))--..... ( -34.20)
>DroSim_CAF1 6525 102 + 1
UGUUUUGUGCGAUAAUAGCGAUAGUCGUACGGUGAUUUGAUUGCCGAUUA----------UGACUGCGCUGUAUCG------GUAUCGAUAGCAAUCGAAAUGCACCUAAAAC--UGAUC
.(((((((((((((.(((((.(((((((((((..((...))..)))..))----------))))))))))))))).------...(((((....)))))...))))..)))))--..... ( -36.40)
>DroEre_CAF1 6055 102 + 1
UGUUUCGUGCAAUAAUAGCGAUAGUCGUACGGUGAUUUGAUAGCCGAUUA----------UGACUGCGCUGUAUCG------GUAUCGAUAACAAUCGAAAUGCACCUAAAAC--UGAUC
.((((.(((((...((((((.((((((((((((.........))))..))----------))))))))))))....------...(((((....)))))..)))))...))))--..... ( -32.00)
>DroYak_CAF1 6177 120 + 1
UGUUUCGUGCGAUAAAAGCGAUAGUCGUACGGUGACUUGGUUGCCUGUUAUGACUUGUUAUGACUGCGCUGUAUCGGUAUCGGUAUCGAUAGCAAUCGAAAUGCACCUAAAAUCAUGAUC
......(((((((..........)))))))((((..((((((((..(((((((....))))))).......((((((((....))))))))))))))))....))))............. ( -34.70)
>consensus
UGUUUCGUGCGAUAAUAGCGAUAGUCGUACGGUGAUUUGAUUGCCGAUUA__________UGACUGCGCUGUAUCG______GUAUCGAUAGCAAUCGAAAUGCACCUAAAAC__UGAUC
......((((((((.(((((.((((((..(((..((...))..)))..............)))))))))))))))..........(((((....)))))...)))).............. (-25.55 = -26.03 +   0.48)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	10,597,154 – 10,597,256
Length	102
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	89.19
Mean single sequence MFE	-24.20
Consensus MFE	-19.65
Energy contribution	-19.65
Covariance contribution	0.00
Combinations/Pair	1.07
Mean z-score	-1.47
Structure conservation index	0.81
SVM decision value	0.22
SVM RNA-class probability	0.637969
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 10597154 102 - 22224390
GAUCA--GUUUUAGGUGCAUUUCGAUUGCUAUCGAUAC------CGAUACAGCGCAGUCA----------UAAUCGGCAAUCAAAUCACCGUACGACUAUCGCUAUUAUCGCACGAAACA
.....--(((((..((((...(((((....)))))...------.((((.((((.((((.----------....(((...........)))...))))..))))..))))))))))))). ( -25.10)
>DroSec_CAF1 6029 102 - 1
GAUCA--GUUUUAGGUGCAUUUCGAUUGCUAUCGAUAC------CGAUACAGCGCAGUCA----------UAAUCGGCAAUCAAAUCACCGUACGACUUUCGCUAUUAUCGCACAAAACA
.....--((((...((((...(((((....)))))...------.((((.((((.((((.----------....(((...........)))...))))..))))..)))))))).)))). ( -24.80)
>DroSim_CAF1 6525 102 - 1
GAUCA--GUUUUAGGUGCAUUUCGAUUGCUAUCGAUAC------CGAUACAGCGCAGUCA----------UAAUCGGCAAUCAAAUCACCGUACGACUAUCGCUAUUAUCGCACAAAACA
.....--((((...((((...(((((....)))))...------.((((.((((.((((.----------....(((...........)))...))))..))))..)))))))).)))). ( -24.80)
>DroEre_CAF1 6055 102 - 1
GAUCA--GUUUUAGGUGCAUUUCGAUUGUUAUCGAUAC------CGAUACAGCGCAGUCA----------UAAUCGGCUAUCAAAUCACCGUACGACUAUCGCUAUUAUUGCACGAAACA
.....--(((((..(((((..(((((....)))))...------......((((.((((.----------....(((...........)))...))))..)))).....)))))))))). ( -22.90)
>DroYak_CAF1 6177 120 - 1
GAUCAUGAUUUUAGGUGCAUUUCGAUUGCUAUCGAUACCGAUACCGAUACAGCGCAGUCAUAACAAGUCAUAACAGGCAACCAAGUCACCGUACGACUAUCGCUUUUAUCGCACGAAACA
..............((((...(((((....)))))..........((((.((((.((((.......((....)).(((......))).......))))..))))..))))))))...... ( -23.40)
>consensus
GAUCA__GUUUUAGGUGCAUUUCGAUUGCUAUCGAUAC______CGAUACAGCGCAGUCA__________UAAUCGGCAAUCAAAUCACCGUACGACUAUCGCUAUUAUCGCACGAAACA
.......(((((..((((...(((((....)))))..........((((.((((.((((...............(((...........)))...))))..))))..))))))))))))). (-19.65 = -19.65 +   0.00)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	10,597,220 – 10,597,336
Length	116
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	94.73
Mean single sequence MFE	-31.50
Consensus MFE	-26.70
Energy contribution	-27.02
Covariance contribution	0.32
Combinations/Pair	1.09
Mean z-score	-1.27
Structure conservation index	0.85
SVM decision value	-0.02
SVM RNA-class probability	0.524984
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 10597220 116 - 22224390
AUCGCUUAUCGAAAAGAUCGCAGUCUGUCAAUCGGAAUCUGAUAGCCACAGUCUGUCAGGCGGUUUCCCUAAUGUUUGAUGAUCA--GUUUUAGGUGCAUUUCGAUUGCUAUCGAUAC--
...((..((((((((((((((..((((.....))))..((((((((....).)))))))))))))).(((((...(((.....))--)..)))))....))))))).)).........-- ( -31.80)
>DroSec_CAF1 6095 116 - 1
AUCGCUUAUCGAAAAGAUCGCAGUCUGUCAAUCGGAAUCUGAUAGCCACAGUCUGUCAGGCGGUUUCCCUAAUGUUUGAUGAUCA--GUUUUAGGUGCAUUUCGAUUGCUAUCGAUAC--
...((..((((((((((((((..((((.....))))..((((((((....).)))))))))))))).(((((...(((.....))--)..)))))....))))))).)).........-- ( -31.80)
>DroSim_CAF1 6591 116 - 1
AUCGCUUAUCGAAAAGAUCGCAGUCUGUCAAUCGGAAUCUGAUAGCCACAGUCUGUCAGGCGGUUUCCCUAAUGUUUGAUGAUCA--GUUUUAGGUGCAUUUCGAUUGCUAUCGAUAC--
...((..((((((((((((((..((((.....))))..((((((((....).)))))))))))))).(((((...(((.....))--)..)))))....))))))).)).........-- ( -31.80)
>DroEre_CAF1 6121 116 - 1
AUCGCUUAUCGAAAAGAUCGCAGUCUGUGAAUCGGAAUCUGAUAGCCACAGUCUUUCAGGCGGUUUACCUAAUGUUUGAUGAUCA--GUUUUAGGUGCAUUUCGAUUGUUAUCGAUAC--
((((...((((((((((((((((.(((((.(((((...)))))...))))).)).....)))))))((((((...(((.....))--)..))))))...)))))))......))))..-- ( -31.20)
>DroYak_CAF1 6257 120 - 1
AUCGCUUAUCGAAAAGAAUGCAGUCUGUGCAUCGGAAUCUGAUAGCCACAGUCCGUCAGGUGGUUUCCCUAAUGUUUAAUGAUCAUGAUUUUAGGUGCAUUUCGAUUGCUAUCGAUACCG
......((((((.......((((((.(((((((((((((((((((((((..........))))))................)))).)))))).)))))))...))))))..))))))... ( -30.89)
>consensus
AUCGCUUAUCGAAAAGAUCGCAGUCUGUCAAUCGGAAUCUGAUAGCCACAGUCUGUCAGGCGGUUUCCCUAAUGUUUGAUGAUCA__GUUUUAGGUGCAUUUCGAUUGCUAUCGAUAC__
...((..((((((((((((((..((((.....))))..((((((((....).)))))))))))))).(((((....((.....)).....)))))....))))))).))........... (-26.70 = -27.02 +   0.32)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:14:03 2006